1月：
17日，清廷任喬鬆年為安徽巡撫。
24日，任唐元耕為雲南提督。
27日，譚廷襄奏：統核黃河下遊地勢，請疏浚支渠，以減漲水，培土墊以護民田。清廷命劉長佑、閻敬銘會同籌辦。
30日，允蘇、鬆、太漕糧減價折征。
2月：
1日，晚清年間，於田賦正數外所加耗損之數日增，有的增加一倍以上，或更多，並繼續加征，農民不堪其苦。清廷特命左宗棠剔除浙東地丁積弊。
8日（正月初一），同治率諸王、大臣給兩宮太後賀歲。每歲如之。
10日，太平軍陳德才接天王詔旨，立即放棄漢中，分三路東歸，援救天京。
27日，太平軍忠二殿李容發率數千人自丹陽、句容由陸路運糧三千石至天京，及抵江邊為地方鄉紳得知，報湘軍朱洪章，被朱盡數奪走。以後陸續運到之糧食，均被搶走，共四萬石。天京此後已無糧可食。
28日，天京被湘淮軍合圍。
此時天京內無糧食外無援兵，城內極為混亂。天王仍不理政事，城內軍民吃“甜露”（草團子）充饑，且搶劫者層出不窮，洪秀全不叫城內饑民出城。忠王不忍，自主放出饑民十三、四萬人，所餘饑民已無多少。此時，天朝內部已有高層官員私通曾國荃，如鬆王陳德風、慰王朱兆英，忠王之妻舅宋永祺亦在密通湘軍。內部互相猜忌。滅亡指日可待。天國正是兵敗如山倒，對天王的信仰亦完全崩潰。
3月：
30日，太平軍浙省重鎮杭州被英法聯軍與左宗棠湘軍攻陷。此前，浙東寧波也在英、法聯軍和常捷軍、常安軍、常勝軍、清軍聯合攻擊下失陷。繼之聯軍攻陷餘姚、紹興府城。
5月：
6日，日蝕。
19日，已故朝鮮王世子李熙襲爵，命侍郎卓保、副都統文謙前往加封。
25日，多隆阿於進攻陝西盩厔縣城時，身受重創，卒於軍。回民義軍領袖藍大順避走漢陰，旋為地主團練截殺。藍朝元、藍朝魯、藍朝洪、藍七順、李天順等十餘名將領被俘。藍二順仍在外作戰。清廷詔命都興阿督辦甘肅軍務。
28日，清廷命吳昌壽為湖北巡撫；命楊嶽斌督辦江西皖南軍務。
6月：
1日，太平天國天王洪秀全服毒自盡。三日後其子洪天福即位。
8日，熙麟病免，以楊嶽斌為陝甘總督，由都興阿暫代理之。
11日，命薛煥、崇厚全權辦理日斯巴尼亞（西班牙）通商事宜。
12日，清廷賞戈登黃馬褂、花翎和提督之章服；汰留“常勝軍”，撤遣外國官兵。
7月：
2日，命李恒嵩、劉郇膏與丹麥公使在上海換約。
3日，湘軍於南京太平門以“地道戰”攻破天京。
12日，安置哈薩克部眾於齋桑淖爾東南地區。
15日，新疆回民金相印反清，迎阿古柏入南疆。
19日，天京失陷。李秀成率將士保衛幼天王自太平門缺口衝出天京。曾國藩湘軍入城後，先行搶劫，繼則放火燒城，大火八日，火光燭天，天京成為一片瓦礫。曾國荃機要秘書趙烈文曾記錄如下之目睹慘狀：“計城破後，精壯長毛……死者寥寥……沿街死者，十之九皆老者；其幼孩未滿二、三歲者，亦斫、戳以為戲，匍匐道上，婦女四十歲以下者俱無（已被搶光），老者無不負傷，或十餘刀，或數十刀，哀號之聲，達於四遠。”宗麟於《稟父親》中又記錄如下：“破城兵勇營弁無不自掠，至六月底滿街尚拖女人小孩不絕於道，每人不止一人（指女人），九帥現收八人。”（九帥即曾國荃。）城內軍士已經很少，大部隨軍撤走。而曾國藩卻向清廷謊報戰功雲：“三日之間，斃賊十餘萬人。”清廷官員向兩宮太後賀捷。清廷以漢製漢之目的得逞。曾國荃湘軍不惟屠城，亂殺無辜，搶掠民間少女少婦，以及中年婦人，而且搶掠城外良家姑娘。有黃姓一家，被湘軍屠殺全家，惟留一女黃婉梨，掠之而去。與此女同被掠至船上者，亦複不少，有金女不忍被辱，投江而死。黃女多次巧阻被辱，至湘潭登陸，女於店中將湘軍士兵勸酒至醉，乃殺二兵，留遺書與遺詩於身上，自縊身亡。詩曰：“朝朝盼官兵，十有二年久。官兵既收城，全家開笑口，叩門來一兵，狀貌比賊醜。搜屋無一金，怒掣刀在手。女前跪致詞，請以身代母。兵日不殺汝，殺汝全家人，汝能飛去否？”戊戌六君子之一譚嗣同曰：“時在光緒二十二年六月（1896年7月），頃來金陵，見滿地荒涼氣象。本地人言，發逆（太平軍）據城時，並未焚殺，百姓安堵如故。終以為彼叛匪也，故日盼官軍之至。不料湘軍一破城，見人即殺，見屋即燒，子女玉帛掃（盡）數入之於湘軍，而金陵遂窮矣。至今父老言之，猶深憤恨！”