1月：
4日，朝廷詔命各省議奏幣製。
8日，建曲阜學堂；清廷發內庫銀十萬兩用於該學堂興建工程。
本月，光緒見墨使胡爾達、德使雷克司以及法使、英使等。
14日，日蝕。
18日，增加京官養廉銀。
19日，學部近奏：查美洲華僑之數，當光緒八九年間，約三十餘萬人；十八九年間，減至二十餘萬人，至二十九年以後，僅有十餘萬人。自禁工之議起，（美洲國家）限製華民入境者甚嚴，即僑居已久者，亦不得同享其優待之利益。近日美國重申阻止（本國孩童）與亞洲幼童共校之禁令。紐約各華商屢電我部，籲求救援，殊堪憫念，建議於美洲興辦華僑學校，提高華人文化。光緒諭旨：議行。
25日，改駐各國公使為二品實官。
本月，設京師內外城總廳，以榮勳、朱啟鈐為廳丞，以鳳山總統一、三、五、六鎮（相當師）新軍訓練。
本年冬，賑普寧、趙州、羅平、師宗、江寧、揚州水災。免安州、灤平澇災糧賦，永鎮額賦，陝西鹹寧等處欠賦，永平、太和、昆明災地欠糧。
2月：
24日，光緒接見各國公使。
27日，孫中山於離日本之前夕，召開會議，討論中華民國國旗問題。孫中山主張沿用青天白日旗，因此旗為烈士陸皓東所發明，興中會諸烈士均為此流血犧牲，以此為紀念。但各人意見不一，有人主張用五色旗以代表五族共和；有主張用十八星者，代表十八省；有主張用金瓜鉞斧者，以發揚漢族之精神。黃興主張用井字，表示井田之意。為此孫中山與黃相爭甚力。黃興為此，忽言退會。該會不歡而散。
30日，裁減各部小京官。
3月：
3日，調岑春煊為四川總督，錫良為雲貴總督。
4日，丁振鐸開缺，以鬆壽為閩浙總督。
16日，有泰以貽誤藏事奪職，並謫戍軍台。
31日，張百熙卒，諡文達。
4月：
2日，於右任於上海創辦《神州日報》，以隱約之詞提倡排滿，不用清廷年號，銷路在上海各報之上。
17日，光緒接見日本公使林權助等。
19日，長春、哈爾濱開為商埠。
20日，改盛京將軍為東三省總督，裁吉林、黑龍江將軍，改置奉、吉、黑三巡撫，授徐世昌為欽差大臣，任東三省總督。
23日，命府尹孫寶琦充出使德國大臣。
25日，《民報》增刊《天討》。
29日，劉思裕領導二、三千人於廣東欽州發動抗捐鬥爭。5月中旬，清軍統領郭人漳率軍鎮壓之。趙聲、何長清亦參與此役。劉思裕死難。
本月，東京同盟會發生分化，川人張伯祥發起成立共進會，主張平均人權，不讚成平均地權。參加者有焦達峰、劉公、居正、熊克武、喻培倫、陶成章等，共九十餘人。
本年春，免寧夏中衛被水及陝西榆林等屬欠賦、雲南旱災州縣欠糧及額賦。
5月：
3日，命天津道梁敦彥，充出使美、墨、秘（秘魯）、古大臣。
7日，命陸征祥充國際保和會專使大臣，李經方充出使英國大臣，錢恂充出使荷國大臣。
15日，裁各省民壯捕役，改設巡警。綏來地震。
16日，禦史趙啟霖坐汙蔑親貴事（見前），奪職。
22日，改定東三省官製，奉天、黑龍江、吉林各設行省公署，署中以總督為長官，巡撫為次官，置左右參讚，分別領導承宣、諮議兩廳。二廳之下設交涉、旗務、民政、提學、度支、勸業、蒙務諸司。各員每日入署辦公。各司置司使一員，總理一員，司下設科。
同日，孫中山發動黃岡起義，並占領黃岡城，成立軍政府，臨時司令為餘既成，副司令陳湧波。旋因軍械不給而失敗。
本月，考察政治館奏請開辦《政治官報》。
6月：
1日，以江北水災，嚴禁米糧出口。
2日，陳純、林旺、孫隱領導惠州七女湖起義。此次起義為孫中山派人組織。6月中旬，起義失敗。
7日，清廷訂定陸、海軍官製：陸軍部設兩廳十司；軍諮處設五司；海軍部設六司。
8日，命衍聖公孔令貽稽察山東學務。
15日，命王士珍以侍郎銜代理江北提督。
17日，瞿鴻璣罷職。
19日，授鹿傳霖為軍機大臣；命醇親王載灃值軍機。
21日，王文韶罷職，命張之洞協辦大學士。
7月：
6日，安徽巡撫恩銘為黨人徐錫麟刺殺。徐亦殉國。
7日，慶親王奕劻接各省電告後奏改各省按察司為提法司。各省原設之布政司、提學司，照舊。此外再設巡警道、勸業道。有關地方因事務必須，酌增設有關各道，如鹽運司、鹽法道、鹽茶道等。分守、分巡各道，一律裁撤，邊遠需要者，可設兵備道。此外鹽糧關河各道，各有專司，亦仍其舊。各省審判廳，按級分立，以求司法獨立，地方自治，期於十五年內通行。
8日，光緒諭內閣：各直省官製，已據王、大臣議擬，並飭行試辦，惟立憲之道……自今以後，應如何切實預備，乃不徒托空言，宜如何逐漸施行，乃確有成效，亟應博訪周谘，集思廣益。凡有實知所以豫備之方、施行之序者，準各條舉以聞。除原許專折奏事各員外，其餘在京呈由都察院衙門，在外呈由各地方大吏，詳加甄複，取其切實正大者，選錄代奏，但不得摭拾陳言，亦無取繁文冗詞，隻要切合時勢，實在可行者，逐一具陳，以便省覽而資采擇。總之，此事既官民各有責任，即官民均應講求，務使事事悉合憲法。
11日，命李家駒充出使日本大臣。
13日，以協辦大學士、學部尚書榮慶為國史館總裁，吏部尚書陸潤庠為副總裁。
15日，光複會黨人秋瑾，於紹興殉國。
22日，授張之洞為體仁閣大學士，鹿傳霖協辦大學士。
8月：
4日，永定河決口。本年夏，清廷免湖南新化被水額賦、伊通被亂欠課、雲南旱災州縣銀米；賑雲南饑荒與直隸水災。
本月，直隸總督袁世凱奏請選派大臣赴德、日兩國考察憲法。
10日，光緒詔命中外臣工議奏化除滿漢界限；命林紹年為河南巡撫。
12日，岑春煊開缺，以張人駿為兩廣總督。
13日，改“考察政治館”為“憲政編查館”。軍機大臣、大學士參預政務大臣議事，由內閣執行。
21日，懿旨：遣士琦赴南洋各埠考察，獎勵華僑。
23日，光緒諭軍機大臣等：近來匪徒謀逆，往往假革命名詞，搖惑人心，奸狡情形，殊堪痛恨。雖隨時破獲，而地方已被其擾害，後患不可勝言。惟有破其詭謀，直揭其叛逆之罪，不使藉詞革命，巧為煽誘。著令督撫……處以鎮定，務須設法解散，勿任勾串固結。凡屬不法之徒，尤當嚴密查拿……毋任信口妄供，致使遁而支他。果係著名首惡，或竟甘心從逆，仍予盡力懲治，弗稍輕縱。其被威勢脅迫及家屬之不知情者，均為網開一麵，概免株連，俾釋疑懼，鹹與相安。似此以靜製動，以寬製猛，庶可漸化人心之不靖，潛消逆跡於無形。該督、撫等，其各悉心籌劃，加意防維，總不使奸民有詞可藉，亂黨有機可乘。
同日，命張蔭棠為全權大臣，與英國協議西藏條約。
29日，清廷陸軍部奏定《陸軍三十六鎮，按省分配，限年編練章程》。近京四鎮已經編定。江蘇、湖北各兩鎮，山東、山西、陝西、新疆各一鎮，四川三鎮，限三年編定。江北、安徽、江西、河南、湖南、熱河各一鎮，限四年編定。廣東、雲南、甘肅各兩鎮，廣西、貴州各一鎮，限五年編定。浙江、福建、奉天、吉林、黑龍江各一鎮，限二年編定。一律編練足額。光緒準奏。
9月：
4日，命張之洞、袁世凱為軍機大臣，並以袁兼外務部尚書。調趙爾巽為湖廣總督，陳夔龍為四川總督。
5日，命楊士驤代理直隸總督兼北洋大臣。
6日，李經邁以母病免職，命雷補同充出使奧國大臣。
7日，黃河決口河南孟縣。
同日，政務處奏報農工商部奏擬劃一度量衡圖說總表及推行章程。
9日，光緒病，朝廷命各省薦精通醫理者。朝廷命汪大燮出使英國，達壽出使日本，於式枚出使德國，並皆充任考察憲政大岜。
10日，設置京師高等審判廳。
17日，設立總檢察廳。
18日，設立資政院，以貝子溥倫、孫家鼐為總裁。