於是，窩闊台妻乃馬真氏脫列哥那皇後欲立自己所生的長子貴由為汗。但貴由在西征時不尊重西征統帥拔都，二人不和，因此，拔都借故不來參加選汗大會，致使選舉新汗的忽裏台一再推遲。因此，窩闊台汗去世後一直由其妻脫列哥那皇後攝政。
脫列哥那皇後攝政時期，信用其女仆徒思城回回人法提瑪，迫害原來窩闊台重用的大臣，使中書右丞相鎮海和燕京行台斷事官牙老瓦赤被迫逃往窩闊台汗子闊端處避難。中書令耶律楚材也含怨而死。之後，她任用大商人奧都剌合蠻，接替牙老瓦赤的職務，管理漢地政務。
原管理畏兀兒和河中地區政務的馬思忽惕伯也逃避到術赤子拔都處。
她又派斡亦剌人阿兒渾去西域，殺死闊裏吉思，管理呼羅珊等阿姆河迤南地區的民政和財賦。
脫烈哥那的攝政，使成吉思汗《劄撒》遭到廢棄，造成法度不一。
諸王“人人都向四方派遣使臣，濫發詔旨牌符；他們四下結黨，各自為政”，使蒙古帝國瀕於崩潰境地。
1243年，拔都在亦的勒河下遊的東岸，建築了薩萊城（今俄羅斯阿斯特拉罕附近），並以此為都城來統治他占領的地域，拔都的統治區叫欽察汗園，也叫金帳汗國。其疆域東起也兒的石河（今額爾齊斯河），西包斡羅思諸公國。
1246年，窩闊台汗死後第五年，拔都才派其兄弟來參加忽裏台，各支宗王在選汗大會上推舉貴由為汗。在忽裏台上各支宗王還按貴由的提議一致立誓，貴由之後把汗位保留在其家族中。
不過，此次貴由即位在拔都和宗親們未到前，脫烈哥那和異密們就以自己的權力立了貴由為大汗。拔都對於此事非常惱火，拒絕承認貴由為蒙古大汗。
而且在貴由的父輩，術赤和拖雷平時關係密切，而窩闊台和察合台又關係很好，因此“黃金家族”中就形成了拖雷係和窩闊台係兩大派係。兩大派係之間雖然表麵上拖雷係處於服從地位，但是軍事實力和土地臣民又遠遠超過窩闊台係。父輩的隔閡同樣傳給了兒子，尤其是拖雷之死，拔都始終認為是窩闊台謀殺的，所以拔都的欽察汗國基本上不服從窩闊台的指揮。
所以，貴由的即位為“黃金家族”內部的紛爭埋下了種子。
招撫吐蕃
貴由汗即位不久，脫列哥那去世。貴由汗處死了脫列哥那的親信法提瑪和奧都剌合蠻，又經審訊處死了企圖篡位的成吉思汗幼弟鐵木哥斡赤斤。任命牙剌瓦赤管理中原，馬思忽惕伯仍管理畏兀兒和河中地區，阿兒渾繼續管理呼羅珊地區。降旨收回朝廷此前濫發的牌符。
1248年，貴由汗親自率軍西去，至橫相兀兒（今新疆烏倫古河上遊河曲處）突然死去。一說貴由此行是出征拔都，被拔都派人毒死的。貴由汗在位三年，終年43歲。
盡管貴由汗即位後，未及發動征伐便死去，但蒙古還是在這一時期擴大了帝國版圖。其弟闊端在此期間遣使招撫吐蕃，使吐蕃歸附了蒙古。
吐蕃在唐代很強盛，與唐朝分庭抗禮，戰爭中互有勝負。但是，自公元842年讚普朗達瑪被刺殺後，吐蕃王朝崩潰。13世紀，蒙古興起之時，吐蕃後弘期佛教各教派與地方勢力結合形成了許多地方政權，互不統屬。當時藏傳佛教的寧瑪派、噶當派、薩迦派、噶舉派都有很大的勢力和影響。
蒙古貴族征服西夏後，接觸到藏傳佛教。皇子闊端奉命率軍出征四川時注意到了吐蕃，1239年，派遣多達納波率一支軍隊進入今青藏地區偵察，得知後藏地區的薩迦派首領薩迦班智達（即袞噶堅讚）學問最好，影響最大，於是派使臣邀請其前來會見。1245年，薩迦班智達派遣兩個侄子八思巴和恰那多吉先行，自己沿途與吐蕃各地方首領商議歸順蒙古事宜。
同年，八思巴等人至闊端駐地涼州（西夏西涼府治，今甘肅武威），薩迦班智達於第二年至。由於闊端參加選舉貴由汗的忽裏台未歸，1247年雙方才會麵。薩迦班智達與闊端議妥了吐蕃歸順蒙古的條件，由薩迦班智達給吐蕃各地僧俗首領寫了一封公開信，勸他們接受條件，歸順蒙古。隨後各地按蒙古汗廷的要求，造冊上報人口及貢賦數字，從此青藏高原歸入蒙古統治之下，薩迦派也因此取得了吐蕃宗教領袖的地位。
拖雷家族奪權
貴由汗死後，由皇後斡兀立海迷失攝政。斡兀立海迷失很想把王位傳給窩闊台係的一位王子，要麼是貴由的侄兒失烈門，或者是傳給她與貴由所生的忽察（當時還很年幼）。
但是，作為成吉思汗家族之首的拔都在這些事情上起了主導作用，他決定排除窩闊台係。更準確地說，他與拖雷的遺孀唆魯禾帖尼聯合起來——唆魯禾帖尼是克烈部人（王罕的侄女），她不但精明，還很明智。在她看來，她家族的轉機來到了。她說服拔都提名她與拖雷所生的長子蒙哥為大汗。
拔都作為長支宗王在自己的封地召集了選汗大會，決定推舉拖雷長子蒙哥為汗，擇日召開忽裏台。然而，投票讚成蒙哥的隻有術赤和拖雷家族的代表。窩闊台、察合台係諸王不讚同，他們以此會未在蒙古本土召開為由不承認這個決定，拒不赴會。