西進
前麵說過，愷撒手中沒有足夠的船隻，地中海的製海權掌握在龐培手中，因此愷撒不得不率軍隊從陸路奔襲西班牙。西地中海大戰是整個內戰的第二階段。愷撒出動了一路跟隨自己過盧比孔河、稱霸意大利的3個老軍團，另外命令在高盧中北部過冬的6個軍團全部出發。他拿出高盧戰爭中的老底子，試圖一舉肅清龐培的勢力。而駐守西班牙的三位龐培方大將，則率領著7個軍團及當地民兵共9萬人，嚴陣以待。
然而，意想不到的事發生了。愷撒自4月7日離開羅馬以來，沿著奧勒留大道一路北上，經過熱那亞，到達了法國南部行省後，向西進發。軍隊一路高歌，到達馬賽時已經是4月19日了。迦太基滅亡後，馬賽成了地中海西部的第一大港口，在這裏，愷撒遇到了行軍以來的第一個障礙——馬賽人緊閉城門，他被拒之門外了。
古代被稱為馬西利亞的馬賽港，是個起源於希臘殖民的海港城市，擁有比羅馬更悠久的曆史。以敘事詩、哲學和悲劇著稱的希臘民族，在商業和海運上也有卓越的才能。希臘統治下的馬賽，雖在文化上沒有太高的成就，卻也是個繁榮的商業都市。作為商人，馬賽人對時代的變化自然很敏感，早在羅馬與迦太基競爭的時代，馬賽就投靠羅馬。羅馬擊敗迦太基，成為西地中海霸主後，雖然把馬賽置於自己的軍事範圍內，但仍允許其以獨立國家的形態存在。此外，法國南部的羅馬行省，也承認馬賽的獨立地位。由於龐培曾肅清海盜，實現地中海的“羅馬統治下的和平”，以貿易立國的馬賽也深受其益，因此馬賽也是龐培clientes 大網中的一分子。
不過這並不是馬賽拒絕為愷撒開城的唯一原因，更重要的，還因為他們是不為感情所動的商人。早在高盧戰役結束、愷撒統治高盧中、北部後，他就一直致力於積極發展當地經濟。而因此獲得最大利益的，是那些住在意大利的有希臘血統的羅馬公民。這些既繼承了希臘經濟才能又享有羅馬公民特權的人，成為了馬賽人在高盧中、北部的最大商業競爭對手。馬賽人認為是愷撒打破了他們對商業的壟斷，因而一直對愷撒沒有好感。龐培和愷撒間的戰爭，就在這裏開始了。在馬賽人看來，前者和後者的戰爭，就是幫助他們掃清海盜的英雄和破壞他們商業收益的壞人之間的戰爭。毫無疑問，馬賽人站在了龐培這邊，讓愷撒吃了閉門羹。而龐培顯然也會毫不猶豫地支援馬賽，因為當clientes 遇到危機時，patronus 有責任和義務提供幫助。馬賽人心中仍然保留著龐培當年掃蕩海盜時果敢勇猛的雄姿。
這是愷撒未料到的情形，但他也不能放棄有如此重要戰略意義的城池。愷撒的“西進”計劃，不僅要打擊龐培在西班牙的勢力，還要拿下西地中海，為自己討伐龐培所在的希臘時解決後顧之憂。而從馬賽出發，橫跨海灣就能直達西班牙，如此重要的城池愷撒勢在必得。
馬賽地處海港，愷撒考慮用海陸夾擊的辦法進行攻擊。不過處於半島尖端的馬賽，本就占了易守難攻的地形優勢，加上豐厚的經濟實力，不管是海上還是陸路都是一座堅固的要塞。按照常理，應當以持久戰的戰略攻城，不過，愷撒已經等不及了。
馬賽戰役
以羅馬軍隊的技術，構築陸地封鎖線需要兩周時間。這期間，愷撒在馬賽附近的阿爾勒城建造了用於海上封鎖的12艘船。5月4日，愷撒軍的陸地攻堅準備就緒之後，馬賽戰役拉開了帷幕。
對戰爭早有預見的馬賽人已經提前儲備好了武器糧草，又從外部補足了精兵強將。與愷撒預計的快速戰相反，戰爭逐漸向持久戰的方向發展。龐培也履行了他作為patronus 的義務，派阿赫諾巴爾布斯前來出任防衛總指揮。這位總指揮與愷撒有過交戰經驗，曾經在科菲尼昂戰役中被愷撒擒獲後又被釋放。此次隨他前來的還有16艘戰船的援軍。
龐培本人並未在前線出現，不過在他的腦海中早已謀劃了整個地中海地區的戰略規劃。
馬賽戰役相持了大約一個月，愷撒認識到再這麼耗下去，自己將無力前往西班牙與龐培軍隊進行大決戰了。法比烏斯帶領著三個從高盧過來的軍團已經先一步抵達了西班牙，愷撒知道，如果繼續這麼讓他們單獨滯留在敵方陣地的話，情勢就很危險了。