終於可以看到和龐培決戰的愷撒方的指揮官的麵孔了。除了總司令是愷撒外，和星光熠熠的龐培方比起來，這邊的陣容顯得非常寒酸。除了公元前53年的執政官多米提烏斯·卡爾維努斯一人和愷撒是同時代的將領外，其他的將領，從33歲的安東尼開始，大多都是些經驗不足的年輕將領，這就是現實。高盧戰役時期的軍團長庫拉斯因為被選出擔任大法務官，和托雷波尼烏斯一起留在羅馬統治本土，德奇姆斯·布魯圖出任行省總督到法國南部赴任去了，不能一同前往希臘。因為庫裏奧戰死北非，愷撒也不放心將一方軍隊隻交給多拉貝拉一人。在這樣的狀況下，愷撒任命多米提烏斯為第一副將，小安東尼為第二副將。這兩人都是驍勇善戰之輩。當然，這個驍勇善戰，也是有忠實地執行愷撒思想戰略的成分在內的。世上的事經常有正和反兩麵，相比於思考的“頭”和出主意的“口”都很多的龐培方，愷撒這邊所有的思考和意見都集中在愷撒一人手中。
雖然可以成為幕僚的人寥寥可數，但是愷撒任命以百人隊隊長為代表的將領擔任中間指揮層，無論在數量還是質量上，都要壓倒龐培方。從很久以前開始，羅馬軍團的主力就是百人隊，將這個傳統活用到巔峰的正是愷撒。從名字來推測，這些人都是出生於平民的階層。愷撒相信他們的實力，給了他們莫大的自信。他們被升任為原本僅由貴族和元老院階級出身才能擔當的軍團長和大隊長，也同時萌生了擔負起軍團支柱的自覺心和責任感。這就是人們所說的：“士為知己者死。”百人隊隊長們對愷撒的忠誠之心，是連一絲烏雲也看不到的。和這些百人隊隊長同寢同食的普通士兵們，跟自己的隊長也是同心同德，同甘共苦。雖然有些迫不得已，但這正是愷撒采用精兵模式與龐培戰鬥的自信來源。
話雖如此，戰爭並不是隻是依靠意誌和氣概的戰鬥。戰爭的決定要素中，首屈一指的，無論如何都是士兵的數量和素質。如果說數量的話，那麼龐培方肯定是具有壓倒性的優勢；但如果從質量上看，兩方的情況正好顛倒了。因此，兩個在數量和質量上各擅勝場的綜合體的戰鬥力比較，是沒辦法簡單給出答案的。
愷撒這邊的10個軍團2.5萬名重裝步兵中，現役的老兵占到了一半。第八、第九、第十、第十一、第十二這5個軍團，都是從高盧戰役第一年開始就追隨愷撒的。對愷撒而言，他是率領著嫡係部隊親臨決戰。
龐培方的老兵也不少。但問題是，老兵也有兩種：一種是自始至終都在戰場上的現役兵；另一種是年齡上雖然已是老兵，但是戰鬥經驗已經撂下了好多年的所謂老手。
龐培方的老兵，隻有從意大利帶來的兩個軍團屬於前一種，這兩個軍團是以出兵敘利亞為名，從愷撒手中收走的兩個軍團。從公元前53年到公元前50年的四年期間，這些老兵跟隨在愷撒身邊積累了許多戰鬥經驗。除這兩個軍團以外的龐培軍中的老兵們，都是些東地中海海域各行省的防衛兵。他們因為龐培稱霸了東方後過上了和平的日子。簡言之，自從龐培稱霸東方以後，從公元前63年開始的15年間都沒有一個真正戰鬥過的老兵。越是新經過戰火洗禮的戰士，就越是強悍。龐培也知道這一點。在愷撒取得西地中海海域期間，龐培率領他的士兵們前往希臘中部的色薩利進行了軍事訓練。然而不管怎麼說，除了這兩個軍團以外，他的兵力也還都是從各地湊合而成的。沒有麵麵俱到的訓練，就無法形成真正的戰鬥力。
提到海上戰鬥力，我們會發現將雙方實力拿到一起對比是毫無意義的。龐培從東地中海全域搜集了600艘船。和他相比，愷撒連保證運送2.5萬名步兵和1300名騎兵的船隻都沒有，他為此不得不分兩批運送。這樣算來，他應該充其量隻有100艘船。在無可奈何地目送龐培出港遠遁之後，愷撒在9個月前就下令建造船隊。但是受命造出來的船裏頭，有40艘已經在小安東尼和多拉貝拉奪取亞得裏亞海製海權時損失掉了。不過，龐培軍隊也不會為了阻止愷撒軍渡過亞得裏亞海而動用全部的600艘船。另外，港口也僅能容下150艘船。