剩下的問題就是，不管怎麼說，敵人都擁有7倍於己的騎兵攻擊力，而且他們還是平原作戰，騎兵的機動性可以發揮到無以複加的程度。如何與之對抗，是一個很大的問題。7000對1000，如果從正麵對抗的話，結果是顯而易見的。
愷撒認為，僅憑1000名騎兵的實力，想實現三位前輩所示範的繞到敵人背後進行擾亂的戰法是不能實現的，所以他首先放棄了這個想法。這1000名騎兵隻能作為與敵人7000名騎兵周旋的手段。如果正麵對抗的話，是必輸無疑的。於是愷撒考慮將自己手上的馬匹作為“秘密武器”使用。這是一場沒辦法補充騎兵兵員的戰鬥，愷撒唯有在手頭現有的資源上打主意。他花費了幾天時間反複布陣，對這個“秘密武器”也進行了戰鬥演習。
河流在愷撒軍陣型的左手邊，具體兵力部署如下：左翼——第八、第九軍團擔當主力，由安東尼指揮。中央——第十一軍團擔當主力，由多米提烏斯指揮。右翼——第十軍團、第十二軍團擔當主力，由蘇拉指揮。總指揮是愷撒，他的位置和龐培遙相呼應，坐鎮於右翼的背後。但是愷撒不是紮營在高地上，而是騎在馬上。在反複演練布陣的同時，愷撒也在注意不讓敵人察覺到自己的“秘密武器”。
他的第一目的是謀殺敵人騎兵的機動性，因此，有以下兩件事必須完成：第一個秘密武器是騎兵。愷撒將平時的守護隊旗的輕裝步兵共400人從日常任務中調離，這些身手矯健的士兵被添加進1000名騎兵之中，組成步騎混合隊。他們都是年輕人，又都是輕武裝，因此行動迅捷，既可以在騎兵身後和騎兵共乘一匹馬，也可以突然從馬上躍下。通常狀態下，他們和騎兵一起行動；在戰鬥時他們躍身下馬，以其敏捷的身手和驚人的體力所展示出來的戰鬥力也頗為驚人。當然，也這是在反複布陣時不斷演習積累經驗才迸發出來的戰法。
第二個秘密武器，愷撒不想讓敵方預先知道，因此沒有進行預先演習，希望直到最後真正的戰役中才拿出來。之所以覺得這樣可行，是因為這個和“秘密武器一”不同，執行“秘密武器二”任務的，都是軍中百裏挑一的精英。
重裝步兵的軍隊布陣，愷撒是忠實於羅馬軍傳統的，以左翼、中央、右翼組成三列的橫隊組成。從前列開始分別是“哈斯塔裏”、“普林奇佩絲”和“陀利亞裏”。所謂的哈斯塔裏就是年輕人，普林奇佩絲是中堅力量，而陀利亞裏則是老兵隊列。這樣的陣型屬於尋常配備。不過，羅馬軍的服役時間是從17歲到45歲。
一般老兵也就是40歲出頭。法薩盧斯平原上的愷撒軍中的“老兵”，指的則是從公元前58年高盧戰役第一年就跟隨他、在他的指揮下戰鬥了10年之久的士兵。愷撒把軍中左翼、中央、右翼全部的從陀利亞裏中挑出來的精兵聚集在一起，編成了一個特別軍團。選出這個精兵軍團的原因，是因為他們既是步兵，所以在敵人的7000名騎兵猛攻時，這些步兵要張開雙臂站在他們麵前擔任阻擋的任務。他們必須在騎兵的麵前一動不動，沒有極大的勇氣是無法做到的。年輕士兵們雖然有勇氣也有鬥誌，但說到戰鬥經驗和臨敵勇氣膽魄的話，在這樣的戰鬥麵前他們是否能做到還是個未知數。
另外，由於那些士兵是老手，所以他們也不需要進行特別演習，隻需要愷撒一聲令下就足夠了。愷撒不想讓敵人覺察到這個特別軍團配備了2000名精兵，於是將他們安置在右翼的背後，也就是自己的近前。
這兩個“秘密武器”，能達成滅掉敵人7000名騎兵的機動性這個目標嗎？愷撒對此毫不懷疑。
到這裏突然想起了一個小插曲，愷撒在少年時期，曾經以兩手放在頭後交叉的姿勢騎乘裸馬。之後的愷撒，曾經騎馬和素有“馬背上的民族”之稱的努米底亞騎兵或日耳曼騎兵拔刀交戰，這一點士兵們都是有口皆碑的。這足以證明愷撒對馬這種動物的習性了如指掌。