所有的情況都對阿基拉斯和波提烏斯有利，他們的進攻氣勢很強；相反，愷撒隻有進行防守戰。由於害怕敵人切斷通往大海的出口，愷撒的攻擊主要集中於打擊敵人的海軍。愷撒的士兵們放火燒了敵人的船隊。火勢蔓延，連古希臘的文化發源地、著名的亞曆山大圖書館中的40萬卷藏書都灰飛煙滅。火燒起來後，愷撒立刻嚐試占據燈塔所在的半島。一旦成功占領這個被稱為法羅斯的著名半島，愷撒就占據了這個半島所在的1.4公裏長堤。這個堤壩所連接的就是亞曆山大港，所以這也是占領全港的第一步。
在此期間，愷撒首先殺掉了宦官波提烏斯，但是另一位公主阿爾西諾伊和少年國王站到了阿基拉斯這邊，而克婁巴特拉一直堅定地站在愷撒這邊，形成了這樣的戰鬥格局。不久之後，根據阿爾西諾伊公主的命令，阿基拉斯也被殺了。這樣，根據父王的遺詔擁有繼承權的克婁巴特拉和完全沒有繼承權的妹妹阿爾西諾伊之間，展開了對王位的軍事爭奪戰。愷撒也卷入了這場無聊的家庭鬥爭中。在接到命令的援軍趕到之前，他也沒有什麼決定性的行動可以改變這一狀況。
在希爾提烏斯執筆撰寫的《亞曆山大戰記》中，實際上對於亞曆山大戰役中攻防戰的敘述部分，隻有全部內容的三分之一。因為從羅馬人的角度來看，這場戰爭的意義並不大。話雖這麼說，這個亞曆山大戰役卻是在從高盧戰役開始到法薩盧斯會戰之後，所有愷撒負責的戰鬥中最具電影效果的。
這場戰爭簡直是一部好萊塢製作的曆史大場麵電影，豪華的場景連續不斷。侍從帶來的被褥打開後，麵前站著一位年輕貌美的女王。為守護這位女王而進行戰鬥的，是羅馬的第一勇士。在海港內用繩索連接在一起的50艘大型船隻在熊熊火焰中燃燒。火焰蔓延，燒毀了古希臘的文明之花——亞曆山大圖書館。接著是圍繞著因為技術水準高超而被列為世界七大奇跡之一的、鼎鼎有名的亞曆山大港的燈塔而進行的海戰。在千鈞一發之際，愷撒從船上跳到海裏逃脫了。
的確，所有的一切都如此合適。以豪華的埃及王朝作為背景，展示了家族爭鬥、英雄美女情愛、殺戮、戰鬥、火災等一係列元素，感覺就是一部什麼都不缺的電影。然而從曆史的角度看，這不過是一次簡單的戰爭。
身處此境的愷撒現在隻能一邊全麵防守，一邊等待援軍到來。但是他是一位已經習慣了在前線戰鬥的總司令了。在亞曆山大戰役中的愷撒，甚至在千鈞一發的險境之中感受到了愉悅的心情。話雖如此，為了保證幹淨飲用水供應，他對為此修築的工事技術也頗為用心。
原本負責小亞細亞地區防衛的多米提烏斯接到命令後率援軍趕到時，大概已經是公元前47年的2月底了，從去年10月開始的戰爭已經足足過去了4個月。
到達埃及的援軍並不是隻有隨多米提烏斯前來的2個軍團，還有來自小亞細亞和敘利亞的、自願來到愷撒身邊參戰的戰士——他們非常興奮。這其中還有擁有本都王族血脈的勇將米特拉達梯。
也就是說在到達的援軍裏，既有從海路來的，也有從陸路經過敘利亞、巴勒斯坦來的。他們分布在亞曆山大港周圍，就像網狀分布的尼羅河的支流。一直以王宮為依托進行戰鬥的愷撒，認為有必要和到來的援軍會合。此時愷撒手中已經掌握了製海權，於是決定乘船在海上進行會合。而另一麵，托勒密十三世這邊正準備加以阻止。這樣一來，戰鬥就從亞曆山大港城內轉移到了尼羅河的入海口。在尼羅河的入海口有幾條支流分別注入地中海。這個地帶又被稱做三角洲，因為其地形酷似希臘語中的字母“Δ”。
愷撒從麻煩的巷戰中解放出來之後，又和援軍會合了。他終於可以施展他的獨特戰術了。在尼羅河三角洲展開的戰鬥，不到一個月就分出了勝負。托勒密十三世卷入失敗的亞曆山大港軍隊後戰死，作為指揮的宦官蓋尼莫德斯戰死。公主阿爾西諾伊成為了俘虜。愷撒站在日耳曼騎兵團前麵，以勝利者的姿態進入了亞曆山大港城內。無論他走到哪裏，這些士兵都像影子一樣忠實地跟隨著他。這是公元前47年3月27日。