日耳曼尼庫斯臥床不起，病榻邊圍坐的眾人都認為這突如其來的病是總督皮索下毒引發的。在這樣的聲浪中，日耳曼尼庫斯也對此深信不疑。然而，日耳曼尼庫斯發燒還不到10天，就在對圍在病床邊的妻子與戰友托付報仇的遺言後撒手人寰。公元19年10月10日，日耳曼尼庫斯病逝，年僅33歲。日耳曼尼庫斯是一位非常優秀、對敵人極為寬恕的將軍。他的離去不僅使得敘利亞，也讓整個東方地區都為這位青年將領的死感到惋惜。東方地區的居民，除了羅馬人，就連希臘人、猶太人和閃米特人也前來安條克中央廣場參加他的火葬儀式。雖然此時已經進入了不宜航海的季節，然而，日耳曼尼庫斯的妻子阿格裏皮娜還是捧著丈夫的骨灰，帶著7歲的卡利古拉和剛滿1歲的女兒，踏上了返回羅馬的道路。由於天氣十分惡劣，船隻經常停靠岸邊，走走停停曆時兩個月才返回羅馬。
如果是下毒致日耳曼尼庫斯死亡，然而毒性的發作太漫長。曆史學家塔西佗更傾向於日耳曼尼庫斯是死於皮索毒害，而皮索又是受了提比略的密令這一說法，他這樣描寫道：
不論是從軀體之美、英年早逝的年齡，還是從離世的緣由以及亡於東方這一遠離故土之處等這些情節來分析，日耳曼尼庫斯與亞曆山大大帝的命運確實如出一轍。兩人都擁有極為強健的身軀，都出身顯貴，卻都在剛剛踏入而立之年的30歲出頭就客死他鄉，成了家族暗鬥的犧牲品。
不過，與亞曆山大大帝有所不同，日耳曼尼庫斯待人寬厚，不隻會貪圖享樂。雖然隻有一段婚姻，他也享受到了子女繞膝之樂。對作為將軍的日耳曼尼庫斯而言，如果日耳曼戰役沒有遭到故意為難，他肯定能留下足以與亞曆山大大帝媲美的戰績。如果他生而為王，擁有行動的自由和製定決策的權力，那他所造就的業績絕對能輕鬆地超越亞曆山大大帝在戰功上的成就。因為，無論是寬以待人、嚴於律己的為人處世方麵，還是其他眾多的才華方麵，日耳曼尼庫斯都略勝一籌。
曆史學家塔西佗雖然是以羅馬帝國最有權威的身份寫下了這段話，但這一段話的某些見解卻讓現代的研究者不禁覺得好笑。甚至有研究者這樣認為：“日耳曼尼庫斯之死，根本談不上是羅馬帝國的損失。”更何況，現在已形成了亞曆山大大帝和日耳曼尼庫斯都亡於瘧疾的定論，隻不過亞曆山大大帝被毒害的說法更有說服力。當然，不論誰英年早逝都不免會讓人有惋惜之情，更何況是這樣一位生前受人愛戴尊敬的人物。就連知道他所存在缺點的人，在他意想不到的死亡之後，也會將這些小毛病都拋諸腦後。駐守在萊茵河防線的士兵們為這位曾經的將領之死感到痛心。這大概就是“日耳曼尼庫斯神話”的起源吧。
羅馬人在得知阿格裏皮娜一行人將會經海路抵達科孚島後，都自發地聚集到了這個距科孚島尚有兩日行程的登陸港——布林迪西港上。提比略從羅馬派遣來的3個近衛軍團大隊，也抵達了此地。在群眾帶著歎息之聲的迎接中，手捧骨灰壇的阿格裏皮娜與遺屬登上布林迪西港。
古羅馬時代，鮮花是用來祝福活著的人或是插在墳前用的，所以對於這樣剛剛過世的人而言，則是依據各自的財力燃燒相應的物品給這位故人以示悼念。然而到了基督教時代，演變為點燃蠟燭悼念，這種習慣一直流傳至今。
日耳曼尼庫斯的骨灰經過由3000名近衛軍防護的阿皮亞大道時，前來悼念日耳曼尼庫斯的羅馬人絡繹不絕，富裕一點的人則焚燒昂貴的香料，貧窮的人則脫下自己身上的衣服焚燒來祭奠他。在羅馬帝國的本土意大利，人們也都自發地穿起了喪服。而年輕的寡婦阿格裏皮娜和遺屬的樣子，更是讓人熱淚盈眶。
這些人群中還有從多瑙河前線趕回來的杜路蘇斯，此外，日耳曼尼庫斯的胞弟克勞狄烏斯、沒有隨同日耳曼尼庫斯前往東方的兩個兒子，還有以當年還在職的兩位執政官為首的眾多元老院議員也都來到離首都100公裏左右的特拉提納迎接日耳曼尼庫斯的骨灰。從特拉提納開始的阿皮亞大道幾乎是一條線直通羅馬。亡故的日耳曼尼庫斯就在家人和政府高官的護送之下，沿著這條路被送往了羅馬。