1788年夏天，富蘭克林開始寫遺囑了（7月17日公證、署名）。對他的身後之物，除了個人遺產外，他還將他的書籍、手稿、科學儀器和樂器在他的親戚、朋友、圖書館公司、美洲哲學學會、波士頓藝術科學院中做了分配。他免費贈給波士頓學校校董會丨00英鎊，用來每年頒發銀質獎章。
富蘭克林銀質獎章從1793年首次發起，到1922年，獎章數字已達4000枚左右。
1789年6月23日，富蘭克林對他的遺囑作了增補：把金頭手杖贈給華盛頓；用未動用的州長薪水贈給波士頓和費城各1000英鎊，用於發放給25歲以下、完成學徒合同條款的已婚青年的貸款，年息為5%，每年償還十分之一本金。所得利息再借給其他具備類似條件的青年。到100年時可得13.1萬萬英鎊，將其中10萬用於公共工程，其餘的再用於上述條件的貸款100年。第二階段可以得到406.1萬萬英鎊，其中106.1萬萬英鎊用於兩城居民，300萬用於該州政府。
富蘭克林的家產到1789年約為20萬美元，因而他從美洲返回費城之時起就心懷此誌：將錢財用於幫助像當年的他一樣勤勉、上進但無人資助的學徒青年。富蘭克林的這兩筆基金在費城，1907年達172350英鎊，其中133076英鎊轉往富1蘭克林學院，餘下的到1936年達132660萬英鎊；在波士頓，第100年達39.1萬英鎊，一部分用於公共工程，在安德魯·卡涅吉的幫助下，創辦了富蘭克林技術學校，其餘的在1891年再投資，到1935年達59.3萬英鎊。
服務於公眾一輩子的富蘭克林直到老、病纏身才回到家中，但由於聯邦政府中阿瑟·李、理查德·亨利·李的敵意，他希望早日結清公費賬目和要求一小塊西部土地作為服務於國外的報酬的兩項願望都沒有能夠實現。他隻能在自我安慰、自我解嘲中排遣愁懷。
現在，富蘭克林徹底閑下來了，他開始續寫自傳。他在1786年丨1月26日開始，以後幾次中斷；1788年10月22日起又寫到12月9日結石病重為止。至此，富蘭克林不能再執筆寫作了。那以後，他隻能口述，由外孫筆錄。
退出政壇的富蘭克林仍關注國內政治。1784年9月16日，他給華盛頓寫了信；1790年3月1日，他在寫給耶魯大學校長坎茲拉·斯蒂爾斯的信中還談到宗教寬容的問題。