1789年，富蘭克林的病情愈發嚴重了，他在病痛中又度過了一年。這年4月，聯邦政府選舉團一致選舉喬治·華盛頓為實行總統製的美利堅合眾國的首任總統。聽到這一消息後，躺在病床上的富蘭克林興奮得難以入眠，他掙紮著站起來，艱難地給華盛頓寫了一封信。
對於自己走過的一生，謙遜幽默的富蘭克林曾這樣寫道：關於我自己，眼下過得十分愜意，感謝仁慈的上帝，我的身體還可以。我讀書多，騎馬少，做別人的事多，做自己的事少，一有閑暇就想休息，高興時就願意找朋友聊聊，年複一年，僅此而已。最終的時刻將會來臨，到那時我但願聽到這樣的話“這個人活著對大家有益”，而不是“這個人死時很富有”。
富蘭克林生命中的最後一個冬天是在病床上度過的。當膽結石症開始惡化時，疼痛難忍，不得不服用大劑量的鴉片。但富蘭克林的記憶力依然很強，他的幽默與樂觀與早年不相上下。他晚年的唯一安慰，就是每天與前來看望他的親朋好友聊天神侃，但他的腦力所及卻再也無法達到思維的邊疆。
富蘭克林逝世前6天開始發燒，一度處於失去知覺的彌留狀態之中。幾天之後高燒才退，並出現了回光返照的跡象。
1790年4月17日，富蘭克林忽然起了床，請人們幫他整理一下床鋪，以便讓他死得像樣些。薩拉·富蘭克林聽了悲上心來，告訴他說，她要他好起來，再活許多年。富蘭克林平靜地說，“我不希望這樣。”他已經看到了最後時刻的來臨。夜裏11點，這位偉人溘然逝去。那時，他的孫子譚波爾和本傑明正陪在他的身邊。
4月21日，費城人民為他舉行了葬禮，兩萬人參加了出殯隊伍。碼頭上船下半旗，教堂鍾樓裏哀鍾長鳴，向他最後致敬作別的禮炮聲聽起來也那麼沉重。
4月22日，詹姆斯·麥迪遜在參議院動議為富蘭克林的逝世服喪一個月以示哀悼，被不經討論地通過；6月11日，在巴黎的國民議會中，米拉波動議各國應為富蘭克林先生之逝世哀悼3天，拉法耶特、拉·羅其福考爾德附議，議員鼓掌通過；第二年3月1日，富蘭克林原來的敵人威廉·史密斯在美洲哲學學會前向路德派教堂發去一篇讚美詞，讚美逝去的富蘭克林。
而按照富蘭克林生前的意願，他的墓碑上隻刻著這樣一行字：“印刷工富蘭克林”。偉大的富蘭克林直到最後，仍然是那麼謙虛，那麼樸實無華，這大概就是偉人的品格吧。