中國的科舉製度創立於隋朝，完善於唐朝，發展於宋朝，鼎盛於明朝，可謂是曆史悠久。而清朝的科舉依舊是仿照前朝八股取士，但更注重對士人思想的防範。客觀地說，科舉製度在選拔人才上具有一定曆史優越性，但隨著時間的推移，其弊端也日漸暴露，難以適應時代的發展要求。
1895年，清軍慘敗於日本。1900年，八國聯軍攻下北京城。堂堂中國四萬萬同胞，難道就沒有一個可用之才？慘痛的教訓使得清政府不得不反思自己的人才選拔方式：不是大清國沒有人才，而是大清國選拔人才的製度出了問題。改革科舉製度已經是迫在眉睫。
1901年，從西安返回北京的慈禧太後決定實行“新政”，張之洞被任命為參預政務大臣，和劉坤一、袁世凱以及眾位軍機大臣一起參與這次改革。張之洞和劉坤一積極響應朝廷變法的號召，兩人聯名上書三折，這就是著名的“江楚會奏三疏”。
“江楚會奏三疏”的第一疏討論“育才興學”，以教育製度改革為主，主張設學堂、變科舉、停武科、獎遊學；第二疏討論“致治、致富、致強之道”，提出具體的實施方案；第三疏討論“采用西法”，主張向西方學習。以上內容，朝廷幾乎全部批準，這也拉開了張之洞廢除科舉的大幕。
最早被廢除的是武科舉。武科舉始創於唐代，盛行於明清。不過，武科舉的受重視程度不如文科舉，而清代對武科舉的重視要超過前朝。武科舉考試，主要是考騎馬射箭一類。在冷兵器時代，這些技能確實大有用處。然而，西方新式槍械傳入中國後，武科舉已經不能適應新時代的需求了。另外，全國各地早已開辦了大批武備學堂，用於培養新型軍事人才，這也使得武科舉更沒有存在的必要了。所以，張之洞在“江楚會奏三疏”中強調，要改革文科舉、廢除武科舉。
關於廢除武科舉一事，大臣榮祿早在1895年就已經提出。當時，榮祿指出，軍隊裝備新式火器以後，舊式武器已經失去了存在的意義，如果繼續保留武科舉，必然難以滿足新時代的需要。榮祿主張各省應該設立武備學堂，用西方新式軍事理論培養軍事人才。然而，朝中上下並沒有多少人響應榮祿的提議。
出現這種情況，主要是因為武備學堂尚未盛行，許多人擔心一旦取消武科舉，會斷了很多人的官路。其實，這是很多官吏為自家的晚輩後生留出路。出於各自利益的考慮，朝中官員在明知武科舉已經毫無必要存在的情況下，依然堅持舉行武科舉。由此可見，既得利益集團維護舊製度的決心是何等的堅定。
戊戌變法時，維新派再提廢除科舉一事。不過，他們的變法很快就失敗了，他們廢除科舉製的設想也不可能實施。
1900年的慘敗讓清政府下定了“變法”的決心。趁此時機，深感科舉誤國的張之洞再次提出科舉改革。張之洞的提議屬於漸進式的改革，他隻要求先廢除武科舉，對文科舉進行相應調整。這一次，廢除武科舉的提議再也沒有遭到大規模反對，一來是清政府在與八國聯軍的較量中慘敗，而參戰人員不少都是武科舉出身，事實麵前他們無力狡辯；二來是武備學堂的大規模興起，使得許多有誌於投身軍旅的年輕人進入武備學堂，此時武科舉的作用已經逐漸被武備學堂取代了。終於，在1901年，清政府下令廢止武科舉。
同樣是在1901年，文科舉也開始改革。在文科舉改革中，變化最大的一項莫過於廢除八股文，改為考策論。八股文專講形式、沒有內容，文章的每個段落死守在固定的格式裏麵，連字數都有一定的限製，人們隻是按照題目的字義拚湊成文。這種文章考的不是考生的思維能力，而是死記硬背的能力，同時，又極大地限製了思想的獨立和自由。梁啟超評價八股文時指出，學子為了做好八股文，隻知道讀《大學》、《中庸》、《論語》、《孟子》這所謂的“四書”，其他一概不看，結果竟然都不知道劉邦、李世民是何人。所謂策論，是指議論當前政治問題、向朝廷獻策的文章。也就是說，考生再也不能“兩耳不聞窗外事，一心隻讀聖賢書”了，想要在科舉中取得成績，就必須了解時勢，而且還要有自己的見解。這一改革，對於那些隻知道讀死書的腐儒來說當真是滅頂之災。
但是，此次科舉改革並沒有改到預期的程度，清政府害怕一旦科舉大改會讓讀書人寒心，所以最終僅僅調整了考試的內容。對於張之洞等人提出的把科舉取士的名額分出來一部分給新式學堂一事，朝廷並不同意。不過，讓人欣慰的是，朝廷並不反對新式學堂的發展。