理事會一天前已決定在體育場為被殺害的2名以色列運動員舉行追悼禮拜，同時重新開始比賽。在11名選手已經死亡，世界上數百萬的人們以悲痛的心情聽到這個慘劇之後，理事會也沒有改變繼續比賽的決議。比賽於當天在體育場舉行了追悼禮拜儀式之後，重新開始。
上午10點鍾，追悼禮拜開始，大約有8萬人參加。身著運動夾克衫、頭戴小帽的以色列運動員坐在了最前排，一旁還放著11張空椅子。布朗迪基主席在主席台上宣布比賽繼續舉行。他高聲強調說：“兩種野蠻的行為傷害了奧林匹克盛會，一個是排除羅得尼亞參加本屆奧運會，另一個是對以色列運動員的恐怖行為。奧林匹克的精神不允許破壞。”
在響起稀稀拉拉的鼓掌聲時，以色列原奧林匹克運動員希德恩·阿利埃爾悲傷地說：“我不知諸位是怎樣想的。當體育場上空飄揚的世界各國的國旗降半旗的時候，為什麼還要繼續進行比賽呢？”
西德總統海涅曼說：“奧林匹克精神還活著，我們有義務更加愛護這種精神。”
可是由於阿拉伯各國強烈抵製這次追悼禮拜，比賽不得不推遲了一天。6日下午4點50分比賽重新開始，首先舉行了手球比賽。
運動員中有的說：“即使中斷一天，也會把勁頭搞沒的。”美國的長跑運動員普裏夫思還說；“我的計劃全被打亂了。”但是，不少運動員同意重新進行比賽。至少從表麵看，奧林匹克大會又恢複了前兩天的那種熱烈景象。
9月11日舉行閉幕式，比原計劃延期一天。奧委會本想把閉幕式搞得簡樸而肅靜，可是年輕的運動員們還是又笑又跳，十分熱烈。隻有主席台上掛著的那麵以色列國旗上的大衛之星，在白的布上顯得更加幽藍，表示著它的寂寥。
全部以色列人質之死，帶給勃蘭特總理沉重打擊。這次悲劇使他長期以來追求同阿拉伯世界和解所做的努力化為烏有，同時也將影響他12月份大選中的再次當選。
勃蘭特總理下令就下列事項進行特別調查：警備隊員在機場造成的營救的愚蠢失敗；奧林匹克村安全措施的漏洞以及誤報原因等。
當時，西德當局采取的措施是得到以色列認可的，而且除此以外也別無他法。但是，營救作戰的後果是殘酷的。在選定狙擊手人數方麵的失誤以及時機不當就開槍射擊，這是毫無辯解餘地的。實際上，2名以色列專家當時就在機場，但西德當局還是按自己的判斷下令開槍。
也有人對奧運村的安全措施提出質疑。首先有一種批評認為：西德當局應該對以色列代表團實施特別的警衛。以色列外交部發言人也說：“東道主應該負警衛的責任，如果西德當局建議進行特別警衛的話，毫無疑問，我們會接受的。”
但是，據西德當局說，以色列曾經說過：“我們要自己保護選手代表團，不需要其他特別措施。”
也有報道說，實際上以色列並沒有配備秘密特工，在代表團當中隻配備了2名警衛員。
但是，兩國實際上都在推卸責任，因為不管怎樣都應該對以色列選手實行更嚴密的警衛。
7日上午8點，埃爾·阿爾航空公司的專機載著以色列代表團（包括10名運動員的屍體）從慕尼黑起飛，返回祖國。在特拉維夫機場的一角，死者的親屬和眾多的群眾悲痛欲絕地等在那裏。
死者的親戚朋友痛哭不已，向用國旗蓋著的靈樞獻上一束束鮮花，身穿運動夾克衫、頭戴白帽，仍然是慕尼黑追悼會打扮的運動員緊隨其後。
下午2點，為死難者舉行了國葬。阿隆副總理代表梅厄總理致了悼詞：“這是與奧林匹克精神相違背的殘酷行為，我們要戰鬥到底。”
以色列毫不遲疑地迅速采取了報複行動。
7日早晨，以色列陸軍巡邏部隊在與黎巴嫩交界處殺害了1名阿拉伯遊擊隊員。之後，又越過國境線侵入黎巴嫩境內，追蹤了一幫遊擊隊員。
翌日，以色列空軍又侵入黎巴嫩和敘利亞的腹地，轟炸了10處遊擊隊基地和海軍基地。鬼怪式轟炸機和海市蜃樓式轟炸機，17分鍾結束轟炸，包括遊擊隊員在內約有60餘人在炸彈和火箭的攻擊下喪生。
另外，以色列戰鬥機在格蘭高地上空同敘利亞戰鬥機展開了空中較量。據報道以軍擊落3架敘利亞戰鬥機。
以色列軍事當局說：“我們期待著法塔赫和‘黑九月’遊擊隊接受我們的以眼還眼、以牙還牙的條件，如果他們不答應，我們將保留進一步行動的自由。”但是很難想象遊擊隊會屈服於這種威脅。事實上，遊擊隊的屠殺、以色列的報複，仍在繼續進行著。
在美國，尼克鬆和民主黨總統候選人喬治·馬克格文都譴責了恐怖事件，並說：“要防止恐怖事件的發生，不得不采取強硬的手段。”尼克鬆總統進一步強調說：“必須對以色列血統的美國人和訪問美國的以色列人采取最大的安全保護措施。”民主黨總統候選人馬克格文說：“要對庇護罪犯的國家給予製裁，並從國際社會中驅逐出去。”
各國領導人都呼籲防止恐怖行動，但想取得步調一致是很困難的，因為各國的利害關係並不相同。在華盛頓召開的防止劫機事件的17國會議也沒能達成協議，即中止飛機進入庇護劫機犯的國家。就連美國的同盟國英國、法國等國家，也把商業方麵的利益放在優先地位。對阿拉伯采取單獨政策的蘇聯，當然也不會明確表態製裁阿拉伯國家。
曆史上的古希臘在奧林匹克運動會期間也沒有停止過戰爭，但是他們對運動員絕對保證安全。可是，恐怖分子不但把戰鬥帶入奧運村，而且向全世界表明世界是不安全的。他們這樣做同時也影響到阿拉伯同胞的生命，威脅了中東和平。
7日晚上，舉行了審判大會。慕尼黑檢察廳以綁架和殺害11名以色列運動員的罪名，對3名生存的恐怖分子進行了起訴。另外，還決定送還5名恐怖分子的屍體，並通告了阿拉伯聯盟事務局長利亞德。11日屍體運到了利比亞。
11日晚，開羅的巴勒斯坦人公布了恐怖分子在進入以色列運動員宿舍數小時之前寫的一份遺書。遺書對幹擾奧林匹克大會表示道歉，並且說他們並不想破壞這個美好的世界，隻是想用死的方式來讓全世界承認猶太複國主義者統治阿拉伯人的可怕現實。