與此同時，利文斯通已經開始研究坦噶尼喀湖的問題。1865年，他開始以此為目的的最後一次探險。他發現了姆韋魯湖、班韋烏盧湖和尼昂古爾河（盧瓦巴拉河）。利文斯通的發現引起了人們極大的興趣。鑒於一段時間沒有聽到他的消息，1869年，《紐約先驅報》的所有者派遣H.M.斯坦利先生（他曾擔任過該報的戰時通訊記者）去尋找利文斯通。1871年，斯坦利從桑給巴爾出發，快到年底的時候，他在“黑暗大陸”腹地遇到了一個白人男子，於是詢問對方：“我猜您是利文斯通博士吧？”這句問話成為曆史名言。兩年後，利文斯通去世，他是地理科學和傳教事業的殉道者。接續他工作的是斯坦利先生，1876年，斯坦利再次奉命繼續利文斯通的工作，他從桑給巴爾出發，成功地穿過黑暗大陸，來到剛果河口。他的旅行全程證明，尼昂古爾河和盧瓦拉巴河隻是剛果河的不同名字或支流而已。斯坦利的卓越旅程確定了非洲大陸第四條大河的情況，完善了非洲的地理知識。
但是，斯坦利對黑暗大陸的穿越注定成為解決新的非洲地理問題的出發點。比利時國王利奧波德在布魯塞爾召開會議，成立了一個來自歐洲各國的代表組成的國際委員會，名義上是為了探索非洲，實際上卻是歐洲列強要在非洲劃分勢力範圍。斯坦利也參加了這次會議。會議結束後的15年裏，非洲已經完全被各國瓜分。主導者是五大強國：英國、法國、德國、葡萄牙和比利時。如同在美洲一樣，地理發現很快變成政治瓜分。
這個過程首先由剛果河流域被分割出去開始，名義上是支持剛果地區獨立，實際上是組建比利時在剛果的殖民地——由國王利奧波德提供資金。1879年，斯坦利先生奉命到剛果河下遊建立交通站。令他吃驚的是，為法國服務的葡萄牙人德布拉紮先生正在等候他。德布拉紮是被秘密派遣過來，作為內應協助比利時國王奪取剛果河口地區。此時，葡萄牙也宣布剛果河口屬於他們，所以除非達成國際協議，否則這一領土糾紛勢必引起國際爭端。幾乎在此同時，即1880年，德國開始在非洲建立殖民地。俾斯麥親王代表德國宣布，非洲西南部和喀麥隆歸他們所有。後來，德國又侵吞了桑給巴爾。此舉損害了英國在這些地區的利益。為此，在1884年至1885年之交的冬天，俾斯麥在柏林召開會議，解決瓜分非洲方麵的爭議問題。會議否決了葡萄牙對非洲海岸原有的控製權（葡萄牙已經在非洲東西兩岸建立了很多據點），推出新的原則——隻有有效的占領才能宣示該國在殖民地的最高統治權。該原則將改變其後的整部非洲曆史。換言之，那條古老的法則並沒有過時：
強者多得，能者為勝。
柏林會議剛剛結束——實際上還在會議過程中——英國和德國就迅速確定了它們在西南非洲的殖民地，以便下一步迅速劃分兩國在東非的“勢力範圍”。一家名叫英屬東非協會的特許公司負責管理維多利亞尼安薩以北、以剛果自由邦為邊界的土地，它向北一直延伸到埃及各省，這點我們後文再談。在南非也有一個類似的特許公司，由塞西爾·羅德斯先生負責，它控製了從開普殖民地到德屬東非和剛果自由邦之間的土地。
1890年至1891年冬天，各國簽訂的瓜分協議特別多。塞爾帕·平托少校的入侵引起的衝突與摩擦使得西海岸的葡屬安哥拉被劃到剛果自由邦和英屬中非以東的區域。同時，葡屬東非被夾在西麵的英屬中非和北邊的德屬東非之間。此時，意大利也準備在非洲分一杯羹。它先後占領了非洲東端和阿比西尼亞，但不久就因為阿比西尼亞人的激烈反抗而被迫放棄。同年（1890年），德國和英國就喀麥隆和多哥蘭的分界以及英國領地問題達成協議。8月，各國又推出措施，限製法國沿尼日爾河直至乍得湖的肆意擴張行為。在這個地區，英國的殖民事務由皇家尼日爾特許公司管理。遺憾的是，此地的分界不是非常清晰，沒有像別處一樣以河道或者經緯線為界，而是根據土著酋長的領地範圍劃分，因此造成了許多糾紛，有的甚至留存至今。英法兩國在非洲瓜分問題上的分歧主要集中在非洲西部和中部地帶。
17世紀時，英、法、荷繼續建立更多殖民地
至於東北部的瓜分問題，則因政治原因變得更加複雜化，並最終促使斯坦利先生進行另外一次偉大的探索活動。埃及位於赤道的各個省份是由伊斯梅爾·帕夏統治的，這在很大程度上應當歸功於格蘭特、斯皮克、貝克等人的地理發現。然而埃及政府債台高築，國家瀕臨破產，帕夏被免職，埃及由英法兩國代表歐洲的債權人共同管理。這引起了埃及官僚和軍官的諸多不滿，因為他們被英法兩國的官員們取代了。在阿拉比·帕夏領導下，埃及爆發叛亂，導致英國武裝幹涉，而法國表示拒絕合作，於是埃及被英軍占領。蘇丹和赤道各省在伊斯蘭教狂熱分子的推動下宣布獨立，他們決定放棄被占領的埃及土地，那些地方也是導致政府破產的原因。戈登將軍奉命前去勸說南方的埃及駐軍，但是沒有獲得支持。1885年，他最終因安撫失敗而遇害。戈登的副官之一、德國人施尼茨勒似乎已經皈依了伊斯蘭教，人稱額敏·帕夏，他被困在非洲中部的阿爾伯特-尼安薩附近。1887年，斯坦利先生受托營救施尼茨勒。他先穿過剛果自由邦，然後成功地穿越一片巨大的森林地區——那裏居住著身材矮小的野蠻人，可能是古代俾格米人的後裔。斯坦利成功找到了額敏·帕夏，經過一番勸說，對方終於同意和他一起到桑給巴爾去——以派往阿爾伯特尼安薩的德國特工的身份回歸。斯坦利先生此次旅行包含一定的政治元素，因為他在走到非洲東部的時候，就定好計劃，決定協助英屬東非公司恢複英國在此地的影響力。