昆陽一戰，使劉和劉秀名揚天下。有人勸更始帝把劉除掉。更始帝便找了個借口，殺了劉。
劉秀聽說他哥哥被殺，知道自己的力量打不過更始帝，就立刻趕到宛城（今河南南陽市），向更始帝賠禮。
更始帝見劉秀不記他的仇，很有點過意不去，就封劉秀為破虜大將軍，但沒有重用他。後來，攻下了長安，殺了王莽，更始帝才給劉秀少數兵馬，讓他到河北去招撫各郡縣。
這時候，各地的豪強大族有自稱將軍的，有自稱為王的，還有的自稱皇帝，各據一方。更始帝派劉秀到河北去招撫，正好讓劉秀得到一個擴大勢力的好機會。他到了河北，廢除王莽時期的一些嚴酷的法令，釋放了一些囚犯。同時，不斷消滅割據勢力，鎮壓河北各路農民起義軍。整個河北幾乎全被劉秀占領了。
公元25年，劉秀和他身邊的官員、將領認為時機成熟，在鄙自立為皇帝，這就是漢光武帝。
更始帝先建都洛陽，後來又遷到長安。他到了長安以後，認為自己的江山已經坐穩，便開始腐化起來。原來的一些綠林軍將領，看到更始帝整天花天酒地，不問政事，都十分不滿。
赤眉軍的首領樊崇眼看更始帝腐敗無能，就立15歲的放牛娃劉盆子為皇帝，率領20萬大軍進攻長安。不久就攻占了函穀關。
更始帝眼看赤眉軍就要攻到長安了，便領文武百官逃到城外。樊崇進入長安後，派使者限令更始帝在20天內投降。更始帝沒辦法，隻好帶著玉璽向赤眉軍投降。
赤眉軍聲勢浩大地進了長安，可是幾十萬將士的口糧發生了困難，長安天天有人餓死。這樣一來，長安的混亂局麵就無法收拾了。
無奈之下，樊崇帶著軍隊離開長安，向西流亡。但是別的地方糧食也一樣困難；到了天水（郡名，在今甘肅）一帶，又遭到那裏的地主豪強的攔擊。樊崇沒轍，又帶著大軍往東走。
漢光武帝這時已占領了洛陽，他一聽到赤眉軍向東轉移，就帶領20萬大軍分兩路設下了埋伏。
漢光武帝派大將馮異到華陰，把赤眉兵往東邊引。馮異用計把一隊赤眉軍包圍在崤山下。馮異讓伏兵打扮得和赤眉軍一模一樣，雙方混戰在一起，分不出誰是赤眉兵，誰是漢兵。赤眉軍正在為難的時候，打扮成成赤眉軍模樣的漢兵高聲叫嚷“投降”“投降”，赤眉軍兵士一看有那麼多人喊投降，沒了主意。赤眉軍一亂就被繳了武器。
公元27年1月，樊崇帶著赤眉軍向宜陽（今河南宜陽縣）方向轉移。漢光武帝得到消息，親自率領預先布置好的兩路人馬截擊，把赤眉軍圍困起來。赤眉軍無路可走，樊崇隻好派人向漢光武帝請降。
漢光武帝把劉盆子、樊崇等人帶回洛陽，給他們房屋田地，讓他們在洛陽住下來。但是不到幾個月，就加上謀反的罪名，把樊崇殺了。