明太祖殺了一些權位很高的大臣，把他的24個兒子分封到各地為王。明太祖認為這樣做，可以鞏固他建立的明王朝的統治，卻不料後來引起了一場大亂。
明太祖60多歲的時候，太子朱標死了，朱標的兒子朱允文被立為皇太孫。各地的藩王大都是朱允文的叔父，眼看皇位的繼承權落到侄兒的手裏，心裏不服氣。特別是明太祖的第四個兒子——燕王朱棣，他多次立過戰功，對朱允文更瞧不起了。
朱允文的東宮裏，有個官員叫黃子澄，是朱允文的伴讀老師。有一次，黃子澄見朱允文一個人坐在東角門口，心事重重，便問太孫為什麼發愁。朱允文說：“現在幾個叔父手裏都有兵權，將來如何管得了他們。”
黃子澄跟朱允文講了一個西漢平定七國之亂的故事，來安慰他。朱允文聽後，心總算放寬了一點。
1398年，明太祖死了，皇太孫朱允文繼承皇位，這就是明惠帝，曆史上又叫建文帝（建文是年號）。當時京城裏就聽到謠傳，說幾位藩王正在互相串通，準備謀反。建文帝聽了這個消息害怕起來，忙讓黃子澄想辦法。
黃子澄找建文帝另一個親信大臣齊泰一起商量。齊泰認為諸王之中，燕王兵力最強，野心最大，應該首先把燕王的權力削除掉。黃子澄不讚成這個做法，他認為燕王已有準備，先從他下手，容易引發突變。於是，兩人商量好先向燕王周圍的藩王下手。
建文帝便依計而行。
燕王早就暗中練兵，準備謀反。為了麻痹建文帝，他假裝得了精神病，成天胡言亂語。齊泰、黃子澄不相信燕王有病，他們一麵派人到北平把燕王的家屬抓起來，一麵又秘密命令北平都指揮使張信去捕燕王，還約定燕王府的一些官員做內應。不料張信是站在燕王一邊的，反而向燕王告了密。
燕王是個精明人，知道建文帝畢竟是法定的皇帝，公開反叛，對自己不利，就說要幫助建文帝除掉奸臣黃子澄、齊泰，起兵反叛。曆史上把這場內戰叫做“靖難之變”（靖難是平定內亂的意思）。
這場戰亂，差不多打了3年。到了1402年，燕軍在淮北遇到朝廷派出的南軍的抵抗，戰鬥進行得十分激烈。有些燕軍將領主張暫時撤兵，燕王卻堅持打到底。不久，燕軍截斷南軍運糧的通道，發起突然襲擊，南軍一下子垮了。燕軍勢如破竹，進兵到應天城下。
過了幾天，守衛京城的大將李景隆打開城門投降。燕王帶兵進城，隻見皇宮火光衝天。燕王派兵把大火撲滅時，已經燒死了不少人。他查問建文帝的下落，有人報告說，燕兵進城之前，建文帝下令放火燒宮，建文帝和皇後都跳到大火裏自焚了。
隨後，燕王朱棣即了位，這就是明成祖。1421年，明成祖遷都北京。從那時起，北京一直是明朝的京城。