而孫查理和潘炎磊進去基地後順利找到了王希羽，三人兵分三路，王希羽去把三個年輕助理給放出來；孫查理去解救那個幫助王希羽的神秘老人，其實那就是孫查理的父親；而潘炎磊則去那個軟禁所有物理學家的休息室那裏解決掉守衛的日本雇傭兵。
吳旭雷通過打撲克牌成功取得兩個看押孫查理父親的日本雇傭兵的信任，而後在外麵丘陵狼圍攻基地時，吳旭雷順理成章地接替了二人守在關押老人的房間前。正好孫查理趕到，救出了老人，而王希羽也很快帶著三個年輕助理趕到。在這之後孫查理的父親兀自離去。之後王希羽、孫查理帶著四個年輕人前往趙主任被軟禁的辦公室，救出了他，最後便與守在關押物理學家們的休息室門口的潘炎磊會合。大家放出了被軟禁的物理學家們。
在那之後，丘陵狼也消滅了基地外麵守衛的日本雇傭兵，成功帶著雙北分部的特工占領了基地。隨後特工們帶著日本雇傭兵俘虜離去，剩下他們幾個留在基地內部。與此同時王希羽等人抓住了正在私人舒適休息室裏休息的張林沛三人，決定接下來就對他們的惡劣行徑進行審判。
在基地內小禮堂裏的審判過程中，中途到場的潘炎磊察覺到張林沛微妙的心理活動。然後丘陵狼也發現了小禮堂底部藏著一顆*。小禮堂內的物理學家們開始緊急疏散，最後所幸爆炸時所有人都不在小禮堂內。
這件事情發生後，張林沛的真實身份得以曝光。原來他不隻是一個學術混混、一個與日本雇傭兵勾結的奸詐小人，更是“斯蒂蘭特亞”派到粒子對撞機基地的臥底。隨後便有一大幫“斯蒂蘭特亞”的組織內部人員前來包圍了基地。王希羽等人將那批物理學家們全部放入基地內的秘密通道中，而後他們五人——王希羽、孫查理、潘炎磊、丘陵狼、趙主任潛伏在了粒子對撞機所在場地伺機而動。
在那裏他們“見”到了故人——“斯蒂蘭特亞”組織疑似首領林海峰，但隻聞其聲，不見其人。他們在消滅了二十五個搜尋他們的敵人後，各自的通訊設備遭到了黑客的入侵。留守在江南分部的部長白無傷立馬緊急出動，遠程操控對戰黑客。誰能想到，在黑客被驅逐出去之後，潘炎磊五人竟然神秘失蹤了！
當第二波救兵趕到時，隻能看到被毀的粒子對撞機基地廢墟。在一條堅硬的秘密通道裏，他們搜尋到了那批物理學家，但是他們無一例外全都失憶了，一時間壓根想不起來這些天發生了什麼。而那個“斯蒂蘭特亞”組織的兵力也不知去向，最可怕的時，潘炎磊他們不知道去了哪裏。在那個廢墟裏，連他們一點兒影子都沒找到。他們五人仿佛人間蒸發了一般，從此半個多月再沒蹤跡。而在這之後，夜不黑中國區江南分部就被“斯蒂蘭特亞”給端了。部長白無傷也第一次見到敵軍的首領——那竟然是一個非常年輕的女孩，綽號“蘭元帥”。
俗話說“活要見人，死要見屍”，偏偏這兩點那五個人都沒有。白無傷和張開元盡可能地調動一切可支配資源進行尋找，可是那真的毫無辦法。白無傷跟老鯊說起這事，老鯊的反應卻仿佛像是他早已經知道了這件事一般，長歎了一聲：“都是命，該來的總會來…… ”
第六感和直覺告訴白無傷，師父老鯊對這件事肯定是知情的，畢竟失蹤的人裏麵有他的老戰友（趙主任），有他的三個得意門生（丘陵狼、孫查理、潘炎磊），甚至還有他的親生兒子（王希羽）。他就算是再公私分明，也不至於對這件事情無動於衷。
張開元在此之前早就回顧了他們在基地內部所發生的一切——因為夜不黑中國區特工們都有一副堪稱“行走的錄像機和手機”的超級眼鏡，他們眼前所看到的所有東西都會實時發射高頻信號同步到江南分部內的超級計算機裏儲存著。最新的記錄斷在了白無傷給他們遠程解決黑客之後，那最後的畫麵便是每個人麵前的躲藏掩體。張開元調取了相關資料，細細地看了一遍，並沒有發覺這最後到底是什麼幹擾了實時高頻信號傳輸。因為哪怕超級眼鏡被什麼東西擊得粉碎，那也不至於搞得像被屏蔽了一樣。再說了，就算被屏蔽那也不會是斷掉，而是隻傳回來像電視劇一樣的雪花點。
總之這件失蹤謎案詭異就詭異在不知道那五個人到底怎麼失蹤的，白無傷和張開元最近一直毫無頭緒。