酸雨的直接危害（1）危害人類健康酸雨中的SO2對呼吸道有刺激作用，輕者會引起咳嗽、聲音嘶啞，重者可令人感到呼吸急促、胸痛等，若長期吸入SO2，可發生肺氣腫和肺心病。調查發現，與清潔地區相比較，酸雨汙染區兒童的血壓有下降趨勢，紅細胞及血紅蛋白偏低，而白細胞數則較高。
酸雨除了對人體的呼吸係統有危害外，對人體的免疫係統也有危害。實驗室的研究證明，酸雨對呼吸道中起主要防禦功能的肺巨噬細胞有破壞作用，其後果將會使呼吸道出現感染，肺腫瘤等發生機會大大增加。由於酸雨可使土壤中鎘的含量增加，故在這些土壤上生長的農作物鎘的含量相繼也會增加，人類吃了這些糧食，會影響自身的健康。
有報道稱，酸雨可導致結腸癌、腎病、眼疾和先天性缺陷患者大量增加。酸雨還可以導致老年性癡呆症的發生。
（2）破壞生態係統酸雨使河流湖泊變成酸性，這樣的水質不適合魚類等生物的生存條件。受酸雨的影響，許多湖泊的酸度增加，浮遊生物的種類減少，這將影響水裏生態係統中食物的供應。我國南方土壤本來多呈酸性，再經酸雨衝刷，加速了酸化過程；我國北方土壤呈堿性，對酸雨有較強緩衝能力。土壤酸化後，改變了土壤結構，令土壤板結，導致土壤貧瘠化，影響植物正常發育，使作物減產；酸雨還會損壞植物葉子表麵的保護層，降低光合作用。酸雨在外觀上對植物的作用表現為漂白的斑點、抑製生長、落葉和產量降低。酸雨使森林衰退，酸雨可造成森林葉麵損傷和壞死。產生早落葉，林木生長不良，以致單株枯死等現象。酸雨的另外一個特點是可以漂移，能造成大範圍公害。
（3）損害建築酸雨對金屬、石料、木料、水泥等建築材料有很強的腐蝕作用。酸雨能使非金屬建築材料（混凝土、砂漿和灰砂磚）表麵硬化的水泥溶解，出現裂縫和空洞，導致強度降低，從而腐蝕建築和古跡。科學家曾收集許多被酸雨毀害的石灰石和大理石建築材料，分析發現該樣品的碳酸鹽的顆粒中總是嵌入硫酸鈣晶體。如砂漿混凝土牆麵經酸雨長期侵蝕後，會出現"白霜"，此"白霜"即硫酸鈣。到現在為止，世界上已有許多古建築和石雕藝術品遭到酸雨的腐蝕破壞。酸雨還直接危害電線、鐵軌、橋梁和房屋等。
空氣中二氧化硫的作用使希臘雅典城的阿克羅波利斯博物館的大理石雕像和建築物發生使人驚慌的剝蝕。由於一切妥善保護大理石的覆蓋層均告失敗，唯一已知的解決辦法是把珍貴物品移入有空調的博物館。
對酸雨的防治（1）減少二氧化硫的排放量。SO2的淨化技術按煤使用的不同過程可分為燃燒前、燃燒中和煙氣脫硫。煤燃前脫硫是指煤洗選技術、煤氣化技術和水煤漿技術。目前一些發達國家煤炭洗選率高達90％以上。煤燃燒中脫硫技術是指煤燃燒中生成的SO2與加入的固硫劑（石灰漿或石灰粉）反應生成硫酸鹽而進入到灰渣中。煙氣脫硫指用石灰漿或石灰石在煙氣吸收塔內脫硫。石灰石的脫硫效率是85％~90％，石灰漿法脫硫比石灰石法快而完全，效率可達95％。
（2）調整民用燃料結構，實現燃料氣體化，最好能做到城市集中供熱。開發無汙染的能源也可減少二氧化硫的排放量。
（3）減少煙道氣中氮氧化物的排放量，如用鉑、銅等金屬作催化劑，以氫氣、氨或甲烷作還原劑，把氮氧化物還原成氮氣。
（4）加強對汽車尾氣的控製，如限製車速、改進發動機結構和添加防汙裝置。
氣象部門對酸雨的監測資料顯示，中國酸雨區總的來說呈東北至西南走向，酸雨區主體位於長江以南的廣大地區，另外，北方也存在小範圍的酸雨區。從全國範圍來看，近15年，酸雨區總體上呈範圍擴大、強度稍有減弱的趨勢。北方酸雨區範圍擴大明顯，南方酸雨區範圍基本保持不變。
另外，治理酸雨還可以用清潔能源來取代燃煤，除以上提到的太陽能、風能和核能外，使用生物質做燃料可以在一定程度上避免酸雨的危害。
生物質能在新能源中，生物質能源是未來最重要的能源形式之一。據專家預測，到2050年，利用農、林業剩餘物，以及種植和利用能源作物等生物質能源，有可能提供世界60％的電力和40％的燃料。生物質能是我國僅次於煤的第二大能源，占全部能源消耗總量的20％，發展生物質能源對我國這樣的農業大國意義更為重大。生物質能的原料主要是穀物、秸稈、劣質食用油、薯類、甘蔗等及新培育的各種能源植物。