我們常說，哪裏有人，哪裏就有垃圾；而載人航天也是如此。密封座艙內的垃圾包括人排出的固、液、氣體，衛生輔助品，頭發、指甲、食物屑、包裝材料、損壞的器具和儀器設備產生的廢物，更換下來的儀器設備和零部件，等等。
按理說，放屁是人的一種正常生理現象，但在太空裏也是一種令人討厭的生理現象，特別是那種汙染空氣的臭屁和以聲報人的響屁。在太空放屁是一件很不簡單的事。美國宇航局曾對放屁做了專門研究。每人每天平均放屁三次，一天放出的屁，重量約相當於一瓶牛奶。飛船的座艙是密封的，而且空間很狹小。因此，放屁多了會汙染座艙環境，使人心情不舒暢，食欲不振，甚至產生疾病。倘若氫和甲烷等可燃氣體多了，還有可能會發生爆炸。座艙當然有調節設備，但也會增加調節設備的負擔，消耗更多的能源。在失重環境中，放屁的微小推力，還會把人推走！
因此，在太空應盡量少放屁，憋一憋，屁中的氫和氮可由肺部和皮膚排出，其他成分也可進入血液，最後由尿排出。但有時憋屁會感覺不舒服，甚至引起精神不振。這時，也不要隨時隨地放屁，最好是到廁所裏去放。為了減少屁源，應講究個人衛生，進食時要細嚼慢咽，使食物在腸胃中得到更好的消化。航天食品應避免選擇那些容易產生屁的原料。
雖然在太空放屁難，但在太空大小便更難。如果像地麵上一樣撒尿，由於失重，射出的尿碰到便桶會反彈回來，濺在人的身上或飄浮在空中，拉出來的大便也會到處飄浮。載人航天初期，將尿撒在尿袋中，然後倒掉；大便時，將袋口帶膠布的糞袋貼在臀部上，大便完將用過的手紙和消毒水放入袋中，合上袋口，然後拋棄，或者用手將袋中的東西揉捏在一起，放在貯存箱中帶回地麵檢驗。加消毒水和揉捏是為了徹底消毒，不然糞便在袋中腐爛，產生氣體，袋子膨脹甚至脹破，就會汙染環境。
事實上，這種方法也是不可靠的，稍不注意，屎尿就從袋中飛出來。後來逐步改進，美國在“天空實驗室”上裝有L式廁所，就是在艙壁上開一個口子安上便座，大便時雙手抓住便座旁的把手，將臀部貼在便座上，糞便由氣流抽入一個袋中，水分和臭氣通過過濾網兜進入一個容器中處理。便袋中的幹糞便就地處理或帶回地麵。小便則對準一個漏鬥，尿通過一根管子被抽入容器中處理。
不過，這種大小便方法對女宇航員仍很不方便。要使婦女在太空失重環境中小便符合衛生要求，是很不容易的一件事。為了解決這個特殊問題，美國宇航局聘用了幾名自願幫忙的婦女，請她們演示了撒尿的全過程，並把整個過程錄了像，然後進行研究。他們根據獲得的資料，為航天飛機研製了一個男女共用的馬桶。該馬桶的前端安有尿收集器，以滿足婦女便尿的要求。便後，便桶蓋自動封閉，裏麵形成真空使糞便幹燥，固體部分棄之艙外，液體部分經再生處理，成為使用水。
說到太空用水，要算洗澡最奢侈了。作為個人衛生活動，洗澡是必需的。但太空中的水跟銀子一樣昂貴，再加上以高昂運費送上天的洗澡設備，洗一次澡的代價是非常昂貴的。一般一個星期甚至一個月才能有一次淋浴，這從費用、心情和身體舒適方麵講，都是一次高貴的享受。顯然，少於一星期或一個月的短程航天是無法享受太空淋浴的，即使出了大汗，也隻能用毛巾擦一擦身子。沒有淋浴設備的載人飛船，宇航員也隻能用濕毛巾擦身。
１９８５年在“禮炮７”號航天站上生活２１１天的前蘇聯宇航員列別傑夫，在他的日記中對太空淋浴做了生動的描述。他說，為了洗一次澡，準備工作需要花好幾個小時。淋浴時，必須把雙腳固定起來，不然，飄浮著的身體被水一衝，就會翻筋鬥。在失重狀態下水是危險品，少量的水也會嗆傷人，甚至把人溺死。為了安全起見，最好戴上呼吸罩和護目罩。因此，太空淋浴總是在緊張中進行的，使人有一種既危險又舒適的探險的心情。
在太空飛行，除了個人衛生外，環境衛生也非常重要。在狹小封閉的座艙中，環境衛生甚至比地麵上更重要。保持環境衛生，除了空氣的自動淨化外，密封座艙要經常打掃。保持環境衛生最困難的是垃圾處理，對短期航天來說，把垃圾收集起來帶回地麵即可。知識點宇航員處理生活垃圾的辦法在太空，生活垃圾處理的辦法目前有兩種：①將垃圾壓實成塊，像發射炮彈一樣從航天器上發射出去。不過不是像發射衛星那樣向上發射，而是向下發射，讓其進入大氣層中燒毀。這種“發射法”的優點是及時，不增加航天器的重量負擔，而且可以防止垃圾腐爛發臭，滋生黴菌，汙染空氣，但需要添置必要的設備。②將垃圾積存起來帶回地麵處理，該方法不妨叫“零存整運法”。前蘇聯的“禮炮”號和“和平”號航天站就采用這種辦法。“進步”號貨運飛船的每次飛行，都要帶回一噸多垃圾。這種方法要支付一定的空間運輸費用，而且要解決垃圾存放時的防腐、防黴、汙染環境等問題。