達爾文不適應在喧嘩的大都市生活，但為了不使埃瑪憂慮，找借口說：“我希望孩子在一個安靜和廣闊的環境中生活。”經過埃瑪的奔波，終於在距倫敦五六千米的唐恩小鎮找到了一所房子——唐府。達爾文的後半生就是在這裏度過的，《物種起源》也是在這裏醞釀和寫成的。
每寫作20分鍾左右，達爾文的思路就要被頭痛、痙攣所打斷。工作兩小時就需要躺一會兒。他在1842—1859年寫作《物種起源》一書的17年中，從來沒有一夜睡眠超過四五個小時。他每寫幾筆，都要付出痛苦的代價。在如此惡劣的條件下，堅持高度嚴肅認真的科學態度，是多麼可貴啊！
在《物種起源》出版以後，達爾文的病又“雪上加霜”——這次是長期精神刺激這一“人禍”：他的離經叛道的進化論，打破了神創論的“正常秩序”，於是他似乎成了英國曆史上最大的“惡魔”，人們避之不及的“瘟神”……被人謾罵、詛咒……
1859年11月24日《物種起源》出版的時候，達爾文年已半百，但他卻沒有停頓，又經過12年的努力，他於1871年發表另一部科學巨著——奠定人類起源學說基礎的《人類起源及性的選擇》。
達爾文在與病魔搏鬥中堅持工作了40多年。直到臨終前兩天，還抱病記錄植物實驗報告。他說：“我一點也不怕死”，“我難過的隻是，我已經沒有氣力把我的研究繼續下去了”。
1882年4月19日淩晨4時，壯心不已的進化論巨人達爾文在家中因心髒病永遠停止了他癡迷的科學研究。他給後人留下20多部科學著作，上百篇論文；更重要的是不囿於傳統的創新精神，以及不屈服於傳統勢力為科學獻身的崇高精。他所創立的生物進化論，是19世紀自然科學領域中的三大發現之一；由它所引發的科學革命，不僅為近代生物科學的發展開辟了寬闊的道路，而且對整個意識形態領域產生了深遠的影響。
達爾文死後，埃瑪想悄悄地把他埋葬在道恩小教堂附近的一個簡單墓地裏——這裏躺著他們的孩子瑪麗·埃莉諾、查爾斯·沃靈、達爾文的兄弟埃拉史蒙斯。但是，達爾文的老朋友、鄰居、學生，也是銀行家、博物學家和議員的約翰·盧博克堅決反對。他力勸埃瑪從國民的意願出發，安葬在名人墓地——威斯敏斯特教堂。他還串聯了20多位議員聯名向威斯敏斯特教堂長請求，最後終獲批準。
生前飽受羞辱，死後無上榮光。1882年4月26日，英國曆史上最引人注目的葬禮之一隆重舉行。走在送葬行列前麵的是英國國王，在後麵扶靈的有達爾文的好友約瑟夫·胡克，有進化論的另一位創立者華萊士，有英國和世界各國的各種貴賓……
從此以後，更多的人開始認識到：代表真理的不是上帝，而是享受蓋世殊榮的、長眠在牛頓身旁的達爾文——一個35歲就寫下遺書的人！