自然現象學說，即把閃電、流星、飛鳥群、人造衛星、氣象觀測器等錯認為飛碟。它的代表性假設是“放電現象假設”。這種放電體形成了5萬～10萬伏特的強大電壓，從暴風雨中分離出來，遊蕩在大氣層中，並在發生閃電後立即消失。這種放電體就是UFO整體，晴天也會時常出現。這種假設能夠解釋有關UFO的大部分特征。但是，放電現象最長不超過十幾秒鍾，且同暴風雨密切關聯，而多數不明飛行物卻同氣象無關。放電大小隻有4～5厘米寬，UFO卻比它大幾百甚至幾千倍。所以，這種學說沒有多大的說服力。
同地球上文明體有關聯的學說，提出強國秘密兵器說。如二次世界大戰的法西斯餘黨製造碟形飛行體，並進行試飛。這種假設沒有充分的證據，並且在常識上不合邏輯，所以這一學說的說服力也不大。
全身投影學說。即人類無意識的內在心理原形的投影現象說。也就是說，把虛像錯認為實體。這種理論說明不了UFO的全部現象，隻能說明瞬間消失、分離與合體選擇性出現的現象。但虛像不能被捕捉在雷達中。它也無法解釋飛碟著陸的痕跡以及飛碟被照相和攝像等事實。
外界起源學說。這種說法認為，飛碟是從地球以外的宇宙行星上飛來的飛行物體。他們是比人類更發達文明的生命體，像我們去月球或火星探索一樣，他們也到地球上來。這種學說按現代科學原理不可能完全說明UFO現象，但現在絕大多數人相信外界起源說。
UFO在3000年前已光臨地球
根據有關史料記載推測，外星人可能早在3000多年前就已光臨地球了，但沒有說他們為何要光臨地球。
考古學家在考察蘇木爾的古代文化時，在埃及庫雲底亞克山裏，發現了一首雕刻在12塊陶製書板上的一個有關英雄的敘事詩。
在這套書板的第七塊上所敘述的事情，引起了考古學家們的極大興趣。如果用今天的宇航知識來看，這裏記載的是一個親眼目睹太空旅行實況的記錄。這個太空旅行實況是通過史詩中的主人公之一恩克度口述的：
恩克度被一隻巨鷹似的銅爪抓著，在空中飛行。飛了4個小時後，忽然有一個聲音對他說：“你看看下麵的大地，大地像什麼呀？你再看看大海，大海又像什麼呀？”恩克度回答：“大地像一座高山，大海像一個湖泊。”他又在空中飛了4個小時，耳邊又響起了那個聲音，並問了同樣的問題。恩克度說：“大地像個花園，大海像花園裏的水渠。”他又繼續向上飛了4個小時後，又是同樣的聲音和同樣的問題。恩克度向下仔細地觀察了一番後說：“大地像米粥，大海像水槽”……
在載人飛船遨遊太空以後，人們發現，恩克度的比喻實在太確切了。因為從空中往下看，地球確實像粥和水槽互相交錯成一片。但是，當時的蘇木爾人怎麼會知道這種現象呢？如果對地球沒有直接的感性認識，誰也不會想到陸地像粥，大海像個水槽。
科學家發現，古埃及3000年前的金字塔的壁畫上麵，竟然有外星人太空船的模樣。
金字塔上太空船的模樣好似一個倒轉了的碟子，這證明3000多年前，外星人已經與埃及人有過接觸了。
各國展開研究飛碟的角逐
隨著外星人越來越頻繁地來地球考察，世界上許多國家也越來越對外星人感興趣，他們都在暗中激烈展開對外星人的研究。
美國宇航員麥克狄維特和懷特報告：他們駕駛“雙子座4號”宇宙飛船繞地球飛行到第20圈，位於夏威夷和加勒比海之間的上空時，發現一艘白色的飛碟飛向宇宙飛船。飛碟與飛船保持一定距離，飛行一段時間後離去。
佛羅裏達州州長恩斯參加競選，他隨同工作人員及記者10餘人正乘飛機飛行時，突然在空中看見一個橘黃色的火球，原來是與州長座機處於相同高度的兩個發光體，兩個發光體突然垂直上升，轉眼間消失得無影無蹤。
一連串的飛碟事件驚動了當時的總統約翰遜。在中央情報局的配合下，空軍出資50萬美元，由科羅拉多大學設立“獨立研究項目”對飛碟進行探索。該項目的負責人是康登教授。
同一時期，前蘇聯境內也發現了多起飛碟事件，1964年9月23日，一架圖104飛機飛越莫斯科列寧格勒上空時，機組人員和乘客所看到過的一個拱頂碟形飛行物。1965年7月26日，拉托雅電離層觀測站站長維托米克用望遠鏡觀察到一個直徑約為90米的飛碟和3個伴隨的小飛碟。