在赤潮發生的海域，赤潮生物在短期裏急劇繁殖、生長，且自生自滅。大量赤潮生物的屍體在腐爛分解過程中，要消耗大量溶解氧，其消耗量要大於浮遊植物光合作用的釋放量，從而使海水氧氣貧乏。由浮遊動物形成的赤潮，在生長過程中因呼吸的需要也將大量耗氧。因此，各種原因造成的缺氧，將導致大批魚蝦、貝類死亡。
同時，赤潮生物的屍體在腐爛過程中還會產生硫化氫等有害物質，或生物毒素，它們會毒死海洋動物，或把毒素殘存於動物體內。人們誤食含有這些生物毒素的海產品，會中毒，甚至死亡。大批魚蝦、貝類的腐爛，還會使赤潮發生的海域水質發臭，影響該地區旅遊業。可見，赤潮危及海洋漁業、海產品養殖業、海上旅遊業、人類健康和生態平衡。
赤潮是一種災害性的水色異常現象，也是人為因素引起的。人類早就有相關記載，如《舊約？出埃及記》中就有關於赤潮的描述：“河裏的水，都變作血，河也腥臭了，埃及人就不能喝這裏的水了”。赤潮發生時，海水變的黏黏的，還發出一股腥臭味，顏色大多都變成紅色或近紅色。在日本，早在騰原時代和鐮時代就有赤潮方麵的記載。1803年法國人馬克？萊斯卡波特記載了美洲羅亞爾灣地區的印第安人根據月黑之夜觀察海水發光現象來判別貽貝是否可以食用。1831-1836年，達爾文在《貝格爾航海記錄》中記載了在巴西和智利近海麵發生的束毛藻引發的赤潮事件。據載，中國早在2000多年前就發現赤潮現象，一些古書文獻或文藝作品裏已有一些有關赤潮方麵的記載。如清代的蒲鬆齡在《聊齋誌異》中就形象地記載了與赤潮有關的發光現象。
2006年，我國海域引發赤潮的生物種類主要為具有毒害作用的米氏凱倫藻、棕囊藻和無毒性的中肋骨條藻、具齒原甲藻、夜光藻等，多次赤潮是由兩種或兩種以上赤潮生物共同形成。有毒赤潮生物引發或協同引發的赤潮41次，累計麵積約14970平方公裏，占全年赤潮累計發生次數和麵積的44%和75%，與上年基本一致。
渤海赤潮發生次數較2005年增加2次，累計麵積減少44%，大麵積赤潮減少。赤潮高發期集中在6月，但10月中、下旬在天津和河北黃驊附近海域分別發生了大麵積的球形棕囊藻赤潮。七年來，該海區在7月未發現赤潮、在10月發生赤潮均屬首次。
黃海2006年僅發生2次赤潮，發生次數與累計麵積較上年分別減少85%和76%。其中，發生在江蘇海州灣的赤潮為有毒的鏈狀裸甲藻與無毒的短角彎角藻共同引發的雙相型赤潮。七年來，黃海區首次在8月份未發生赤潮。
東海赤潮發生次數較上年增加24%，累計麵積減少21%。赤潮高發期集中在5~6月，赤潮發生次數和累計麵積分別占全海域的49%和73%。其中，超過1000平方公裏的赤潮6次，累計麵積近10000平方公裏。大麵積赤潮集中在長江口外、舟山、漁山列島和南麂列島等海域。主要赤潮生物為具毒害作用的米氏凱倫藻和無毒性的具齒原甲藻、夜光藻和中肋骨條藻等。其中，由米氏凱倫藻形成或協同形成的赤潮分別占東海區赤潮累計發生次數和麵積的38%和74%。七年來，東海區首次在1月、3月和11月發生赤潮。
南海赤潮發生次數和累計麵積分別較上年增加約42%和45%。其中，廣東沿岸赤潮發生次數和麵積較上年分別增加46%和65%。七年來，南海區首次在1月份未發生赤潮；主要赤潮生物為具有毒害作用的棕囊藻、多環旋溝藻和無毒的中肋骨條藻等。其中，發生在廣東珠海桂山港網箱養殖海域和粵西湛江港網箱養殖區的兩次赤潮造成養殖魚類大量死亡，直接經濟損失逾100萬元。