在長期的醫療實踐中逐漸形成與發展起來的蒙古族傳統醫學，簡稱蒙醫學或蒙醫。是中國傳統醫學的重要組成部分之一。其曆史悠久，內容豐富，是蒙古族人民同疾病作鬥爭的經驗總結和智慧結晶，也是一門具有鮮明民族特點、地域特點的醫學科學。它不僅有著豐富的醫療實踐，而且有著獨特的理論體係。在診治疾病中藥量少、療效好、經濟簡便，適應廣大牧民生活和勞動特點，為北方各民族人民的繁衍昌盛作出了貢獻。在形成與發展的過程中，曾受到印度、藏族和漢族傳統醫學的影響。
形成與發展
古代蒙古族勞動人民以遊牧生活為主，狩獵為輔，還有些相應的家庭手工業。他們勞動和生息在北方遼闊的蒙古草原和茂密的森林之中。信仰薩滿教。在同自然界和疾病作鬥爭的實踐中，他們逐步積累了原始的醫療知識，發明了最早的醫療保健方法。可惜傳下來的史料很少。根據有關著作的記載，那時已經出現了適應當時社會生活條件的蒙古醫藥知識。如灸療、外傷治療與正骨、飲食療法、民間用藥等。
成吉思汗時期，蒙古軍大舉西征，建立起橫跨亞歐的四個蒙古汗國。1271年，成吉思汗的後裔忽必烈入主中原，建立元朝，並於1279年統一了中國。忽必烈建立的元朝，溝通了國內各民族以及東西方之間的經濟、文化交往，同時也使中外醫藥科學有了更多的聯係和交流。元代醫事製度除設太醫院、禦藥院外，還在大都（北京）和上都（開平）各設回回藥物院一所。太醫院飲膳太醫忽思慧著有《飲膳正要》三卷，為中國最早的營養學專著。回回藥物院的《回回藥方》（36卷）是一部以反映西部少數民族和阿拉伯醫學為主要內容的著作，現僅存殘書四卷。
在曆史發展過程中，蒙醫學先後吸取了藏醫學及部分中醫學理論，逐步形成了既有獨特理論又有豐富醫療經驗的近代蒙醫藥學術體係。如元代蒙醫學家沙圖穆蘇用漢文撰寫了《瑞竹堂經驗方》15卷，其中治療風寒濕痹的方劑較多，所載方劑幾百首，其中有些方劑實用而有效，至今仍被采用。14世紀，蒙古族翻譯家沙拉布僧格，將古代印度佛學巨著《金光明最勝王經》從維吾爾文和藏文譯成蒙文，其中有古代印度醫學——吠陀醫學部分。由此印度傳統醫學書初次被引進蒙古地區。特別是在16世紀，隨著西藏聽天由喇嘛教的傳入，西藏《四部醫典》和印度醫學《壽命吠陀——八支心要集》等藏、印醫學理論，開始在蒙古地區傳播。於是蒙古族醫學家在傳統醫療經驗的基礎上，學習並掌握了印、藏醫學之核心占星五元學說和三根（赫依、希拉、巴達幹）理論，並把它與中醫學的陰陽五行學說相互滲透加以吸收。當時，許多蒙醫藥學家將漢、藏醫學理論和印度醫學理論靈活地、創造性地同本民族的生活、生產、疾病情況以及地區特點結合起來，編寫了大量的醫藥學著作，為蒙醫藥學基礎理論的發展奠定了基礎。其中有代表性的是17世紀著名蒙醫藥學家占布拉著《醫法海鑒》一書，記述了蒙醫治療各科疾病的方藥，是一部較完整的蒙藥方集；18世紀蒙醫藥學家鬆巴·堪布一伊舍巴拉吉爾著《甘露滴珠》《甘露醫理》《甘露診療》《甘露臨症鑒別診療集》《識藥晶鑒》等一整套蒙醫藥著作。還有蒙醫藥學家洛布桑·索勒日哈木著《脈訣概要》《巴莎木製藥法》《藥物識別》等著作。19世紀蒙醫藥學家占布拉道爾吉著《蒙藥正典》一書，共收集了879種藥物，並附有576幅插圖。還有著名蒙醫藥學家羅布桑·全普樂，通過一生的臨床實踐，較全麵地總結了前人的經驗，著有《實用蒙醫藥學》一書。19世紀末至20世紀初，蒙醫藥學發展到了一個新的階段，先後湧現出許多醫學家和蒙醫學專著：如著名蒙醫藥學家倫日格·丹達爾著有《訶黎勒·晶珠醫藥學鑒》《增補醫療解釋》等。庫西卡編著了《蒙醫驗方集》，並附有蒙、藏、漢、滿四體合璧的蒙藥名錄；伊希·丹森旺吉勒編著了《紅珊瑚方劑》；吉格木德·丹森紮木莎編著了《普樂方》；敖斯爾編著了《醫方與手法》；阿格旺隆日格·圖布丹尼瑪編著了《珊瑚珠方》等。這些著作的出版使蒙醫藥學日趨完善，逐步形成了具有鮮明北方民族醫藥特點和地域特點的近代蒙醫藥學。為保障北疆各族人民的健康及蒙古族的繁衍生息作出了貢獻。
中華人民共和國成立後，黨的民族政策和中醫（民族醫）政策，促進了蒙醫藥事業的迅速發展。在內蒙古廣大牧區及部分農區，普遍建立了蒙醫醫院，使蒙醫藥在醫療保健上發揮了重要作用。廣大蒙醫藥工作者在防治常見病、多發病、地方病及疑難病方麵都取得了很大成就。內蒙古自治區和部分盟市先後建立了一批蒙醫藥科研機構，在係統理論、藥物、臨床等方麵的研究都取得了顯著成就。自治區還建立了蒙醫高等院校，培養了大批新型蒙醫藥人才，使蒙醫藥學的發展後繼有人。近年來，廣大蒙醫藥工作者廣泛地搜集各地的蒙藥方劑，對全區各地的蒙藥資源進行了普查，開展了采、種、製、用的活動，並加強了科學研究工作。同時建立了規模較大的現代化蒙藥製藥廠，以滿足區內外的需要。