基本理論
蒙醫學以陰陽五行、五元學說理論為指導，貫穿了人與自然的整體觀。內容包括三根、七素的物質基礎，辨症施治的基本方法等。據蒙古古代史以及許多文學藝術作品的記載，古代蒙古人稱蒼穹為“父天”（陽），稱世界為“母地”（陰），並認為世界上一切事物都是由五種物質（木、火、土、金、水）的運動與變化所構成的，因而稱之為“五大要素”，亦稱“五行學說”。《白琉璃》一書中認為土、水、火、氣、空為構成一切物質的本基，俗稱“五元學說”。蒙醫學中認為父精、母血是以五元為基因，經複雜的量和質的變化聚合而成，人體的本基是“赫依”、“希拉”、“巴達幹”三根。赫依屬氣，希拉屬火，巴達幹屬土和水。
蒙醫以“赫依”、“希拉”、“巴達幹”三根的關係來解釋人體的生理、病理現象。所謂“赫依”，是指各種生理功能的動力。生命活動的每一個環節都是“赫依”在發揮作用。凡是思維、語言、動作及各髒器的功能活動，皆受“赫依”支配。如果“赫依”的功能失常，則會導致髒腑功能減弱，表現為神誌異常、失眠、健忘、疲乏、眩暈、麻木、抽搐、癱瘓等。“希拉”有火熱之意，在髒腑中與膽的關係最為密切。機體的體溫、各組織器官的熱能及精神的振奮等都是“希拉”在發揮作用。“希拉”偏盛，則可發生各種溫熱病，如黃疸、口苦、吐酸、煩渴、神情狂躁等機能亢盛的表現，都屬於“希拉”的失常。“巴達幹”是指體內的一種黏液狀物質，具有寒性的特征。在正常生理情況下，“巴達幹”能滋潤皮膚，濡養組織器官，滑利關節，化為唾液、胃液、痰液等分泌物。“巴達幹”的功能失調，除表現為一般寒性征象外，還易導致水液的停滯不化而出現各種分泌物增多的現象，如浮腫、胸水、腹水、痰多、吐清水、婦女白帶多等。此外，中醫屬於痰濁蒙蔽的嗜睡、癡呆及濕困脾胃的消化不良等病症，在蒙醫中也屬“巴達幹”的病症範圍。在正常生理情況下，“赫依”、“希拉”、“巴達幹”三者協調一致，保持相對平衡；如果三者的平衡關係失調，則產生各種病理變化。若以“赫依”與“希拉”的關係失調為主，則產生陽熱亢盛一類病變；若以“赫依”與“巴達幹”的關係失調為主，則出現陰寒及水液不化一類病變。
蒙醫學中的“赫依”含有氣、風、神經、經絡之意，屬中性，助陽則陽盛，助陰則陰盛；“希拉”含有火、熱、膽之意，屬熱性；“巴達幹”含有津液、寒、痰之意，屬寒性。“赫依”、“希拉”、“巴達幹”三根為人體之本基，概括為陰、陽、氣。
蒙醫以“七素”作為構成人體的基本物質，包括水穀精微（透明液體）、血、肉、脂、骨、髓、精液。“赫依”、“希拉”、“巴達幹”與“七素”之間有著相互依存的密切關係。
蒙醫的辨症方法主要有病因辨症、病位辨症及論病辨症等。此外，尚有探查性服藥的辨症方法，多用於疑難病症。
施治的主要內容包括立法、處方、手術等。蒙醫有清、解、溫、補、和、吐、下、靜、養十法；還有燥“希拉烏素”（黃水），殺“黏”（病菌、病毒），導熱、升溫等獨特的治療法則。急則治標，緩則治本。蒙醫非常重視人與自然環境，生活習俗與疾病的關係。特別是蒙古民族以肉、乳、炒米為主食，多見消化道疾病，故蒙醫認為胃為人體後天之本，飲食起居適宜尤為重要。在診治內科疾病時首先注意消化係統有無異常，新陳代謝有無障礙，把提高胃腸消化、吸收功能，放在治療的首位。因此，蒙醫對於胃腸疾病的診治有豐富的經驗和很好的療效。
此外，尚有“髒腑說”、“白脈說”、“黑脈說”、“四季發病規律”、“南北人群發病差異”，以及瘟疫、熱病的獨特理論學說和治療方法，指導著蒙醫臨床實踐。
醫療實踐