本區的氣候屬於典型的地中海型。由於本區各組成部分的麵積都不大，各地距海都不遠，而且山地的封閉性不大，來自海洋的氣流可以深入內地，因此氣候的海洋性是南歐三大半島中最顯著的。1月均溫北部為4℃～5℃左右，南部達10℃～12℃，盡管冬季溫和，但北部和中部仍可見冰雪。羅馬的最低溫為-8℃。夏季南北溫差不大，一般都在24℃～28℃之間。年降水量北部較多，向南逐漸減少，熱那亞的年降水量達1258毫米，羅馬是828毫米，勒左加拉勃利亞隻有568毫米；同時，降水還有自西向東減少的趨勢，亞平寧半島上亞得裏亞海一側的年降水量比同緯度的第勒尼安海一側少，例如：比薩的年降水量是1006毫米，佛羅倫薩是800毫米，佩紮羅是727毫米。
亞平寧半島區也是南歐各區中地中海型植物群落的比重最大的一區。硬葉常綠群落不限於分布在沿海和平原地區，它可以沿河穀深入到山地內部。但是由於這裏人類活動的曆史悠久，自然植被遭到極大破壞，全境森林（包括馬基群落中較高的植叢）覆蓋率隻有18％～20％。
三、巴爾幹半島區
巴爾幹半島位於南歐的最東部，靠近內陸。它與中歐之間沒有明確的界線，一般都以薩瓦河-多瑙河下遊，以及從錫利斯特拉向東到黑海海濱一線為其北界。在地質構造上，西部和東北部是年輕的新生代褶皺，內部是麵積相當大的古老地塊。
狄那裏克阿爾卑斯山脈是阿爾卑斯山脈向東南的延續，分布在南斯拉夫西部。由於海岸沉降，山脈的西部邊緣沉入海中，山嶺成為島嶼，形成舉世聞名的達爾馬提亞型海岸。根據岩性和地形的不同，狄那裏克阿爾卑斯山脈可以分為東西兩帶。西帶主要由中生代石灰岩構成，由於這裏降水充沛，形成了各種各樣的岩溶地貌（喀斯特）。“喀斯特”作為地貌類型名稱，即起源於狄那裏克阿爾卑斯山脈北部的喀斯特高原。東帶主要由砂岩和頁岩構成，山頂渾圓，山坡和緩，穀地寬廣。
狄那裏克阿爾卑斯山脈向南延伸為阿爾巴尼亞山脈和希臘的品都斯山脈，它們主要由石灰岩和複理石層構成。
巴爾幹山脈是喀爾巴阡山脈的延續，它的形成時代也與後者相近。根據岩性和地形的不同巴爾幹山脈可以分為西、中、東三段：中段由結晶片岩和花崗岩構成，山頂渾圓，高度很大。西段主要由中生代石灰岩構成，此外還有複理石層和古生代的頁岩，高度不如中段大，但山坡較陡。東段是巴爾幹山脈最低的部分，主要由複理斯層構成，高度逐漸降到200～300米。巴爾幹山脈北坡較緩。逐漸過渡到山前台地，南坡較陡，沿著山麓分布著一係列斷層盆地。
巴爾幹半島內部主要是由前寒武紀和古生代的結晶片岩和片麻岩等古老岩層組成的馬其頓-羅多彼地塊。第三紀末，這一地塊發生斷裂和破碎，形成許多高度不同的山地和盆地。許多山地具有高山地貌特征，裏拉山的木薩拉峰高2925米，是巴爾幹半島的最高峰；盆地中堆積新第三紀以來的海相和湖相沉積，一般都比較平坦或略有起伏，成為居民稠密區。
巴爾幹半島北部與中歐連為一體，而且其間沒有高山阻擋，溫帶氣團很容易深入南歐，因此它的北部和內部氣候具有溫帶大陸性色彩，隻有西部沿海屬於典型的地中海型氣候，南部的地中海型氣候具有一定的大陸性特征，降水量馬基群落少得多，西部降水都在1000毫米以上，南部隻有400～600毫米。
內地的植被兼有森林和草原兩種類型。森林主要分布在山地，1000～1200米以下為落葉闊葉林，主要由櫟屬樹種組成，還有山毛櫸、鵝耳櫪等。在山坡下部廣泛分布著施布裏亞克灌木群落，這是巴爾幹半島具有特征性的植物群落，它常常分布在森林被砍伐的地方。平原和盆地中已無原始植被，但是分布著肥沃的黑鈣土和栗鈣土，可以推測原始植被可能是草原。