湖泊水資源在地區上與時間上分布的不平衡性，也影響到水資源的合理利用。中國地處東亞季風區，降水量主要集中在每年的6～9月，此時也是湖泊與河流的汛期。由於湖泊的蓄水量有限，汛期眾多的水量未被利用就白白地流走，僅洪澤湖、洞庭湖和鄱陽湖每年汛期就有1500餘億立方米的水量被排出湖外。而冬、春農田灌溉用水的季節，又正是湖泊的枯水期，水源不足影響到農田灌溉、交通航運和水產養殖等事業的發展。湖泊水資源在地區上的分布也是很不均勻的。
為了改善水資源在時間上與地區上分布的不平衡，解放後進行了大規模的水利建設。月亮泡、白洋澱、南四湖、洪澤湖、洪湖、洱海等許多大、中型湖泊已建閘築壩，這些湖已由天然湖泊轉為受人工控製的湖泊型水庫，增加了湖泊的容蓄量，提高了水資源的利用率。此外，在湖泊及河流的上遊，還興建了大、中、小型水庫86000座，增加地表水蓄量4000億立方米左右。隨著現代化建設的發展，對淡水的社會需要量將不斷增加，采取工程措施來改變水資源分布的不平衡狀況，將是提高水資源利用率的重要途徑。
3.維護生態平衡，保護生物資源。湖泊中時刻發生和發展著的地質、地貌、水文、化學、生物等各種自然現象，彼此相互依存，相互製約，統一於湖泊這一綜合體中，從而形成了一個完整的生態係統——湖泊生態係統。
湖泊生態係統又是整個生物圈的組成部分，它像森林、草原等所有別的生態係統一樣，都是由生物及其所賴以生存的環境兩大部分所組成的不可分割的整體，並在其內部不停地進行著物質的流動和能量的轉換。一個生態係統中的生物成分有生產者、消費者和還原者（分解者）。湖泊生物成分中的生產者包括浮遊藻類、附生藻類和大型水生植物，它們能夠把二氧化碳和無機營養元素如氮、磷、鉀、矽、鐵等在太陽光的作用下，合成有機物質，組成自己的軀體，並把光能轉變成生物能。消費者包括浮遊動物（如輪蟲、枝角類、橈足類等）、底棲動物（如螺、蚌等）和遊泳動物（如魚、蝦等），它們從綠色植物合成的有機物質中獲取自身生命活動所需要的物質和能量，其中肉食性動物（如鱖魚、青魚等）則從別的動物軀體獲取自身生命活動所需要的物質和能量。還原者是細菌和真菌，它們分解複雜的生物有機體獲取自身生命活動所需要的物質和能量，同時把生物有機體還原為二氧化碳和各種無機物質。在湖泊生態係統中，物質和能量就是這樣不停地進行著流動和轉換。當然，這種流動和轉換不是簡單的、直線式的，而是十分複雜的網絡狀係統。由於在流動和轉換過程中，物質的大部分轉入了貯存狀態，隻有少部分被消耗，因此就為人類蓄積了魚、蝦、蟹、貝、菱、蓮、芡、蘆等湖泊生物資源。
湖泊生態係統是在湖泊長期的自然演變過程中所形成的，並處於相對的平衡狀態。人們在利用湖泊資源時，如果忽視了湖泊生態係統的整體性，破壞了其中某一環節，就會引起一係列連鎖反應，使整個生態係統失去平衡，導致資源的衰減。例如與江河通連的湖泊，解放以後興建了許多閘壩，在水利上雖然發揮了顯著的效益，促進了湖區工農業生產的發展。可是有的湖泊在興建閘壩的同時，沒有從生態係統的角度對湖泊進行周密的綜合分析，以致建成的閘壩，切斷了魚、蟹的自然洄遊通道，破壞了湖泊水域的生態平衡，引起了水利與水產之間的矛盾，使湖泊魚產量大幅度下降。江蘇省洪澤湖建閘前，魚類年最高產量曾達4200萬斤，自從上遊的蚌埠閘建成後，淮河的水文狀況發生了變化，青、草、鰱、鱅魚的產卵場被破壞；下遊的三河閘、萬福閘建成後，又得不到來自長江的魚、蟹苗源的補充，水產資源量減少，產量下降。安徽省的泊湖，建閘前的1955年，魚產量達到700餘萬斤，其中青、草、鰱、鱅等大型經濟魚類占產量的54％，建閘後年產量則徘徊在200萬斤左右，最低年產量隻有90萬斤，大型經濟魚類僅占產量的10％。河北省的白洋澱，過去是盛產河蟹之地，河蟹體大肥滿，膾炙人口，可與江蘇省的陽澄湖清水大閘蟹相媲美，遺憾的是下遊棗林莊閘建成以後，該澱河蟹已近乎絕跡。