可以把小麥或土豆田、蘋果園、甚至人工種植的樹林看做農業生態係統。與生物的自然群落相比，它們都是由人的勞動創造的。然而，勞動還創造了工業生態係統。它們的區別在哪裏？主要區別在於使用的主要能源不同。
對於農業生態係統而言，主要能源是陽光。依靠這種能，農業生態係統從無機物中創造出其生存所必需的一切。農業生態係統的其他生物吃掉綠色植物所儲備的能。在農業生態係統中還有那樣一些生物，它們既吃能、還吃來源於動物的食品。在所有這些情況下，對於農業生態係統而言，太陽光的能是最原始的能。進入農業生態係統的其他來源的能（電能、燃料能等等）與被生物所利用的太陽光的能相比就顯得很少。
對於工業生態係統而言，它的能源主要是還未恢複本來麵目的能源儲備：煤、石油、天然氣。也可能是核電站和水電站生產的電能。
農業生態係統與城市生態係統有著密切的聯係，它們互換自己的產品。另一方麵，城市生態係統由於往大氣中排放有害物質和汙水而汙染城市附近的農業生態係統。
農業生態係統與自然生態係統的聯係另有不同。它們能夠互換生物。因為在兩個係統中都可以看到同類的植物和動物。並且，農業生態係統十分穩定。要使農業生態係統長期存在，就必須一直有人的影響，人要施肥，要監控動物和植物的數量，因為它們會降低收成或毀掉一部分產品。