主席阿格拉瓦認為政府對暗殺行動不負任何責任，武裝部隊參謀長貝爾沒有參予此事。其他四名委員會成員則認為，政府一直關注著阿基諾的行蹤，故此對他遇刺負有不可推缷的責任，貝爾與此案脫不了幹係。於是1984年11月，調查委員會發表了兩份看法不同的調查報告，不過兩個報告都指出暗殺行動是有組織，有預謀的，報告公布後，人們紛紛要求審判貝爾。1985年1月，檢察院向法院起訴，指控貝爾和其他二十五名軍人。貝爾曾是馬科斯的司機兼保鏢，隨著馬科斯官階的升遷，貝爾也不斷得到提拔，直到統領二十萬大軍的參謀長。在國內外輿論的要求下，馬科斯隻好把心一橫，答應設立特別法庭。審判包括貝爾在內的任何指控人員，1985年2月，特別法庭開庭審理此案。八個月工夫，開庭五十三次，傳訊各種證人一百零八名。在一批證人中最引人注意的是被稱作“哭泣女郎”和“親吻女郎”的兩名婦女。“哭泣女郎”名叫雷貝卡·基漢諾。她與貝·阿基諾同乘一架飛機回國，因當場目睹阿基諾被殺而嚇哭了，故被稱為“哭泣女郎”。她曾出庭作證說，她親眼看見站在阿基諾身後的一名身穿哢嘰軍裝的士兵對準阿基諾的頭部開了一槍。然而被告的辯護律師卻向法庭提出了與阿基諾同機回國的另一名證人。此人名叫佩拉吉婭·伊拉裏奧。她因在機上吻過阿基諾，故被稱作“親吻女郎”。她聲稱親眼看見加爾曼在停機坪開槍打死了阿基諾。法庭經過兩個月的研究，否定了“哭泣女郎”的證詞，理由是她曾被控犯過罪，因攜帶偽造外幣和假支票等在香港被捕過，以此證明她的證詞不可信，並於12月初宣布凶手就是加爾曼。而加爾曼又在機場被值勤的一名士兵當場擊斃。這名士兵是“執行職責”，不存在任何預謀，因而包括貝爾在內的二十六名軍人全部無罪釋放。對於法院的判決，菲律賓許多人認為是欲蓋彌彰。可是，原告律師又提不出其他有力證據和證人來推翻法院的判決，阿基諾謀殺案就此收場。這樣的宣判結果並不能讓廣大的菲律賓人民滿意，於是在人民中掀起了一場反對馬科斯政府的熱潮，而且人民的情緒十分高漲。於是馬科斯的政府便陷入了一種動蕩的局麵。馬科斯被迫宣布於1986年2月7日舉行總統大選。阿基諾夫人與統一民族組織勞雷爾達成協議，聯合起來參加正副總統競選，從而扭轉了反對黨四分五裂的局麵。在這種情況下，在反對黨人的擁護下，阿基諾的夫人被推選為菲律賓總統，而馬科斯則逃往菲律賓避難。1986年6月6日，菲律賓成立了以最高法院前法官康拉多·瓦斯克斯為首的三人特別委員會，重新審理阿基諾遇刺案。最後宣布原馬科斯政府特別法庭的判決無效。9月16日，反貪汙法院下令逮捕謀殺阿基諾的包括貝爾在內的二十六名軍人。案子至此好像已經可以結束了，但是新證據的出現又有了新的線索。1987年8月19日，菲律賓反貪汙法院重新開庭審理阿基諾案。在此次審理中，關於阿基諾被害事件又有人提出了新的證據。菲律賓職業攝影師亞曆山大·洛伊納出示了三十九張大照片和四十張幻燈片。這些照片顯示，槍殺阿基諾的子彈是從阿基諾背後射入的，子彈穿過他的頭部後從下巴出來，子彈的軌跡是由上至下的。這些證據表明，阿基諾是在走下飛機時被人從身後開槍擊斃的。在1988年1月4日的聽證會上，馬尼拉國際機場的工人巴塞羅納證明，他說阿基諾被殺害的當天，他駕一輛拖車在馬尼拉機場停機坪上，眼見阿基諾與三名警衛從飛機上下來。阿基諾身後一名士兵用槍對著他的後頸開了槍，阿基諾向前倒下。可是沒隔幾秒鍾，又一聲槍響，這時加爾曼就倒下了。阿基諾槍擊案中，雖然新的證詞又提供了新的線索，但是整個案件的過程還是迷霧重重，阿基諾機場斷魂案給人們留下了無限的遐想空間。