發現上述一個或幾個線索、疑點後，可以進行進一步的審閱核對有關會計資料，調查詢問有關人員，了解有關情況，從而查證問題。
由於預付款業務須以合法合同為基礎，因此對每一筆預付款業務，看其是否有對應合同，查證合同上規定的預付款數額是否同預付款發生額相符。並要對購貨合同的合法性、合理性進行查證，以確定是否在以虛假或不合理合同串通錯弊，虛列預付賬款的問題。
查閱預付賬款總賬與明細賬，看其餘額是否相符，還應注意明細賬中相關摘要的敘述是否清晰，必要時可調閱相關記賬憑證和原始憑證，以確定是否存在“預付賬款”賬戶所反映的經濟業務超出其核算範圍的情況。
查證預付賬款業務關聯單位，確定是否存在虛假預付賬款業務，以及預付賬款餘額是否正確。
查證購貨入庫記錄，看有無重複付款或將同一筆已付清的賬款在預付款和應付賬款兩個科目中同時掛賬的情況。
查證“預付賬款”明細賬的賬齡長短及相關的記賬憑證、原始憑證。如果賬齡過長、則有利用“預付賬款”轉移資金或進行其他舞弊行為的可能。
最後，問題查證後，應根據其具體情況作出恰當的調整。
③預付賬款壞賬準備。
企業的預付賬款不得計提壞賬準備。但是，如果有確鑿的證據表明企業預付賬款的性質已經發生改變，或者因供貨單位破產、撤銷等原因已經無望再收到所購貨物的，應將原計入預付賬款的金額轉入其他應收款，並按規定計提壞賬準備。
（2）核算異常情況。
新《企業會計準則》附錄《會計科目和主要賬務處理》規定，“預付賬款”科目用來核算企業按照合同約定預付的款項。企業可按供貨單位進行明細核算。該科目期末一般為借方餘額，反映企業預付的款項，如為貸方餘額，則反映企業尚未補付的款項。
在日常會計核算中，該科目與稅收有關聯的事項較少，主要為預付購貨款後在收到貨物時可能涉及的對增值稅進項稅的處理，但由於對增值稅進項稅扣除的管理非常嚴格，所以，該事項出現偷稅的可能性較低。但值得注意的是，正是由於該科目涉稅事項較少，使得許多檢查人員不重視對預付賬款的檢查，往往使該賬戶成為企業賬“飛過海”及隱匿利潤的防空洞，本文介紹的案例就屬於這方麵的問題。
【例】某稅務稽查組檢查從事建築安裝的A公司，檢查人員發現，A公司2007年的主營業務收入與其上年相比，不升反降，與規模相當的同行相比，差距拉大，這與全社會基建規模不斷擴大的背景極不相稱。檢查人員還得知，A公司2005年工作總結反映實現的業務收入比上年度增長了30%，而且員工的年薪達到曆史最高水平。這些都說明A公司與整個建築行業一樣得到同步發展，但為何其業務收入不升反降呢？
審計調查：
檢查人員自然懷疑A公司隱匿了業務收入，但先後檢查了預收及應付賬款、其他應付款、銀行存款等科目，均未見異常。檢查人員又意識到可能存在掛靠大建安公司承接業務而隱瞞收入的問題，於是，從賬麵尋找與A公司有往來的大公司，終於在“預付賬款——B公司”賬戶中發現隱藏著一大建安公司（C公司）。據該賬戶記載，A公司在
年底預付 萬元至 公司購買鋼材，鋼材未購回， 年下半年又由C公司分四次彙回2000萬元衝平了該賬戶，但12月份，A公司又收到1100萬元鋼材，並作了借“原材料——鋼材”、貸“預付賬款——B公司”的賬務處理，而憑證後未附鋼材發票。麵對這些異常情況，A公司財務經理解釋說，A公司先代C公司預付給B公司2000萬鋼材款，並由其分四次歸還。後收到的1100萬元鋼材，是A公司向B公司購買的，尚未開票結算。當檢查人員索要其代C公司預付款的協議及利息結算情況時，財務經理說因兩家老總是好友，未定協議也未收利息。問題果真如此簡單？在檢查組至B、C公司調查後終於真相大白。