《四庫全書總目》的批評大致從四個方麵著眼：一是有些不可或缺的小條目（如五嶽中的泰山、恒山，四瀆中的濟水）缺漏了，二是部類設置不合理（武部之外還另設有軍器部），三是一些小條目歸部不合理（如“夢”不歸入人事部，而歸入靈異部），四是部分小條目設置不合理（比如在《四庫全書總目》看來“鴻”即是“雁”，沒必要分別設條目）。《四庫全書總目》的批評有的很中肯，比如指摘《藝文類聚》“五嶽存三，四瀆缺一”的疏漏，以及不恰當地為軍器獨立設部。也有的批評並不那麼切中要害，講的是無可無不可的有爭議的問題，比如“騊駼”算不算馬。《四庫全書總目》所指摘的問題，往往也不僅僅祇存在於《藝文類聚》之中，《藝文類聚》的有些毛病也存在於與之大致同時或稍後的《初學記》、《太平禦覽》等類書中。
《藝文類聚》是現存唐代類書中規模最大的一部，而且是由最高統治者組織當時的知識精英編纂的，編纂目的很嚴肅，因此此書很能反映唐代類書的編纂水平。我們要討論唐代類書類目設置上的缺陷，這部書是很理想的批評對象。《四庫全書總目》對《藝文類聚》的批評主要集中在部類下的小條目上，我們要討論的是類目設置的缺陷，僅限於小條目的問題顯然是不夠的，我們還要考慮整個部類設置的其他層次。在我們看來，《藝文類聚》部類設置的局限還表現在以下幾個方麵。
首先，《藝文類聚》的部類設置還不夠完備。《藝文類聚》一共四十六部，宋代的《太平禦覽》是五十五部。較之《藝文類聚》，《太平禦覽》多出偏霸部、逸民部、宗親部、學部、疾病部、奉使部、四夷部、菜部、竹部等。偏霸部，收錄的是不被傳統和現政權承認合法性的政權，《藝文類聚》不論正閏，所謂的偏霸都可以併入帝王部。逸民部，收錄曆代著名的隱士，《藝文類聚》人部下有子目“隱逸”。“宗親部”講的是家庭中的各種人倫關係，父子、兄弟、夫妻等，這部分內容《藝文類聚》的確沒有（《初學記》也沒有），如果有的話，大概會歸在人部中。“學部”的內容大致相當於《藝文類聚》“雜文部”的“經典”、“談講”、“讀書”等。《太平禦覽》為“疾病”獨立立部，《藝文類聚》則把“疾”放在“方術部”下。“奉使部”、“四夷部”，確實是很重要的內容，而《藝文類聚》也確實沒有。“菜部”，收錄各種食用的蔬菜，《藝文類聚》“草部”下有“菜蔬”、“葵”、“薺”、“蔥”等子目。“竹部”，收錄各類竹子，《藝文類聚》“木部”有子目“竹”。因此《太平禦覽》所多出的九部中，從類書部類設置的完備性上看，最有意義的是“奉使部”、“四夷部”，尤其是後者。在上文我們還提到另一部宋代大類書《冊府元龜》，在《藝文類聚》、《初學記》的“後妃部”、“儲宮部”、“帝戚部”之外，增添一“外戚部”，這也是一個很有意義的補充。
其次，《藝文類聚》的子目還遠不夠豐富，一共纔七百二十七條，幾乎隻是《太平禦覽》的零頭。《太平禦覽》的子目多達五千四百二十六條。這裏沒辦法像講部類時那樣，把《太平禦覽》所多出的子目一一列舉出來，祇能舉例。《藝文類聚》“衣冠部”下有“衣冠”、“貂蟬”、“玦佩”、“巾帽”、“衣裳”、“袍”、“裙襦”、“裘”、“帶”等十個子目。《太平禦覽》“服章部”則有［總敘］“冠”、“通天冠”、“進賢冠”、“遠遊冠”、“章甫冠”、“牟追”、“收”、“哻”、“委貌冠”、“高山冠”、“法冠”、“武弁冠”、“鶡冠”、“卻敵冠”、“卻非冠”、“巧士冠”、“方山冠”、“長冠”、“樊噲冠”、“冕”、“纓”、“弁”、“幘”、“帽”、“巾”、（附）“接離”、“障日”、“貂蟬”、“簪導”、“白筆”、“帢”、“幍”、“幓頭”、“衣”、“袞衣”、“鷩衣”、“毳衣”、“絺衣”、“玄衣”、“褘衣”、“褕狄”、“闕翟”、“鞠衣”、“展衣”、“褖衣”、“袗衣”、“朱衣”、“單衣”、“中衣”、“曲領”、“袿襡”、“”、“鞶囊”、“佩”、“環”、“玦”、“笏”、“袍”、“褐”、“衫”、“襜褕”、“裘”、“襦”、“袴”、（附）“袴褶”、“帶”、“大帶”、“裳”、“裙”、“褌”、“履”、“舄”、“襪”、“屨”、“屐”、“屣”、“靴”、“屩”、“屧”，一共七十九個子目。兩者相比，《太平禦覽》從上到下，井然有序地把各類帽子、上衣、褲子、鞋子羅列個遍。《藝文類聚》則太粗疏了，首先，鞋子那一類根本就遺漏了。其次很籠統，“冠”隻在“衣冠”條裏很概括地一敘，不像《太平禦覽》細分了十八種冠。“衣裳”、“裙襦”等子目也都是很籠統的提法。再次，部分子目的設置具有相當的隨意性。古人衣冠上的裝飾物很多，為何祇列“貂蟬”、“玦佩”，而不列其他，這有一定偶然性。
就《藝文類聚》子目籠統性和隨意性我們再多說幾句。《藝文類聚》有“舟車部”，這一部下邊就祇有兩個子目：“舟”和“車”。《太平禦覽》則把“舟車部”細分為“舟部”和“車部”。“舟部”不但又細分了“艦”、“航”、“舫”、“舸”、“筏”等十一種舟，而且還細載了“槳”、“櫓”、“帆”、“桅”等舟上的部件。“車部”的體例也是如此。反觀《藝文類聚》“舟”條的敘事部分，泛引了《易》、《世本》、《爾雅》、《韻集》、《山海經》、《墨子》、《廣雅》、《釋名》、《說文》、《毛詩》、《左傳》、《太公六韜》等書關於“舟”的敘述。其中引《釋名》曰：“船三百斛曰刀。……二百斛以下曰艇。……外狹而長曰艋衝。……方舟或謂之航。南楚江湘，凡船大者謂之舸，小舸謂之艖。”引《說文》曰：“舫，並船也。”《釋名》、《說文》，以及《廣雅》等書都提到了很多舟的小類名，《藝文類聚》的編者卻不願意為它們一一設子目，像他們在鳥部、獸部、藥香草部為各種動植物設子目那樣。《藝文類聚》如此這般地厚此薄彼，很讓人費解。