但是，董仲舒在吸收百家之長基礎上“獨尊儒術”，就使得調和壓倒了鬥爭。不過，一直到唐代，儒道佛之間的鬥爭還是很激烈的。儒道佛三教的融會合一，從此不再爭鬥而專注於調和，是直到宋代才得以完成的。宋代的道士杜光庭說：“凡學仙之士，若悟真理，則不以西竺東土，為各分別，六合之內，天上地下，道化一也。若悟解之者，亦不以至道為尊，亦不以象教為異，亦不以儒宗為別也。三教聖人，所說各異，其理一也。”這就是說，儒、道、釋是混而為一的，而且在真理麵前並沒有高低上下之分。事實上，宋代以後的所謂“三教”，是你中有我，我中有你。魯迅在講到“神魔小說”時說：“三教之爭，都無解決，大抵是互相調和，互相容受，終於名為‘同源’而後已。凡有新派進來，雖然彼此目為外道，生些紛爭，但一到認為同源，即無歧視之意，須俟後來另有別派，它們三家才又自稱正道，再來攻擊這非同源的異端。當時的思想，是極模糊的，在小說中所寫出的邪正，並非儒和佛，或道和佛，或儒道釋和白蓮教，單不過是含胡的彼此之爭，我就總括起來給他們一個名目，叫做神魔小說。”這種模糊的似是而非的信仰，不僅神魔小說中有，而且源自宋代的其他話本小說中也有。講史話本《水滸傳》中的那群“妖魔”，卻變成了俠客（武鬆、石秀等）、和尚（魯智深）、道士（公孫勝）。小說反複宣講“三教同源”、“三教合一”，然而這個武士、儒生、和尚、道士能夠和諧相處、精誠團結的嘯聚山林的集團，卻是一群劫富濟貧、打家劫舍的綠林豪俠，他們都是從天上下凡的星星——天罡星和地煞星。如果要從宗教的角度看《水滸傳》，那麼無論你怎樣費盡心機也難以將其中的宗教內涵說清楚。甚至對於鮮有宗教色彩的宋江，從文化承擔的角度也難以解析明白，你說他是個儒家，他又具有仗義疏財、犯上作亂的俠客品行，你說他是個俠客，他後來又講忠孝並為朝廷效力。因此，在《水滸傳》中，是各種學派和宗教的含混不清的合一。即使是純然出自文人手筆的小說如《紅樓夢》中反複出現的“一僧一道”，也說明作者將僧與道看成是友好合作的夥伴關係。當然，《紅樓夢》中的佛家色彩是強烈的，但其道家意識也不難分析出來，而張畢來從賈寶玉對《四書》、孔、孟、程、朱的矛盾態度分析，認為賈寶玉的觀點“並未跳出儒學的基本圈子”。
中國文人不以信仰為重而善於調和的心態，使得中國從未發生過宗教戰爭，也就是說，中國文人有時可以為家國社稷的興亡而獻身，但很少有人為一種主義、真理或信仰而獻身的。就其優點而言，中國對於信仰問題曆來都是持寬容態度的，來自異域的佛教能夠在中國紮根，就是這種寬容態度的明證。但是，中國的寬容隻是對於寬容者的寬容，而且還要有保持社會穩定的條件，而對於不寬容者以及可能煽動社會動亂者則采取一種不寬容人的態度，中國文人對於基督教的不寬容態度就是這樣做的。
當然，當明代後期西方傳教士初來中國時，是受到了一些中國文人歡迎的。其原因有三，第一，利瑪竇等初到中國的傳教士在對中國文化分析之後，認為要“歸化中國”不可操之過急，不可在民間傳教，而要在某種程度上向原始儒學認同，利用中國的上層文人自上而下地“歸化中國”。所以他們隻攻擊佛、道和理學，這在某種程度上也迎合了明代後期一些厭惡理學的文人，致使信教的有徐光啟、李之藻、楊廷筠等上層著名的士大夫。第二，初來中國的西方傳教士為了能夠在中國傳教順利、自覺地學習中國文化，而且由身著和尚服改換儒生服，使中國文人感到他們與“蠻夷”不同，而是一些“聰明特達之士”，譬如利瑪竇，除了其淵博的西方學識之外，還熟讀《四書》《五經》
並能夠隨時引用。第三，是初來中國的傳教士帶來了西方的自鳴鍾、望遠鏡等等，而且還幫助中國人修訂曆法、製造大炮，至於西方的數學、邏輯學、天文學、物理學等科學，就更令中國文人耳目一新。因此，雖然大部分文人一開始對基督教就無好感，但對這些能夠“立竿見影”的科學技術還是歡迎的。而且，即使利瑪竇等傳教士的著名弟子徐光啟、楊廷筠等中國文人，也不是什麼純正的基督徒。謝和耐指出：“徐光啟所宣揚的並不是純粹的基督教教理，而是一種儒教和基督教的大雜燴，與16世紀在儒教和佛教之間的混合物相類似。”
徐光啟在為《秦西水法》一書所作的《序》中說：“餘嚐謂其教（基督教），必可以補儒易佛。”而楊廷筠則試圖調和儒、道、佛和基督教“四大宗教”，使之混而為一，這樣就可以使整個世界調和起來。因此，如果西方的傳教士以徐光啟、楊廷筠的方法來傳播福音，那麼，基督教在中國的紮根是可以想見的。
但是，信奉基督教的西方人首先關注的就是信仰。且聽耶和華是怎樣說的：“除了我以外，再沒有神。我是公義的神，又是救主。除了我以外，再沒有別神。”若是不專一地信奉神，神會怎麼辦呢？“我必使刀劍臨到你們被殺的人必倒在你們中間，你們就知道我是耶和華。”“有其父必有其子”，耶穌也說：“信而受洗的必然得救，不信的必被定罪。”而且“一個人不能事奉兩個主”。甚至信徒與血親也要生疏，因為“愛父母”和“愛兒女過於愛我的，不配做我的門徒”。