1928年8月，邊界形勢突然惡化，蓮花縣城及集鎮被國民黨勢力所占。緊接著，湘鄂贛三省國民黨軍隊“會剿”井岡山，包括蓮花在內的湘贛邊界到處都是穿國民黨軍服的人，到處都是殺戮，槍炮聲。濃煙滾滾，關山阻隔，毛澤東率紅軍主力離開了井岡山向贛南、閩西進發，井岡山區麵臨著十分嚴峻的考驗，各種武裝鬥爭被迫轉入地下，那過去高舉的梭鏢現在躲進了高粱地裏，越來越多的槍支埋伏在了山溝。非常時候，革命需要隱姓埋名，需要羚羊掛角，了無蹤跡。這時候的劉仁堪更加忙碌，他既要阻止革命的火焰將息，又要小心策劃鬥爭的科學性可能性。蓮花仿佛已經成了一件破爛不堪的衣衫，劉仁堪到處奔走，今天出現在這個鄉的一盞煤油燈下麵，明天出現在那個村邊上貌似無人居住的房子的閣樓裏。他就像一根針，要把因白色恐怖漏洞百出的革命縫合到完整妥帖的程度。這是一項無比危險的工作，因為他奔走的路線往往要穿過國民黨地方勢力控製的地區。革命正是低潮的時候，叛徒和告密者無所不在。要讓自己免於傷害，需要敏銳的嗅覺、靈巧的身體和適當的運氣，劉仁堪身材不高，宜於躲藏，做過挑夫體質尚好，無序的飽一頓餓一頓的生活尚能忍耐，長期的訓練使他能從經過的風中聞出異樣的氣息並迅速做出判斷，常常因此化險為夷。可是並不是每一次的運氣都那麼好。1929年5月的一天，他被捕了。
那一天劉仁堪正和蓮花縣婦女部長顏清珍在一個很偏僻的村子裏檢查工作，劉仁堪突然有了某種難以名狀的異樣感覺。有一股神秘的力量正在鬼鬼祟祟地向他靠近。他立即知道了自己處於極度危險之中，果斷地做出撤退的決定。
劉仁堪和顏清珍跑出了村。劉仁堪知道，隻要自己再跑上一段，他們就可以脫險。隻要上了山，追捕的人就會失去線索迷失方向。可這時候發生了一點意外，顏清珍在奔跑的過程中崴了腳。她跑不動了。劉仁堪本可以自己一個人跑出去，可作為一個縣委書記，關懷屬下是他的責任。他是個男人，照顧女士也是理所當然。這意外減緩了他們逃亡的速度，他們被捕了。
劉仁堪終於見到了他率領窮人誓死要打倒掀翻的牢籠的模樣。那是一間黑漆漆的小小的房子，比他父親去世時他東拚西湊買回來的薄皮棺材大不了多少，但是要比那薄皮的棺材堅固厚實得多。他在黑暗中摸索，用手指摳著牢籠的牆體，他甚至嚐試著用拳頭砸牆，可是他得不到這牢籠哪怕一絲的回應。他聽到的隻是自己身上金屬鐐銬在地上拖曳和碰撞的聲音。他還聽到鐵門開合的聲音，那是表情模糊的看守每天送飯和前來提審發出的聲音。
他一再地遭到提審。開始是國民黨蓮花縣長—一個叫鄒兆衡的人的勸降。鄒兆衡親自跑到牢籠，笑容可掬地、假惺惺地為他鬆綁，說話的語氣仿佛是他的同僚。他提出要和他合作，條件無非是封官許願寶馬輕裘。受到他的拒絕後他遭受到了非常嚴酷的刑罰。他看到審訊室到處是帶血的繩索、皮鞭、竹杠……火焰熊熊的火爐，非常像他在鄉村經常看到的鐵匠鋪的擺設，可插在爐火中的鐵鏟，卻是要飲血食肉的刑具。這些刑具無一例外地全部施在了劉仁堪的身上—在審訊室裏，他接受了踩杠子，坐老虎凳，灌辣椒水，竹簽刺指甲，燒紅的鐵鏟烙胸口等考驗。他的對手想看看他到底是什麼做成的。可是，他們沒有得到他們想要的東西。
劉仁堪被重新帶回牢籠裏。他一身血汙，全身疼痛，喉嚨裏因為灌辣椒水像著了火。可奇怪的是，他的內心安靜得很。他一點也不悲傷。他想起多年前的那個夢，那個棺材聳立變成牢籠關押著自己的夢。他一輩子都在跟這個夢對抗，可是，夢還是化成了現實，命運真是一個捉弄人的東西，他最終還是成了真正的牢籠的囚徒。
然而他是一個帶著使命的人。他待在這牢籠裏，不過是代替了窮人們來接受這命運的拷問。他以為那黑黑的牢籠，不過是這個世界的隱喻。好吧，就讓我把這牢底坐穿，以後的窮人，就不要再在這牢籠裏了。他這麼想著，覺得全身就不是那麼難受了。
他重新摸了摸這牢籠的牆體。太堅固了，手是無法撬開它的。最好的毀掉它的工具是炸彈。已經覺醒的民眾，即將成為摧毀這座牢籠的炸彈。那就讓我做這炸彈的引線—那熊熊燃燒的火爐裏拿出的鐵鏟烙在他的胸前，正是引線被點燃的儀式。那皮膚燒焦的滋滋滋的聲音，正是引線點燃後遊走的聲響。他渾身血汙的樣子，正是引線被點燃後的顏色。
他似乎聽到了那爆炸的聲響，看到那鐵箍一般的牢籠成為齏粉的瞬間。
劉仁堪五花大綁，被穿著黑衣的警察推搡著往前走。與他同行的，還有同時被捕的蓮花有名的女革命家顏清珍。沿途的人們看到，劉仁堪像一個血人，可臉上的表情鎮定自若，兩隻眼睛裏的光燦如星鬥，反襯得兩旁的警察委瑣迷茫。他一路喊著口號，正像後來的電影裏的英雄模樣。受苦的人們百感交集，跟著他。他們不僅僅是刑場的看客，還是他的隨眾，是接受蓮花最有名的郎中劉仁堪治療的病人，接受鄉村教師劉仁堪最後一課的學生。