東漢的中央政府組成沿用西漢官製，以三公領九卿為基本架構。但是實際政治權力已經完全轉移到尚書台。
東漢皇帝即位，往往以太傅或太尉錄尚書事，總領政務。禦史台體製貶損，成為少府屬官。侍中從西漢的加官轉為正式職務，設侍中寺作為侍中的正式官署，隸屬少府。
東漢一朝，由於講求經術，太子宮臣中以太傅為首。太傅借此向太子灌輸自己的政治理念。 太子即位後，往往以太傅錄尚書事，成為事實上的丞相。曆史上，趙熹、鄧彪、張禹、馮石、馮魴、桓焉、趙浚均以太傅錄尚書事。太傅死，即除此官（不再任命），以示崇重。漢靈帝時，以陳蕃為太傅錄尚書事，後來陳蕃被處死，以胡廣繼任，這是例外。
這與西漢以太師、太傅、太保為上公不同，東漢唯以太傅為上公，無太師、太保官。漢獻帝時，董卓遷都長安，自任太師，位在太傅上。這是權臣擅權所為，死後即廢。據《漢官》記載，太傅所屬官吏有：長史一人，秩千石，掾屬二十四人，令史、禦屬各二十二人。長史為太傅府群吏之長，掌章奏、顧問。掾屬是比較高級的屬吏，分曹辦事。令史、禦屬是比較低級的吏員，辦理文書、車馬等瑣事。
一、三公
三公指太尉、司徒、司空，品級最高，名義上的職責是輔導皇帝主持國家政務。三公之上還有太傅，其職責輔導皇帝。東漢的實際政務都同屬尚書台，因此，三公、太傅如沒有“錄尚書事”的頭銜，就是沒有實權的虛職。
三公的屬官有長史一名，掾屬、令史、禦屬各二、三十名。其中，長史是三公的主要副手，掾、屬是分管具體事務的部門負責人（掾是正職，屬是副職），除長史由朝廷任命外，其他屬官均由三公自行聘用。
按東漢以三公領九卿的製度，太尉領太常、衛尉、光祿勳三卿。太尉府屬吏有：長史一人，秩千石，總管各曹事務。各曹掾、史、屬共二十四人。在諸曹中，西曹負責太尉府官吏的任免；東曹負責二千石的遷調；戶曹負責戶籍、祭祀、農桑；奏曹負責奏議；辭曹負責審理案件，接受上訴；法曹負責驛站事務；尉曹負責士卒和囚犯的征調、運輸事務；賊曹負責緝拿盜賊；決曹負責裁決刑法；兵曹負責軍事事務；金曹負責貨幣與鹽鐵事務；倉曹負責國家倉庫事務。此外，還有黃閣，主簿，是閣下諸吏的長官。另有令史及禦屬二十三人，閣下令史負責太尉的儀仗執事；記室令史負責太尉府的奏章等各種文書的管理；門令史負責太尉府門衛。其他令史分隸諸曹，辦理文書事務。從東漢太尉府諸曹的設置以及職掌來看，太尉的管轄範圍似乎非常廣，但那都是名義上的東西，太尉諸曹所領事務，或受製於尚書台，或僅僅為文牘往來，本身並沒有可否之權，而且太尉對本府諸曹事務並沒有實際節製的權力。
二、尚書台
尚書台是皇帝的秘書機關，其官署設在宮廷之內、禁省之外。它的主要 執掌是管理章奏文書、起草詔令，但實際上政務都由尚書台代表君主執掌，權力極大。上書台設長官（令）一人、副長官（仆射）一人，下設尚書六人分十八人。溝通上書台與皇帝聯係的官員有侍中、中常侍、黃門侍郎等。其中，侍中由士人充任；中常侍、黃門侍郎則由宦者承擔。侍中有事才入禁省，中常侍、黃門侍郎則日常居住在省中，因此，雖然三者之中侍中的級別最高、中常侍次之，但與君主的親密程度，則以中常侍為最。宮內省外的禁衛工作由九卿中的光碌勳與衛尉負責，光碌勳偏於內，衛尉偏於外。光碌勳下屬五官、左、右、虎賁、羽林等五名郎將，中郎將以下有中郎、侍郎、郎中等官。光碌勳的禁衛力量是郎官，衛尉的禁衛力量是武裝衛士，所以，衛尉在宮衛事務中的地位相當重要。
三、九卿
九卿是太常、光掾、衛尉、太仆、廷尉、大鴻臚、宗正、大司農、少府。他們各自分管的政務是：太長掌典禮，光碌勳、衛尉掌宮省禁衛，太仆掌皇帝車馬，廷尉掌司法，大鴻臚掌接待諸侯與少數名族，宗正掌皇族事務，大司農掌國家財政收支，少府掌皇帝器用服飾。九卿各官的長官是卿，副職為丞；其下分設各官管理具體事務，大體以令為正職，丞為副職。 與西漢不同的是，東漢九卿分隸屬三公。太常、光祿勳、衛尉三卿屬太尉；太仆、廷尉、大鴻臚三卿屬司徒；宗正、大司農、少府三卿屬司空。