清初至鴉片戰爭的近200年間，學校製度基本上沿襲明製，地方學校為府學、州學、縣學，統名為儒學，新創廳學、鄉學。省置提學道管理學校，後改為提督學政。府、州、縣學，從童生中招生，童生的入學考試包括縣試、府試和院試三個階段，考試分兩種——歲考和科考，歲考每年1次，科考兩年進行1次。童生經過各種考試取得生員資格後，才能被府州縣學所錄取。歲考和科考有一定的名額。生員錄取名額，根據當地文風的高下，錢糧丁口的多寡各有差別。清初將府州縣分為大、中、小三類。順治四年（1647年），定學額大縣40名，中縣30名，小縣20名，清代後期錄取名額逐漸增多。生員分三等：一等廩生，二等增生，可補廩生缺額，三等附生。府州縣學廩生十年挨次升人京師國子監讀書，稱為歲貢。能夠參加歲貢廷試的人也很少。順治二年（1645年），令直省學政考取歲貢，府廳學歲1人，州學三歲1人，縣學二歲1人，一正一陪，鄉學三歲1人，送京廷試。康熙二十六年（1687年），停止歲貢廷試。歲貢選授本省訓導，隻須經過學政考試合格，上報吏部，得缺之後，再由巡撫加以考驗即可。地方學校學生、教官、學科考試、待遇、獎懲都有規定，並訂為學規。
當時河西走廊各府、州、縣普遍建立儒學。清雍正二年（1724年），涼州衛改涼州府，府治設在武威縣，涼州衛儒學改為涼州府儒學，設教授1人，訓導1人，文武童生各15名，廩生和增生各20名，兩年一貢。又取古浪縣童生8名入涼州府儒學，廩生和增生也各增lO名，選拔生員由兩年一貢改為三年兩貢。雍正三年（1725年），文武童生各20名，廩生和增生各40名，選拔生員一年一貢。雍正四年（1726年）創建武威縣儒學，設教諭1人，文武童生各15名，廩生和增生各20名，選拔生員兩年一貢。在甘州，明設行都司學，清初因之，並將學宮由城東南移建城北，順治五年（1648年）遭兵燹，順治九年巡撫周文華、總兵張勇等重建學宮於城南隅。康熙二年（1663年）陝、甘分省，張掖為甘州府（治所張掖）。雍正三年（1725年），改行都司學為甘州府學，設教授、訓導各1人，招文武童生各12名，廩生、增生各40名。雍正十二年（1734年），文武童生各增加12名。在原甘州左、右衛，置張掖縣學，設教諭1人，招文武童生12名。雍正十二年（1734年）文童增為60名，武童增為28名。山丹衛學也改為山丹縣學，招文武童生各12名，後文童增加為34名，武童增為19名。學習內容，據《皇朝文獻統考》記載，有《四書》、《五經》、《性理大全》、《資治通鑒綱目》、《大學衍義》、《曆代名臣奏議》、《文章正宗》等，武生還要習讀《武經七書》、《百將傳》，練習弓馬武藝。
二、清代中葉。興辦書院之風十分活躍
書院是學館、學校的前身。明清書院興盛，並逐漸官學化，成為準備科舉的場所。清初，朝廷鑒於明末書院講學結社，議論時政的風氣，認為不利於封建統治，曾一度禁止開設書院。雍正十一年（1733年），清世宗諭令督撫在各省會設立書院，並提供一千兩白銀作為開辦營建書院的經費。書院開禁之後，興辦之風十分活躍。雍正十三年（1735年），甘肅巡撫許容奉旨創建蘭山書院，以此為始，河西各地相繼興辦了許多書院。僅張掖就創建了天山、南華、□得、河西等四書院，山丹建仙提書院、東樂仰止書院等，民樂建金山書院，臨澤建蓼泉書院，高台建健康書院，武威建成章、天梯、北溟等書院。河西書院的組織簡單，管理人員較少。各書院除必設山長監院外，其他人員各有增減。山長即書院的主持，也叫掌院、院長、主講或師長，後統稱為院長，負責書院的組織管理和主要教學工作。書院的院長由地方官延聘，但州府廳縣儒學官不得兼任。院長不分本省、外省或已仕、未仕，隻選經明行修的名儒延聘。監院由府縣核定的紳士充任，管理書院財務、圖書、生徒膏火獎賞，協助院長經營書院的日常事務，以及督導諸生課讀。齋長，一般選諸生中品學兼優者充當，主要督促諸生課讀，溝通諸生與院長的聯係，協助監院管理財務。
書院的建築大致分為講學、供祀、藏書三部分。講學部分包括講堂、齋舍。講堂是院長講學議道的地方，齋舍是學生住宿、讀書、自習的地方。供祀部分稱禮殿或道統祠，內設儒家先賢牌位，通過祭祀活動，激勵諸生繼承遺教，發揚傳統學風。藏書部分稱為藏經閣、尊經閣、藏書樓等名稱，借閱圖書有嚴格的手續。