2．經費投入不足
必要的經費投入是順利實施基礎教育課程改革的重要保障，但因政府對農村教育關注不夠，導致經費投入嚴重不足，大部分農村學校不僅教育教學設施落後、不健全、不配套，辦學條件極其簡陋，正常教育教學活動難開展，而且與新課程相配套的課程標準、教學用書、掛圖、音像資料和教學軟件等也因無力添置而極其缺乏，95％的學校反映教學設施無法滿足新課程要求尤其缺少實驗室、語音室、多媒體教室，有14．7％的學生認為學習中遇到的最大困難就是沒有合適的學習資料。辦學條件的簡陋及落後，給農村新課程的順利實施帶來很大困難。
3．師資整體水平低
農村師資隊伍目前普遍存在年齡結構、學科結構、學曆結構、知識結構等方麵的失衡問題：教師年齡結構不合理，老教師偏多，中青年教師（特別是青年教師）少，青黃不接；教師中能勝任綜合實踐活動課程的師資少，尤其是外語、計算機和體、音、美師資奇缺；教師學曆普遍較低，特別是民轉公教師極少接受過正規師範教育；大多數農村教師缺乏教育學、心理學的係統學習，教育理論欠缺，其知識僅限於本學科或書本知識。這些師資的“硬傷”顯而易見地表明農村教師課程觀念老化，教育教學行為保守，對課改新理念缺乏深刻理解，教學行為形式化和表麵化，專業知識不足，不善於開發利用課程資源，信息素養較低不會使用現代化教學手段，等等。調查顯示，有52％的農村教師認為自己不適應新課程改革的要求，以至於他們參與新課程改革的積極性不高，甚至漠視、排斥、抵製課程改革等。
而且，農村教師多為民轉公和代課教師，常常肩挑教學、家務、農活三副重擔，沒有足夠的時間和精力去探究和實踐新課程。他們基礎差、底子薄、課程觀念老化、教育行為保守、信息素養低，再加上受多種因素的影響，接受高層次培訓的機會少，長期處於封閉半封閉狀態而無法接受新信息，即使有幸參加培訓也因培訓課程隨意性大、針對性不強且脫離實踐而使新課程培訓很難得到有效吸收和內化，以致缺少同化新課程的必要“知識鏈”。
新課程要求建立新型“校本教研”製度和運行模式，但目前農村縣級教科研機構人員不足、年齡偏大，對新課程缺乏認識和實施經驗且又習慣於傳統的聽課、檢查和評比等，對農村教師缺乏經常有效的專業引領，難以有效指導基層學校進行新課改，致使不少學校新課改教研氛圍不濃，校內教研機構和教研活動流於形式，教師開發校本課程的能力較差，不善於開發和利用課程資源，從而給推進農村新課程帶來很大困難。
4．新課程在個性上缺農村特色
新課程在一定程度上存在“城市取向”，對農村等落後地區關注不夠。所以，新課程在全國範圍內的“一刀切”，不符合農村學校實際。而且，由於這次基礎教育課程改革受應試教育僵化課程模式的束縛，不能有效地為農村發展培養合格的建設者，結果造成升學與就業疏離、教育與社會生產生活遠離、理論與實踐脫離，學生缺乏創造性、實踐能力和一技之長。具體而言，農村基礎教育課程存在如下問題：課程目標缺乏一定的層次性、關聯性、準確性，導致教師在實踐中重知識輕能力、重認知輕情感和態度、重理論輕實踐、重模仿輕創造；課程恪守分科界域，忽視科際整合，教材內容遠離農村及農村學生生活環境，偏重、偏深、偏難、偏多，標準和要求偏高，缺乏適切性和實用性，不能適應農村教師和學生的學習基礎和可接受性，使教師和學生難以勝任和達到要求，如新課程英語教材出現了漢堡包的例子，農村教師不知道什麼是漢堡包以至於對學生解釋不清，要求應用的一些課程資源和學習方式（如參觀展覽館和博物館、使用互聯網等）在當前大多數農村地區很難實施；課程結構整齊劃一，重必修輕選修課、重分科輕綜合，缺乏彈性和選擇性；傳統“大一統”的課程政策束縛了地方和學校課程主體觀念的確立和教材多樣化的發展，導致教師課程意識淡薄，改革創新意識差，短期內難開發高質量的校本課程。
5．新課程評價滯後
新課程改革把對學校、教師和學生的評價，由以前以升學率和分數為標準的終端評價，變為現在以學校辦學水平、教師日常表現和學生綜合素質為內容的過程評價，使現行的基礎教育評價體係發生了根本性轉變，但由於目前中考、高考的“指揮棒”仍在起作用，分數仍是衡量學校和學生的標準，課程改革的評價標準不被社會認可。而且，由於課程改革實行的綜合素質評價缺乏量化標準，操作困難，客觀上又為課程改革的推行設置了障礙，嚴重影響了新課程改革的順利推進。目前，農村教育中功利主義嚴重，應試色彩濃厚，評價滯後。無論是教育行政部門評價學校還是學校評價教師和學生，學業成績特別是中、高考成績依舊是唯一的評價指標，評價方式仍僅僅集中於紙筆測試，評價形式還是一刀切地延用同一把“尺子”來衡量城市學生和農村學生。因此，滯後的課程評價使得很多農村學校及其師生在新課程改革中畏首畏尾，失去了應有的改革的熱情、創意和積極主動性。