2．資金投入不足，農村區域發展失衡
2001年5月29日國務院《關於基礎教育改革與發展的決定》中提出了“實行在國務院領導下，由地方政府負責、分級管理、以縣為主”的新的農村基礎教育管理體製和財政體製。“地方負責、分級管理、以縣為主”的教育管理體製雖在一定程度上有利於縣域教育的均衡發展，但薄弱的財政能力仍無力保障教育的投入，無法從根本上改變農村基礎教育經費投入不足的狀況。教育經費投入不足仍是影響當前農村基礎教育發展的突出問題。中國教育經費隻占全國生產總值的3．41％，政府預算僅占教育總經費的53％，剩下的47％則要求其他來源去填補。
長期的經費短缺嚴重影響著農村基礎教育的發展，主要表現在以下三方麵：一是校舍舊而不足、基礎設施差，課桌椅添置等諸多問題無法解決，音、體、美、勞等課程無器材、無場地，甚至有些學校連黑板都殘缺不全，更不用說語音室、勞技室、多媒體教室了。據統計，20世紀末全國中小學有危房約1300萬平方米，集中在中西部農村；二是教育負債嚴重。2003年度國家審計署審計調查的50個縣，2001年底的基礎教育負債為23．84億元，2002年底上升為31億元，增長30％；到2003年6月底，僅半年時間又增長了25．7％，達38．98億元。負債總額相當於這些地方一年財政收入的80％。雖然從2006年春季實行了義務教育經費保障機製，表麵上看各學校基本保障了辦公經費，能夠維持學校基本運轉，但是義務教育經費隻能專款專用，不得用於償還債務等支出。三是教師工資屢遭拖欠。據中國教育工會1999年上半年調查，中國有2／3的省（自治區、直轄市）目前已累計拖欠教師工資達100多億元，即便在經濟比較發達的廣東省從1996年至1999年已經拖欠教師工資6．4億元。
在我國廣大農村地區，由於受經濟體製和傳統經濟增長方式的影響，加上自然、曆史、社會等多方麵的原因，近年來，農村地區之間的教育發展差距越來越大，尤其是經濟貧困地區與經濟發達地區的農村基礎教育的差距更大，農村基礎教育區域發展失衡。
3．師資結構不合理，整體素質待提高
最新中國教育統計資料顯示，2004年全國農村小學、初中專任教師總數分別為363．7萬人和163．2萬人，占全國小學、初中專任教師總數的64．6％和46．6％。但農村師資力量的矛盾正在由過去的數量性矛盾向結構性和質量性矛盾轉變。小學教師繼續減少，初中教師基本穩定，高中教師出現短缺。數據顯示，從2000年至2004年，全國農村小學在校學生減少幅度為13．2％，專任教師減少幅度為1．1％；初中在校學生減少幅度為7．6％，專任教師減少幅度為2．9％；高中在校學生增加幅度為61．7％，而專任教師增加幅度僅為30．8％。2005年，全國普通中小學專任教師達到1036．38萬人，其中農村小學教師占63．81％，初中教師占44．18％；從學曆水平看，小學中具有專科以上學曆的教師在農村僅占47．49％，比城市低31個百分點，初中具有本科以上學曆的教師在農村僅占24．34％，比城市低約38個百分點；年齡結構比例不合理，老齡化嚴重，青黃不接；學科分布不均衡，農村中小學外語、信息技術、音樂、體育、美術教師普遍短缺。代課人員大量存在，據統計，2004年全國共有49．9萬名代課人員，主要集中在農村小學，75．9％分布在中西部農村小學。城市超編與農村部分地區師資緊缺並存，並且在農村還存在編教師“名超”而“實缺”的現象，即因布局調整，農村教學點規模小、布點分散、班額不足，按統計名義上師生比1∶23計算，教師超編了而實際上也是“缺編”。教育投入的“馬太效應”導致城鄉教育差距進一步擴大，況且農村學校多處於偏僻地區，各方麵設施較差，教育教學壓力相對較大，又不能為教師提供高質量的專業發展機會，加之教師們在讀大學時已經適應了城市舒適的生活、自由的個人行為和城市中較好的文化設施，這些無疑都使農村學校很難吸引和留住合格教師，人心不穩、人心思動。