有機食品加工對配料、添加劑和加工助劑有相應的規定，對加工工藝有相應的要求，在貯藏運輸和包裝上也有具體的規定。
有機食品加工對原料的要求
有機食品加工企業加工所用的主要原料必須是經認證的有機原料，這些原料在終產品中所占的重量或體積應不少於95%。也就是說，在無法獲得有機配料時，允許使用常規的，但非人工合成的配料，其總量不得超過5%。一旦有條件獲得認證的有機配料時，應立即用有機配料替換非有機配料；所有使用了非有機配料的單位都必須提交將其配料轉換為100%有機配料的計劃。有機食品中的同一種原料和配料不允許既有有機來源的又有非有機來源的。
作為配料的水、食用鹽和食用酒精，隻要符合國家食品衛生標準可免於認證，且不計入有機原料中，但以酒精為主要成分的產品必須使用獲得有機認證的酒精。允許使用《食品添加劑使用衛生標準》中指定的天然色素、香料和添加劑，但禁止使用人工合成的色素、香料和添加劑，禁止使用化學合成的調味品、色素。不得使用超出允許使用範圍的非自然來源的加工配料和加工助劑。禁止在有機食品加工中使用來自基因工程的配料、添加劑和加工助劑。
有機食品加工的要求
有機食品加工應該配備專用設備，如果不得不與常規加工共用設備，則在常規加工結束後必須徹底清洗，並不得有清洗劑殘留。有機食品在加工中不得與常規食品放置在同一場所或貯存在一起。
加工工藝必須不破壞食品的主要營養成分，可以使用機械方法、冷凍、加熱、微波、煙熏等處理方法及微生物發酵工藝。可以采用提取、濃縮、沉澱和過濾工藝，但提取溶劑僅限於符合國家食品衛生標準的水、乙醇、動植物油、醋、二氧化碳、氮或羧酸，在提取和濃縮工藝中不得采用其他化學試劑。
有機食品加工的用水水質必須達到相關標準，加工單位排放廢棄物必須達到相應標準。允許使用二氧化碳和氮作為包裝填充劑，禁止在食品加工和貯藏過程中采用離子輻射處理，用於改變食品的分子結構，以控製食品中的微生物、寄生蟲和害蟲，從而達到保存食品或抑製諸如發芽或成熟等生理學過程中的目的。
有機食品加工場所必須幹淨、整潔，不受有害動物或昆蟲的侵擾。應通過加強加工場所的衛生管理來控製蟲害，徹底消除害蟲的孳生條件。
有機食品加工場所的有害生物防治時，允許使用機械類的、信息素類的、氣味類的、黏著性的捕害工具、物理障礙、矽藻土和聲光電器具作為防治害蟲的設施或材料。
允許使用中草藥或維生素D為基本有效成分的殺鼠劑。在加工貯藏場所遭受害蟲嚴重侵襲的緊急情況下，提倡使用中草藥進行噴霧和熏蒸處理，限製使用硫磺。