大曆五年（770年）正月，時任判天下元帥行軍司馬的元載窺測到代宗對魚朝恩已生惡感，而魚朝恩又一向不把自己放在眼裏，便密奏魚朝恩專權不軌，請代宗除掉他。代宗雖然同意，但擔心魚朝恩軍權在握，黨羽眾多，難以成事。元載連忙表示：隻要陛下將此事全權交給我，我一定能辦妥。代宗遂點頭應允。
老謀深算的元載得到密旨後，首先，不惜代價地收買了魚朝恩的心腹幹將周皓、皇甫溫等人，從而掌握了魚朝恩的一舉一動；接著，表麵上投魚朝恩所好，加重其黨羽權位，實際上調兵遣將，讓周皓、皇甫溫掌握了更大的權力；隨後，利用代宗照慣例於寒食那天在宮禁設宴之際，提前讓周皓率兵埋伏起來。待宴會散後，魚朝恩剛要回軍營，代宗卻下詔要他留下議事。當他剛剛進門，隻見代宗拉下臉來，劈頭問道：“你為何圖謀不軌？”魚朝恩馬上狡辯，而且態度強硬，言語悖慢。代宗一聲令下，周皓等人一擁而上，將魚朝恩按倒在地。接著，當場將他活活勒死了。
隨之而來的是，魚朝恩暴屍三日，籍沒家產，其親屬、爪牙也都被殺的殺，關的關，全都受到了懲治。