東山再起的阮大铖幕後策劃，權傾朝野的馬士英台上逞凶，二奸沆瀣一氣，置國家危亡於不顧，加緊結黨營私，“日以鋤正人引凶黨為務”。他們內倚宦官田成，外結勳臣劉孔照、朱國弼、柳祚昌、鎮將劉澤清、劉良佐等，大肆詆毀排擠忠良，呂大器、高弘圖、徐石麒等先後被罷歸。逆案掛名之人依次啟用，又將得罪前朝的張孫振、袁寵勳等人置於言路，用為爪牙。阮又效法魏忠賢，恢複東廠緝事，重新翻刻《三朝要典》，作續《蝗蝻錄》、《蠅蚋錄》、以東林黨為蝗、複社為蝻，附和東林、複社者為蠅為蚋，用以打擊東林複社。還多次借端興冤獄，企圖將“生平不快意之人一網打盡”。
北京陷落後，一些朝臣名士投降了李自成的大順政權，其中有東林黨人。阮大铖便夥同馬士英等人把降者分六等定罪。由於李自成國號曰“順”，又巧與逆案相對，故命名順案。正如史家所言：順案的成立，完全是為著報複。
阮大铖、馬士英的倒行逆施，引起一些朝臣的強烈不滿。湖廣禦史黃澍憤然上疏，請斬馬士英。阮大铖乘機誣陷周鑣、雷縯祚是主謀，於是又興雷、周冤獄。周的叔、伯都名列逆案，鑣深以為恥，便廣交東林人士。鑣主持複社時，曾以阮為下酒物，罵阮最凶，又參與討伐阮《留都防亂公揭》事，與大铖結下仇恨。而雷原是阮的朋友，阮名掛逆案後，多次來訪，雷不肯見。一次阮攜酒來訪，雷跳牆躲避，並故意置逆案於幾上，羞辱大铖。阮早欲除此二人，便再次玩弄借刀殺人的手段，他對馬士英說：“史可法是同謀，而周、雷是主謀，他們日夜都想對付你。不打擊南昌的薑日廣，就無法殺周、雷；不殺周、雷，就無法封住朝臣的口；不封住朝臣的口，東林謀害你就沒個完。”馬士英怒火中燒，便羅織“反對福王”、“謀立疏藩”、“別圖擁戴”的罪名，將薑日廣罷歸，周、雷交刑部治罪。此案殃及士大夫及七郡清流，受害者達72人之多。阮仍不解恨，又將複社諸生吳應箕、黃宗羲、陳貞慧、侯方域等逮捕，以報《留都防亂公揭》之仇。不久南京難發，他們才得以幸免。
12月，有個叫大悲的和尚，出語癲狂，行蹤可疑，被下錦衣衛獄。供稱先帝時封為齊王，又說是吳王，還說見過潞王。供詞涉及申紹芳、錢謙益等人。於是，大铖夥同楊維垣，令張孫振嚴刑逼供，妄想借機興大獄。指使人在大街小巷遍張匿名揭貼，又偽造十八羅漢、五十三參之目，寫上史可法、高弘圖、薑日廣等東林黨人和複社人名，藏在大悲袖內，企圖把東林複社一網打盡。而此時高弘圖、薑日廣早已被罷官，阮賊竟非置之死地不可。連早已跟他和好並幫他翻案複出的錢謙益也不肯放過，足見其蛇蠍心腸。由於大悲供詞與東林複社無關，馬士英又怕結冤太深於己不利而將大悲棄市，阮才未得逞。
左良玉，出身行伍，因軍功被東林黨人由普通士兵提拔為將軍，後被封侯，視東林黨人為知己。阮大铖、馬士英對他又恨又怕，一心想挫垮他。阮唆使馬士英對左陽奉陰違，明裏討好，暗裏私扣軍餉，並嚴加防範，引起左良玉強烈不滿。釀成“左軍東下”到南京就食事件。阮又向馬獻計，讓福王由崧命左率20萬兵入川追擊張獻忠，以便消耗他的兵力。這是阮賊複出以前的事。1644年11月，清兵已席卷豫北，深入山東，拒絕與南明議和。馬急召阮商討對策，在民族危亡的緊急關頭，阮仍把左良玉當做頭號敵人，讓馬沿江築城堡防範左兵，進一步激化了與左的矛盾。受阮、馬迫害從南京逃來的東林黨人，對阮、馬卑劣行徑的控訴，如火上澆油，左良玉決意鏟除阮、馬。次年3月，南京又出了“真假太子案”，在阮大铖主持下審明係駙馬侄孫王之明假冒。人們出於對阮的不信任，都認為太子是真的，甚至有人認為弘光帝也是假的，朝野嘩然。左良玉借端發難，上書請“保全太子”。隨後率30萬大軍沿江急進，聲稱“清君側”，討伐阮、馬。當時兩淮告急，清兵前鋒直指揚州。麵對內憂外患，阮向馬麵授機宜：“清是外邦，大不了割地求和，他們要金帛美女，給之；要半壁河山，給之；如以父皇帝自居，盡可尊之。即使兵臨南京，我們還可遷都杭州”。馬士英遂不顧淮、揚之危，調兵遣將，集全力抗擊左兵。左良玉途中病故，其子秘不發喪繼續東進。4月12日，阮親自率兵同左軍決戰，15日大勝而歸，加封太子太保。史可法率部急返揚州，但為時已晚，揚州陷敵重圍，眾寡懸殊，史可法屢請增援，馬、阮坐視不救，阮還為馬打氣，說什麼：“我們主持國政的人，必須有一副鐵鑄心腸，寧可咬咬牙學‘壯士斷臂’，決不可學‘婦人之仁’。目前重要的是殲滅左兵殘餘，決不可增援揚州。”結果揚州陷落，清兵屠城10日，城內80萬人被殺，史可法等壯烈殉國。就阮大铖的人格心術而言，他屢次加害史可法不成，這次想假清兵之手除史可法也未可知。