1989年1月1日起，根據省財政廳、省糧食局《關於加強糧食企業財務管理的若幹暫行規定》，糧食財務體製下放到縣，糧食企業財務納入縣財政預算。
1991年11月15日，縣政府下發《關於完善糧食財務管理體製，加強糧食財務管理的通知》，按照“兩權分離”、錢糧結合、責權利相統一的原則，把經營 權交給企業，合理確定利潤基數和增長比例，調整糧食企業盈虧指標，實行虧損補貼和上繳利潤包幹，實行“收支兩條線，盈虧分開算”的辦法，分企業、按項目核 算。
1992年8月30日，縣政府出台《瑞金縣糧食購銷改革實施意見》，“放開糧價、加強調控、搞活經營”。全麵放開糧食銷售價格。 1992年9月1日，取消城鎮居民的糧價補貼，在縣內停止糧票流通，停辦城鎮居民糧油支撥遷出遷入手續；城鎮居民和機關、團體、單位積存的定量指標廢止； 軍隊用糧繼續執行平價供應；1992年糧油定購除公糧部分外，價格隨行就市；包幹計劃和財務包幹指標不變；商品糧人口的檔案予以保留；糧票清點登記後一律 封存；經上級核定的國家庫存平價糧、專儲糧，由中央調配。糧食商業企業試行經營、價格、用工、分配權放開。
1993年1月1日開始， 平價經營與議價經營脫鉤，原各糧管所管理的平價糧、國家專儲糧以及倉庫，收歸縣總公司垂直管理，占用資金由總公司統貸統還。1991年以前的糧食財務掛 帳，劃歸總公司管理。1993年以後的指令性公糧收購、國家和地方儲備糧收購，均屬政府行為，委托分公司辦理，政府支付代購費。
1995年1月16日，市糧油總公司設立糧食批發市場和油脂經銷部，試行糧油企業改組、改製、改造。
1996年4月23日，市政府批準《瑞金市糧食係統“兩條線運行”》實行政策性業務與商業性經營兩條線財務分離，國家定購糧、中央和地方儲備糧的收購、 進出口、儲運、批發、調撥等業務設專帳管理，城鎮居民的基本口糧、軍糧、救災救濟糧執行政府指導價。保持糧食總量平衡，平抑市場糧價，確保居民基本口糧， 維護社會安定；商業性經營企業實行自主經營、自負盈虧、照章納稅、自我發展。
1998年8月23日，實施國務院發布的《糧食收購條例》，規定除國有糧食收儲企業外，任何單位、個人、糧商、糧販不得到農村直接收購農民的餘糧。糧食部門按保護價敞開收購農民的議價糧、不限收、不拒收、不停收、不打白條。
2000年，國務院決定南方早秈稻收購退出國家保護價，糧食收購由購銷企業根據市場定價，新收購的早秈稻不納入超儲補貼範圍，收購資金以銷定貸、以效定 貸。瑞金市糧油總公司采取“即購即銷”或代購等多種方式，按照“購得進、銷得出、不虧本”的原則，主動開拓糧油市場，滿足農民賣糧的需要，向境外輸出糧 食，提高糧油經營效益。