1986年，中共瑞金縣紀律檢查委員會內設辦公室、紀律檢查科、案件審理科，下設19個鄉鎮（場）紀律檢查委員會，向縣林業局、糧食局、教育局等14 個單位派駐紀檢組。1991年，增設研究室、信訪室，成立“縣黨風廉政建設領導小組辦公室”。1993年6月，中共瑞金縣紀律檢查委員會與瑞金縣監察局合 署辦公，履行黨的紀律檢查和政府行政監察兩種職能。2000年，市紀委內設辦公室、信訪室（廉政舉報中心）、紀檢監察一室、紀檢監察二室、案件審理室、教 育研究室、執法監察室和黨風廉政建設辦公室等機構，設行政編製27人，工勤人員3人，下設19個鄉鎮紀委，在市直單位和企業設立30個紀檢組或監察室。 1986～2000年，曆任紀委書記周春標、劉之倫、丁遠和、朱俊峰、黃泰連。
第一節 黨紀教育
1986年，紀 檢監察部門采取舉辦培訓班，播放黨紀教育映視片，印發黨風黨紀教育材料等形式，對全體黨員幹部開展黨風黨紀教育活動。1990年，編印以中紀委頒布的廉政 建設、紀律處分等《條例》、《規定》為主要內容的輔導宣講材料4500冊，發至基層黨員幹部。同年，縣紀委聘請黨風監督員36名，基層紀委聘請黨風監督員 279名，進一步拓寬黨風監督渠道。1991年，紀檢部門組織全縣黨員幹部參加《紀檢條例》考試，參考單位119個。1993年，創刊《瑞金紀檢監察》， 傳達黨風黨紀信息。1994年後，市紀委、監察局開展一年一個專題教育，並在報刊上大力宣傳勤政廉潔先進典型。通過簡報、通報等形式剖析違紀違法案例。 1996年，市紀委下發《關於開展“講政治、講黨性”教育的實施意見》，組織市內900餘名黨員幹部參加黨紀、政紀、條規知識競賽。1997年，市紀檢監 察部門組織全市黨員幹部學習《廉政準則》、《中國共產黨紀委處分條例（試行）》和中共中央、國務院《關於厲行節約、反對奢侈浪費的若幹規定》，並組織 6800餘名幹部、黨員、群眾觀看中紀委和中央電視台聯合舉辦的《綜藝大觀·廉政》專場直播節目。1998年，開展幹部作風建設年活動，市委印發《關於進 一步改進幹部作風密切黨群幹群關係的決定》和《關於當前幹部作風中幾個突出問題的處理意見》等規章製度。1999年，開展以“講學習、講政治、講正氣”為 主要內容的黨風黨性教育。2000年，利用胡長清、成克傑等典型案例作為黨員幹部的警示教育教材，在市內機關、廠礦、社區播放10部電教片300場次，觀 眾達4萬餘人次。黨員幹部受教育麵達95％以上。
第二節 廉政建設
1987年，縣紀委下發《關於堅決糾正用公款 請客送禮的歪風的通知》，對全縣用公款吃喝、請客送禮的案件進行清查。1988年，縣紀委對黨政機關及其工作人員提出黨風廉政建設具體要求，並舉行全縣黨 風黨紀大檢查。同年4月，圍繞省委、省政府提出的廉政建設九件事和《中共中央、國務院關於近期做幾件群眾關心的事的決定》，開始著手清理黨政機關幹部在城 鎮建私房、清收幹部職工拖欠的公款和逾期貸款等工作。至同年10月，共收回欠款78萬餘元。1991年，結束清房工作，全縣清理出1986～1991年間 在城鎮建私房的幹部職工468戶，清退多占土地麵積5015.21平方米，上繳罰款或補繳宅基地使用費27萬元，6名違紀建私房的副科級幹部受處理。
1992年，結合農村社教，縣紀檢部門對全縣鄉鎮土管所、農經站等所、站及村級財務進行全麵清理。清理出違紀資金16.8萬元，對亂集資、亂攤派、亂罰 款所得資金進行清退處理。同時，縣紀委協助計劃生育督查部門，開展計劃外生育清理，查出1979年以來違紀超生的幹部職工2306人，其中副科級幹部19 人，一般幹部257人；受黨紀處分45人，行政開除留用349人，開除97人，罰款146萬元。1994年以後，反腐倡廉工作實行黨委統一領導，黨政齊抓 共管，紀委組織協調，部門各負其責，並接受群眾監督。1997年，市委、市政府貫徹執行中共中央、國務院《關於黨政機關厲行節約、製止奢侈行為的若幹規 定》，配套製訂《實施細則》，對領導幹部使用交通工具、會議會務招待、黨政機關新建或裝修辦公樓、慶典活動、檢查評比活動、公款出國（境）等作出明確規 定。1999年，市委、市政府印發《關於實行黨風廉政建設責任製的規定的實施辦法》，進一步明確牽頭單位、責任部門和領導幹部的工作職責。2000年，全 市實行領導幹部重大決策追究製度，對1993～2000年間的214名失策並造成不良影響的黨員幹部進行責任追究。其中，給予黨紀和政紀處分的科級幹部 48人，一般幹部117人；給予組織處理的幹部46人，移送司法機關追究刑事責任的違法人員3人。