第一節 機構
1986年，瑞金縣人民法院下設辦公室、法醫室和刑事審判庭、民事審判庭、經濟審判庭。同時設立壬田、岡麵、武陽、 黃柏等基層法庭。1988年7月，增設行政審判庭。1989年，增設政工科、林業法庭、瑞林法庭，撤銷岡麵法庭。1991年，增設研究室。1992年，華 塘路新建辦公樓落成，建築麵積6700平方米，縣人民法院遷址華塘路。1989～1995年間，在部分鄉鎮和市直屬單位設立巡回法庭或執行室，先後設立了 法院駐農行辦案室、路政巡回法庭、交通稽征執行室、鹽業巡回法庭、水電巡回法庭、衛生管理執行室、土地管理巡回法庭、城建巡回法庭、房地產管理巡回法庭 等。在農村先後設立駐九堡片巡回法庭、雲石山辦案室、大柏地辦案室等臨時機構。1995年，上述巡回法庭、辦案室和執行室予以撤銷。
2000年，市法院增設法警大隊和立案庭。是年底，市法院下設刑事、民事、經濟、行政審判庭和審判監督庭、執行庭、立案庭、法警大隊等機構，同時設立政工科、監察室、辦公室、研究室等部門。
1986～2000年曆任院長：鍾延新、毛香洪、曾維東、曾建生、曾祥生。
第二節 審判製度
刑事審判製度 1986年以來，刑事審判實行公開審判製度。1989年，刑事案件執行嚴格審限的規定，審理時間一般不超過30天。當年，瑞金縣刑事審 判，在審限期內結案率達88.9％。同年，省高級法院規定，判處死刑以下的案件，事實清楚、證據確鑿、處刑與原審基本一致，合議庭內部對定性、量刑沒有分 歧或分歧不大的案件，原則上由合議庭討論定案，審判長把關，庭長和分管院長審核監督，審判委員會不再討論（反革命案件除外）。1990年，縣人民法院建立 少年法庭，專門審理未成年人犯罪的案件，貫徹教育、感化和挽救方針，收到良好效果。1991年，貫徹執行最高人民法院《關於辦理少年刑事案件的若幹規 定》，在審理少年刑事案件時采取特邀陪審員製度。1997年10月1日起，市人民法院刑事審判開始實施重新頒布的《中華人民共和國刑法》、《中華人民共和 國刑事訴訟法》以及相關的法律法規，審判案件繼續實行兩審終審製，基層人民法院管轄一審普通刑事案件。
民事審判製度 1986年以 來，瑞金人民法院繼續執行最高人民法院《人民法庭審理民事案件程序製度》（試行）和1982年3月實行第五屆全國人大常委會通過後頒布的《中華人民共和國 民事訴訟法》（試行）。1991年4月，第七屆全國人大常委會修訂《中華人民共和國民事訴訟法》。自此，民事審判程序製度依新法實施。使民事審判更具操作 性和科學性，推動了瑞金民事審判活動的正常進行。
經濟審判製度 1986年，縣法院審理經濟案件仍然依照《中華人民共和國民事訴訟 法》中的經濟條款辦理。1987年，實施省高級法院頒布的《關於在經濟審判中執行〈民事訴訟法〉若幹問題的意見》，進一步充實完善了經濟審判程序製度。 1989年4月，貫徹執行省高級法院《關於經濟合同糾紛案件當事人舉證範圍的意見》，明確經濟糾紛案件當事人舉證的義務，強調當事人舉證製度。1991年 4月至2000年，經濟審判以修訂的《中華人民共和國民事訴訟法》（試行）為審判程序。
行政審判製度 1988年7月，縣人民法院行 政審判庭成立，專執行政案件審判。1990年10月1日起，實施《中華人民共和國行政訴訟法》，依法審理行政案件。除此以外，由國家頒布的涉及行政訴訟的 其他法律、法規都是域內行政審判的法律依據。域內行政訴訟除對行政侵權賠償糾紛以外，不進行調解或以調解為結案方式。除法律有規定的以外，行政案件一律公 開審理。
第三節 刑事民事審判
刑事審判 1986～1995年，法院受理各類刑事案件889件、1386人，審 結882件、1378人，審結率達98.5％，對96.8％的刑事案件作出了有罪判決，3.2％的案件宣告無罪；在判決有罪的案件中，有10.5％的案件 對被告人免予刑事處分（其中，1994年審結刑事案件59件、106人）。犯罪分子中，農民占77.41％、工人占5.38％、社會閑散人員占 10.75％、國家工作人員占4.3％；先後兩次召開宣判大會，對5名搶劫犯執行槍決。
1996年，審結各類刑事案件122件、 187人，審結率為100％；依法從重審判8件、15人。1997年，審結刑事案件82件、134人。其中，公訴案件61件、95人，刑事自訴案件21 件、39人；屬於侵犯財產的案件占90％。同年8月，對“3.12”特大搶劫案主犯執行了死刑。1998年，審結刑事案件61件、97人（公訴案件50 件、82人，自訴案件11件、15人）。1999年，審結刑事案件145件、245人（公訴案件128件、175人，自訴案件17件、35人）。