這一時期還出現了同一專題文獻出版多個整理文本的情況，如鄭炳林《敦煌地理文書彙輯校注》（甘肅教育出版社1990）和王仲犖《敦煌石室地誌殘卷考釋》（上海古籍出版社1993）；王素《唐寫本論語鄭氏注及其研究》（文物出版社1991）和陳金木《唐寫本論語鄭氏注研究——以考據、複原、詮釋為中心的考察》（台北文津出版社1996）；鄭炳林《敦煌碑銘讚輯釋》（甘肅教育出版社1992）和薑伯勤、項楚、榮新江《敦煌邈真讚校錄並研究》（新文豐出版公司1994）；張錫厚《王梵誌詩校輯》（中華書局1983）和項楚《王梵誌詩校注》（上海古籍出版社1991）；伏俊連《敦煌賦校注》（甘肅人民出版社1994）和張錫厚《敦煌賦彙》（江蘇古籍出版社1996）；馬繼興主編《敦煌古醫籍考釋》（江西科學技術出版社1988）和趙健雄等《敦煌醫粹——敦煌遺書醫藥文選校釋》（貴州人民出版社1989）、叢春雨《敦煌中醫藥全書》（北京中醫古籍出版社1994）、馬繼興等《敦煌醫藥文獻輯校》（江蘇古籍出版社1998）、王淑民《敦煌石窟秘藏醫方——曾經散失海外的中醫古方》（北京醫科大學、中國協和醫科大學出版社1999）；郭朋《壇經校釋》（中華書局1983）和楊曾文《敦煌新本六祖壇經》（上海古籍出版社1993）、潘重規《敦煌壇經新書》（佛陀教育基金會1994）、鄧文寬《大梵寺佛音——敦煌莫高窟〈壇經〉讀本》（如聞出版社1997）、周紹良《敦煌寫本壇經原本》（文物出版社1997）、李申合校、方廣錩簡注《敦煌壇經合校簡注》（山西古籍出版社1999）。這種情況既反映了敦煌文獻整理繁榮的景象，也體現了敦煌學不斷向前推進、文獻整理質量不斷提高的一麵。當然，也有的是研究信息閉塞造成的不必要的重複勞動。
這一時期敦煌文獻目錄的編製也有新的進展。北京圖書館善本組編《敦煌劫餘錄續編》（1981）、中國文化大學中國文學研究所敦煌學研究小組編《倫敦藏敦煌漢文卷子目錄提要》（台北福記文化圖書公司1993）、榮新江編《英國圖書館藏敦煌漢文非佛教文獻殘卷目錄（S．6981－13624）》（台北新文豐出版公司1994）、方廣錩編《英國圖書館藏敦煌遺書目錄（斯6981號～斯8400號）》（宗教文化出版社2000），都是各家館藏目錄的補編和完善。施萍婷主撰稿的《敦煌遺書總目索引新編》2000年由中華書局出版，此書糾正了原編的一些錄文錯誤，文獻定名方麵也多有改正。許建平《敦煌經籍敘錄》（中華書局2006）收錄全備，論述詳贍，為敦煌文獻專題目錄的撰作樹立了榜樣。
除了上揭專書或專輯以外，近百年還刊布了一大批敦煌文獻整理方麵的論文，如潘重規《敦煌寫本秦婦吟新書》（《敦煌學》第8輯，1984），陳鐵凡關於敦煌本群經校錄的係列論文，康世昌關於敦煌本《春秋後語》校理的係列論文，等等，限於篇幅，就不一一羅列了。
三、敦煌文獻整理之不足
如上所列，近百年來，我國學術界焚膏繼晷，先後相繼，在敦煌文獻的整理方麵取得了世人矚目的巨大成績，為各個學科的研究提供了一大批有用的資料，在很大程度上改變了整個中國學術文化研究的麵貌。而且，這些成果大都是在資料和條件都非常困難的情況取得的，因而顯得更加難能可貴。對前賢所作出的曆史性貢獻，我們無論怎麼評價都不會過分。正是前賢們的努力，終於使我國在敦煌學研究的大多數領域站在了世界的前列，他們為祖國爭取了光榮。
當然，不必諱言的是，由於種種原因，我國的敦煌文獻整理也存在著明顯的不足。對此，我們也應有清醒的認識。在筆者看來，這種不足至少表現在以下三個方麵：
1．整體關照不夠
敦煌文獻分散在中、英、法、俄、日等許多國家，加上各家館藏多按流水號收藏，編排雜亂，所以資料的搜集與獲取是一個難題。盡管少數學者有機會直接到收藏機構搜集有關資料，但由於時間和館方規定等的限製，每每是走馬觀花，既不可能遍閱各家館藏，也無法沉下心來細細推敲。而且，有的卷子撕裂後身首異處，或相同相近內容的文獻收藏在不同藏家，讀者難以放在一起比較觀摩。而大多數沒有機會接觸到原卷的讀者，則隻能借第二手、甚至第三手的資料開展工作，其研究範圍受到很大限製。所以第一階段的敦煌文獻整理，多是挖寶式的，隻能就所見一件或幾件文書做校錄工作，整理是局部的、點式的，整理者對研究對象往往缺少整體把握，隻見樹木，不見森林，隔閡甚至疏誤時有所見。第二階段以後，隨著敦煌文獻縮微膠卷的公布和圖版本的陸續影印出版，人們所能見到的材料日益增多，這種情況才有所改變（國家圖書館所藏敦煌文獻現仍在陸續出版中）。但縮微膠卷流傳極少，能直接利用的人不多；圖版本幾乎也都是按各地館藏流水號影印出版的，而且這些書價格昂貴，學者個人往往難以承受，即使是一般的中小型圖書館、資料室也很難有財力全部予以購置，所以讀者利用不便的問題依然存在。所以這一時期雖然出現了一批敦煌文獻的分類整理專集，但不少專集疏漏仍然很多，其全麵性、準確性、權威性都有待提高。