第二個辦法是大封功臣。所謂功臣是指跟隨他打天下的文官武將。這些開國元勳多是有才能的人，籠絡住他們，就可以保衛著他的政權。這些功臣封公的7人，封侯的28人。當初隨朱元璋起兵的二十四將，除已死的外，都得到封侯。比如徐達封為魏國公、常遇春封為鄂國公、李善長韓國公、李文忠曹國公、馮勝宋國公、鄧愈衛國公、湯和信國公。
朱元璋別出心裁，設立了一個特務機關“錦衣衛”，隨時監視大臣們的行動，向皇帝報告。百密還有一疏，國家那麼大，人員又那麼多，再加上一些貪官汙吏從中挑撥離間，自然會生出事來。而朱元璋隨著年紀的增大，性格也發生變化，原先那種坦誠待人的長處不見了，變得刻薄、猜疑、凶殘、好殺。特別是他看到太子朱標很像他的母親馬皇後，性情樸實，待人寬厚。他怕太子將來駕馭不了那些功臣，從而威脅朱家的皇位，於是朱元璋狠狠心，決定把一些一意孤行、擅權妄法、行動跋扈，能夠影響朱家王朝安全的全部殺掉。
洪武十三年、二十六年，朱元璋兩次借丞相胡惟庸和涼國公藍玉謀反案，殺掉了幾萬人。死於兩案的功臣有李善有、陸仲享、費聚、唐勝宗、張溫、曹震、陳桓等人，甚至連元帥徐達也不例外。朱元璋殺紅了眼，對自己的親戚也不客氣，他的親侄子朱文正被他用亂杖打死，外甥李文忠被他派人毒死。“二十四將”中，除花雲等少數早期戰死的以外，其餘的幾乎都被他殺死。隻有一個湯和，看徐達、李文忠先後被毒死，急忙跑去見朱元璋，主動交出兵權，回家養老，才得以幸免。真是伴君如伴虎，可憐，當年轟轟烈烈的“二十四將”，隻有此人得以善終。
逃脫朱元璋毒手的功臣，還有一個劉基（劉伯溫），當年給朱元璋出謀劃策，功勞不在李善長之下。朱元璋原來也想封他為“公”的，但他堅拒不受，請假回原籍去了。因為他聰慧過人，與朱元璋相識十多年，深知這位朱元璋的為人，所以故意遠離皇帝，以圖免害。
皇後馬氏是個忠厚人，聽說朱元璋濫殺元辜，便加以勸阻，但朱元璋不聽。馬皇後鬱鬱不樂，後患病拒絕就醫，於洪武十五年去世。
太子朱標，性格仁厚，很像他的母親，眼看父皇暴虐，幾次進諫，都被斥退。為了諷諭太子，表明自己的隱衷，朱元璋故意丟一根棘杖在地上，要朱標拿起來，朱標麵有難色朱元璋語帶雙關地說：“你怕刺不拿，我替你把這些刺拔掉，然後再交給你，你不就敢拿了嗎？”
朱元璋見朱標過於柔弱，倒是四皇子燕王朱棣聰穎勇武，有些像他自己，他曾打算把太子朱標廢掉，立朱棣當太子，跟幾個大臣商量，大臣們都認為廢長立幼，不合宗法，都不同意。但朱標知道後，明白父皇不喜歡自己，終日惶懼不安，於洪武二十五年因病去世。太子朱標死後，朱元璋依據宗法原則，便立朱標長子朱允炆為帝位繼承人。
明太祖是農家出身的，對農民生活多少有點了解。他即位以後，也注意實行休養生息的政策。他告誡地方官員說：“現在天下剛剛安定，百姓財力困乏，好像初飛的鳥，不能拔它的毛；新種的樹，不能搖它的根。”他要官員們廉潔守法，不能貪贓枉法，加重人民負擔。以後，他又招集流亡農民，開墾荒地，免除三年的勞役和賦稅；要各地駐軍屯田墾荒，做到糧食自給。他還興修水利，獎勵植棉種麻。所以，明朝初年的農業生產有了很明顯的發展。
新建立的明王朝統治也鞏固下來。