郭桓利用自己是征收賦稅最高主管官員的有利條件，上述幾樁大的貪汙罪行都沒有暴露。他膽子越來越大，竟然把軍用糧倉裏的三年積蓄盜賣一空。當時全國除京師應天外，總共有十三個布政使司（相當於今天的省），他利用職權，和十二個布政使司的官吏相勾結，盜賣存在倉庫裏的糧食，還和管理貯存金銀錢鈔的府軍官員範朝宗、張裕合夥偷盜金銀，假借名義竊取錢鈔六百萬張。如果把郭桓貪汙盜竊的金銀錢鈔折成糧食，加上他合夥貪汙的糧食七百萬石，總共達二千四百餘萬石精糧，這個數字和當時全國的秋糧實征總數幾乎相等。
這個案子使明太祖大為震驚。他不是不知道官吏有貪汙行為，郭桓案發生之前，他就反複琢磨，官吏剛提拔的時候，還忠誠廉潔，可是在任一久，便都奸詐貪汙，很少善始善終，多是貪贓枉法被殺，這是什麼緣故呢？他想，六部和府州縣官多是儒生，不懂這一套，多是奸吏搗鬼，拉官員下水，所以他讓當時的刑部（主管法律、刑罰的機構）尚書開濟把記載鋪糧數目的一二三四五六七八九十百千，改作壹貳叁肆伍陸染捌玖拾陌阡，防止奸吏塗改帳目，從中貪汙。後人又把“陌阡”寫作“佰仟”，這就是至今還在沿用的大寫數字的由來。這次郭桓貪汙案數目這麼大，審案中又發現這個案子和戶部侍郎胡益、王道亨，禮部尚書趙瑁，兵部侍郎王忠，刑部尚書王惠迪，工部侍郎麥誌德等以及整個六部上下大小官員幾乎都有關係，這就無法用奸吏搗鬼來解釋了。突然發現朝廷大小官員都是些貪婪之徒，便狠了狠心，下令把趙瑁、王惠迪、主犯郭桓以及從六部左、右侍郎以下官員都殺了，江南不少富戶也牽連被殺，總共殺了幾萬人。
殺了這麼多人，引起了地方和官僚的不滿。可是他們不敢說盜賣官糧合法，也不敢說殺那些貪官汙吏不對，就把矛頭對準具體處理這個案子的禦史和法官，一時議論紛紛，咄咄逼人。
明太祖心裏明白這是對著他來的，覺得這個矛盾再發展下去，對自己非常不利。他就在公布郭桓等人的罪行的同時，把審判此案的法官吳庸等人也殺了，還下了一道詔書，名為“大赦天下”，對此案不再追究。他又對地主官僚進行安撫，從而結束了這個案子的蔓延。
為了進一步防止貪汙案件的發生，明太祖還親自編寫了《大誥》，其中有不少法律是針對貪官汙吏的。經過一番整治，貪贓枉法的事情少多了，同時吏治和社會風氣也有了一些改變。