關於胡惟庸一案，朱元璋所定的罪名自然就是陰謀篡逆，可事實又是如何呢？
其實在胡惟庸一案之前，朱元璋就已經下決心要削減宰相的權力，最好能夠將宰相連根拔起，這樣他這個龍椅才能坐得長久，才能坐得心安。根據《明太祖實錄》中所記載，有人早一步告訴朱元璋，這個胡惟庸不可信，他起了謀反之心，讓皇上小心此人。那麼按照一般常理來推斷，像他這樣一個多疑的人，明知道對方有謀反之心，還要前去，這本身就是不合常理的。
有沒有例外？有，中國不是有那樣一句話麼，不入虎穴焉得虎子，舍不得孩子套不找狼，舍不得朱元璋扳不倒胡宰相，可朱元璋不是這種人啊，坐上皇位的人，往往都比較怕死，希望自己真的能夠像神仙一樣長命百歲，所以他根本就不可能用自己的性命去做賭注。
再者說了，明朝的科技雖然發達，可站在城牆上要能看到胡惟庸府裏有沒有隱藏好的官兵，那可真得需要高分辨率的望遠鏡啊。明朝有這樣的高科技產品麼？沒有！難道朱元璋是千裏眼？
所以很多史學家都認為，胡惟庸是被冤枉的，一切的一切，都在朱元璋的計劃之內，他最終的目的，就是要撤掉宰相這個職位，將皇權最大化地集中起來。
晚明學者錢謙益對這件事情的評價是：“雲奇之事，國史野史，一無可考。”《明史》則是這樣介紹說“惟庸既死，其反狀猶未盡露”。不管怎麼說，胡惟庸就這樣走下了曆史的舞台，同樣被帶走的，還有在中國沿襲了數千年的宰相製度。
好，宰相製度被廢除了，可朝廷之中不能所有的事情都要由皇上親自決定啊，於是他需要一個秘書處，來處理所有官員的奏折，篩選一番之後再呈上來，這個就是內閣製度的雛形。這樣一來，朱元璋直接掌管了六部百司的政務，達到了君主專政的頂峰。或許朱元璋希望自己的這次改變，能夠為子孫後代創造一個“為所欲為”的世界，隻要皇帝說一，沒有人能夠站出來說二，就算站出來提出了反對意見，皇帝也可以視而不見聽而不聞。可是，造化弄人，到了明朝後期，內閣的權力甚至能夠左右皇帝的決定，比如張居正，當然這也是後話了。
最開始，朱元璋並沒有直接將這個新生代的政府機構稱之為“內閣”，而是設置了四名輔官，以儒士王本等為之。到了洪武十五年，再次撤銷，而仿照宋朝製度，設置華蓋殿、武英殿、文淵閣、東閣諸大學士，其中禮部尚書邵質、檢討吳伯宗、翰林學士宋訥、典籍吳沉分別為四處大學士。
真正建立起內閣製度的人，是朱元璋的兒子——明成祖朱棣，而他設立內閣的原因很有意思。
在朱棣的後半生之中，有相當長的一部分時間都是在北伐，遠離京城的他就不可能顧及到朝廷裏的奏章。國事無一是小事，這可怎麼辦呢？那時候既沒電話、也沒電報，更沒有互聯網，就算是用信鴿傳遞奏章，那麼多的奏章，得用多少信鴿？要是用快馬加鞭，估計那馬都累死了，奏章也不能全部都送到朱棣麵前。
於是一個幫助皇帝的“助手”機構——內閣應運而生。他們主要的工作，就是給皇帝做秘書，在皇帝北伐的時候，他們要挑選出重要的奏章來呈報給皇帝，順便還要寫上自己的意見。
要說內閣首輔和宰相究竟有什麼區別，關鍵一點，就是能不能做得了皇上的主。宰相往往擁有決策權、議政權和行政權，行政也好、議政也罷，這些都不是皇上心中的隱患，最讓他們寢食難安的是決策權，這就好比把一把刀放在宰相手裏一樣，不知道什麼時候，他就會把匕首衝著自己；而朱棣在剛剛確定這個內閣製度的時候，他直接收回了決策權，隻給了內閣議政和行政的權力，就好比一台電腦，皇帝永遠是操作者，而內閣則是接受命令進行運轉的CPU，區別可想而知。
就如同史料中記載一樣：“閣臣之預務自此始，然其時，入內閣者皆編、檢、講讀之官，不置官屬，不得專製諸司。諸司奏事，亦不得相關白。”
這句話非常直接地點出了內閣的實際作用，就是給皇帝做私人秘書，做任何秘書該做的事情，同樣也沒有任何決定權。
內閣的出現，是中國古代的官場製度的一場大變革，曾經的宰相，一人之下萬人之上，除了皇帝，就是宰相說了算，而內閣是由多人組成，本身相互之間就是一種牽製作用，而且皇帝往往為了控製內閣權力過大，當然會將皇權牢牢地握在手中，這樣一來，宰相專政的現象就被徹底杜絕了。
內閣逐漸成為了一個新的政治核心，其地位到了明朝中後期，甚至能夠和皇權相抗衡，這樣的一個政治體係，與資本主義國家的君主立憲製非常接近。
尤其是內閣的背後還有一個體係嚴密的文官集團，盡管文官集團和內閣之間也常常鬧出驚天動地的事件來，但是當他們矛頭直接對準皇帝的時候，其威力也足以讓皇權妥協。文官集團善於“冒死進諫”，而內閣則是手中有“封還”的權力。