戰略轉變
1941年，日軍在一份《對共產軍的觀察》的情報中說：“共軍……埋頭於恢複戰鬥力及重建根據地的工作……彭德懷說：‘以遊擊根據地的經濟建設作為本年度的中心課題。’”確實如此，百團大戰過後的1941年，八路軍正是埋頭於恢複戰鬥力及重建根據地。
為了渡過根據地麵臨的嚴重局麵，劉、鄧根據中央軍委及八路軍總部的指示在晉冀豫根據地采取了一係列措施：加強“三三製”的政權建設，整訓主力兵團，加強軍區建設，發展地方武裝和人民武裝，堅決進行反“蠶食”、反“掃蕩”的鬥爭。
每一項措施都是根據地在惡劣的環境中生存與發展的重要一環，哪一個環節出了問題，都會影響到整體機能的發揮。這些環節正像人體上的各個係統一樣，相互影響相互聯結，絕對缺一不可。
129師的主力兵團整訓，從1940年12月下旬開始，至1941年6月底結束，分兩期進行，每期兩個月。百團大戰後，部隊減員很多，新補充戰士的戰術動作、射擊技術都不符合標準，整訓勢在必行。但在主力整訓過程中，對日軍蠶食、“掃蕩”的打擊就相對的弱了一些。
百團大戰後調整的重要措施之一是加強了地方武裝建設。1940年有一段時間，由於盲目擴編，地方武裝、遊擊武裝正規化過猛，致使地方武裝力量削弱很多。在殘酷的“掃蕩”與反“掃蕩”過程中，主力兵團一旦轉移，馬上就暴露出地方部隊、遊擊隊不能獨立支撐根據地的武裝鬥爭的情形，使已經取得的成果迅速喪失。
為此，1941年2月22日，彭德懷向華北各大小戰略區發出關於軍區工作的指示，要求把八路軍的基於兵團與軍區組織係統分開，建立起軍區獨立的組織機構與係統，在軍區領導下加倍發展地方武裝和組織各種群眾性的抗日武裝隊伍，使之即使在主力部隊轉移的情況下仍然能夠堅持武裝鬥爭，保衛根據地。1941年3月28日，彭德懷在北方局幹校發表關於《抗日根據地武裝鬥爭》的重要演說，將他的上述想法進一步理論化，正式提出了建立正視軍、地方軍、民兵三結合的武裝體製。
彭德懷的“三結合”的思想，得到了毛澤東、朱德的讚同。同年11月7日，中共中央軍委發出《關於抗日根據地軍事建設的指示》，進一步肯定了這一武裝體製，並在各個根據地普遍實行這一體製，以後，這一體製也成了解放戰爭時期乃至中華人民共和國武裝體製的基本形式。
劉伯承在具體實踐“三結合”武裝鬥爭思想的過程中，又對其進行了創造性的發展。
劉伯承在遊擊集團的建立上動了一番腦筋。1941年5月，劉伯承連續發布命令，要求健全與強化遊擊集團，對敵展開全麵、有力的鬥爭。建立遊擊集團的這一措施，體現了劉伯承對敵後遊擊戰爭的深刻認識。遊擊集團是地方武裝與人民武裝相結合，廣泛地開展遊擊戰爭，配合正規軍作戰的組織形式。村級以民兵的遊擊小組為幹隊，自衛隊和其他民兵為支隊；區級以區遊擊隊為於隊，各村人民武裝為支隊；縣級以獨立營為幹隊，各級遊擊集團為支隊。地區基於團、營分遣到縣，即是該縣遊擊集團的幹隊。
這一嚴密、科學的組織形式，是敵後遊擊戰爭的一個“創舉”，在以後的反“掃蕩”作戰中起到了重要的作用。
在發展遊擊集團的同時，129師先後將新編第9旅、新編第11旅、決死第3縱隊和新編第10旅等主力兵團與冀南、太行有關軍分區合並，所隸各兵團改為軍分區的基幹團。到1941年底，晉冀豫根據地大多數軍分區都已有一至三個基幹團。整個根據地的地方武裝在這一時期得到了迅速的發展。
那時，與“三結合”喊得一樣響的是“三三製”。
1940年3月6日，為進一步加強根據地的政治建設，健全民主製度和政權組織，中共中央發出《抗日根據地的政權問題》的指示，指出抗日民主政權是民族統一戰線性質的政權，根據這一原則，應明確規定，在抗日政權中共產黨員占三分之一，非黨的左派進步分子占三分之一，中間派占三分之一，即實行三三製。“三三製”的實行，加強了各種力量間的團結，擴大和鞏固了統一戰線。
中央提出建立“三三製”的政權體製後，鄧小平即在太行山各抗日根據地加以組織落實，並進行了創造性的發揮和闡釋。鄧小平於1941年4月15日發表了《黨與抗日民主政權》一文。文章中，鄧小平充分肯定了“三三製”的政權是當時敵後抗戰的最好的政權形式，因為它是“幾十革命階級對漢好、親日派、反動派的聯合專政，既能合乎統一戰線原則，團結大多數與日寇、漢好、親日派進行鬥爭，又能保證由共產黨員與進步勢力結合起來的優勢”，說到這裏，鄧小平意猶未盡，他進一步指出這種政權形式也是“將來新民主主義共和國所應采取的政權形式”。
鄧小平在《黨與抗日民主政權》一文中還批評了“黨權高於一切”、“黨員高於一切”的錯誤觀點，他明確提出在“一個半封建的缺乏民主的國家”裏，“共產黨員一般缺乏民主的習慣，缺乏民主政治鬥爭的常識與鍛煉”，他提出要“使黨更加接近群眾，鍛煉黨，使黨成為群眾黨”。溫樂群在《鄧小平之初》一文中認為，鄧小平的這些思想和主張反映出他的遠見卓識，至今仍未失去其價值，使人振聾發聵，倍感親切。這可能是半個世紀後，鄧小平主張進行政治體製改革進一步發展擴大民主的最初思想源頭。
在鬥爭最殘酷的階段，“三三製”顯示出了它獨特的價值。
爭奪中間地帶
對華北即將出現的困難局麵，八路軍總部和中共中央北方局遵照中共中央和中央軍委關於打破敵頑夾擊、戰勝困難的方針和政策，結合華北實際情況，於1941年1月6日和2月26日先後發出對敵鬥爭指示。明確指出：敵可能增加華北兵力，進行大規模“掃蕩”，國內可能發生突然事變，華北戰局將比以往任何一年嚴重。要求八路軍廣泛進行交通破襲戰，打破敵人的侵害封鎖，做好反“掃蕩”作戰前的準備等。
實際上早在百團大戰進行過程中，1940年9月25日彭德懷在中共中央北方局高幹會議上所做報告的第五部分中，就在談及百團大戰的勝利影響華北情況的兩個可能時指出：
華北戰局更加嚴重的可能：
1.可能調動敵人增援，從華南、華中及日本國內調3個至5個師團到華北來。