在破獲了白蓮教傳教事件之後，乾隆部署在各省展開抓捕任務。扶溝縣的教徒看到河南各地在抓捕“彌勒轉世”教，知道是在抓白蓮教徒，趕緊到客店給劉之協報信。劉之協判斷情況不妙，當機立斷，立刻逃走。劉之協出逃時很是聰明，據事後被抓捕的教徒供認，劉之協選擇了從水路逃跑，而官府在布置抓捕時，卻判斷他要從山間小路逃跑。
乾隆親自部署的抓捕任務失敗，劉之協從官府眼皮之下逃走，此時他也被認定是白蓮教的核心人物。乾隆得知劉之協逃跑之後大怒，飭令各省嚴密抓捕，並特意囑咐抓住劉之協之後要小心照顧，不得使他絕食餓斃，送到京內審問後再淩遲處死。
劉之協逃出河南之後，先回到安徽太和潛藏。覺得安徽地方上抓捕的太緊，劉之協又奔赴湖北襄陽，藏匿在當地白蓮教頭目家中。
乾隆嚴令各地官員追捕，不料查了一年多，怎麼也找不出劉之協。乾隆是個執拗的人，他從來不肯承受任何的挫折，他有著強力的欲望，想要什麼，就一定要得到，哪怕以舉國的國力，發動一場曠日持久的戰爭來實現，他也願意。現在他所要的，就是將劉之協抓捕，送到京師，跪在他的腳下顫抖。於是一場戰爭開始了。
各地的抓捕行動搞得雞飛狗跳，衙役乘機敲詐勒索，傾家蕩產者不可枚數。武昌府同知常丹葵在抓捕劉之協時，“嚇詐富家無算”，窮人也逃不掉，赤貧者按戶給人頭錢。抓到的嫌疑犯用船送省城，每船運一二百人，在船上餓斃的立刻拋屍江中。安徽地方上為了抓劉之協，因為“轎頭”與“教頭”諧音，竟將幾百名“轎頭”抓捕。
整個清廷的地方官員都被動員起來抓捕劉之協，河南地方上的官員，養廉銀也被扣去，不抓到就不發。可劉之協卻杳如黃鶴，一去不返，再無蹤跡。在白蓮教中，劉之協起著精神領袖的作用，但他從不公開露麵，在背後操控一切。很多教徒隻知道“牛八”，而不知道劉之協。他所確立的“牛八”王雙喜兒被發配新疆，多年之後還有許多教徒不遠萬裏前去朝聖。
從河南扶溝逃脫之後，劉之協逃到湖北，協調各地教頭，組織力量以備起事。
而清廷在各省漫天撒網的抓捕行動，直接促成了白蓮教的起事，嘉慶諭旨中曾指出：“地方官辦理不善，四處搜求劉之協。以致匪黨無可容身，紛紛蠢動。”
各地的抓捕行動中，一個村莊抓出一個教徒，則整個村子都要受牽連，稱為“賊開花”。隻有給錢孝敬，方能得以幸免。武昌府同知常丹葵奉派到宜都縣查辦教徒。一到宜都，常丹葵就抓了數千人，又將當地的有錢人列出名單，按照名單敲詐勒索。這個常丹葵後來也沒好下場，嘉慶四年，常丹葵因為在追捕劉之協時任意拷打、勒索民眾，被嘉慶下旨革職解京審訊。
而依照清律，凡加入地下宗教者，都要嚴刑處罰，不是處死，就是流放。一些教徒在被擒拿後招供道：“教頭說，當官的要追究入教的，是斷斷不能容的，與其拿到官府受苦，不如大家鬧一場再做理會。”走投無路，恐懼威脅之下，一些地方上白蓮教頭目開始準備起事。
宜都地方上的富豪聶傑人曾加入白蓮教，後來退出。常丹葵到宜都之後，敲詐了聶傑人多次，搞得他幾近傾家蕩產。此時宜都的教徒張正謨正暗中準備，私下製造火藥，打造刀槍，又在山內存儲糧草，聯絡各地教徒到宜都、枝江一帶聚集。到了嘉慶元年正月，張正謨聽說官府要抓他，就聚了一千多人湧到聶傑人家中，讓他帶頭鬧事。聶傑人看到人多勢眾，有刀又有槍，就把心一橫，加入起事。
宜都鬧事之後，附近枝江的教徒隨即發動，起來響應。宜都、枝江教徒開始行動後，各地教徒也打起旗幟，加入起事。聶傑人起事之後，湖北巡撫惠齡派總兵官富誌那領兵圍剿。聶傑人、張正謨統領的到底是烏合之眾，接仗之後立刻潰敗。聶傑人此年已經六十八歲了，哪裏有心思再玩命，就帶了五個人跑到官兵陣前磕頭投降。帶頭大哥聶傑人一走，隊伍自然難帶。張正謨乘雨夜偷襲，想將聶傑人給弄回來，卻被官兵打得落花流水，遂退到山間據險困守。
得到聶傑人被捕的消息後，嘉慶並未特別開心，他指示軍機處，尚有為首的張正謨沒有抓到。軍機大臣阿桂、和珅則字寄惠齡，一方麵給予表彰，另一方麵則要繼續努力，務必擒住張正謨。
張正謨帶了一萬餘教徒，又裹挾了民眾約萬餘人，在山中守到六月份，瘟疫發作，糧食缺乏，被清軍攻破山寨。張正謨很夠意思，在被捕前將教徒名冊燒毀，以保護教徒。張正謨被俘獲後，軍機處在審訊時追問劉之協的下落。不想張正謨供稱，教內的人都隻是聽過劉之協的大名，但從沒人見過他。