1839年3月27日，英國駐華商務總督義律宣布，以英國政府的名義，要求商人將所有鴉片交出給中國政府。此舉讓英國鴉片商人大為興奮，事後英國政府將賠償他們的損失，這比走私販賣鴉片來錢輕鬆多了。美國商人也積極配合，上繳鴉片，想從英國占點便宜。義律這招極其高明，將英國政府成功地拉下水，禁煙也從經濟問題演變為政治問題，從國內查禁變成了國際紛爭。最讓道光擔心的“邊釁”最終引爆了。
道光十九年（1839），鴉片戰爭爆發，“嚴禁派”“弛禁派”轉而演變為主戰派與主和派。以王鼎、祁寯藻、林則徐、鄧廷禎為首的主戰派與以穆彰阿、琦善、伊裏布為首的主和派，經緯分明。
在軍機處內部，為了製衡穆彰阿，王鼎將力主禁煙，並對外持強硬態度的祁寯藻引薦進入軍機處。祁寯藻主張禁煙，認為禁煙的重點，一是海關，二是官員。擔任江蘇學政時，祁寯藻就曾創作《新樂府》，宣傳吸食鴉片的危害。道光十九年，祁寯藻與黃爵滋，會同閩浙總督鄧廷楨共同辦理禁煙。道光二十一年九月，經王鼎大力推薦，祁寯藻進入軍機處。
穆彰阿不想開戰，他為政主張息事寧人，與民休息，如門生李星沅所雲：“樞相諱言兵事。”英國軍艦所帶來的經久不息的戰事與外交交涉，開始讓道光覺得疲憊，並認為林則徐處理不善。身在中樞的穆彰阿，敏銳地察覺到了道光態度的改變，並將此信息傳遞給琦善。上意改變了，琦善自然也跟著配合。
當英國軍艦出現在大沽口之後，直隸總督琦善看到英國人投遞的書信中，有林則徐淩辱英國領事的言辭。頓時大喜，以四百裏加急遞告道光，稱英國人是受了屈辱，現在跑過來述說委屈。在琦善的遊說之下，英國軍艦離開天津。道光認為琦善“片言紙語，連勝十萬之師”。遂將林則徐革職，以琦善為欽差大臣，南下廣州處理夷務。
當時士人對林則徐被革職無不憤慨，紛紛指責穆彰阿嫉妒林則徐聲望壓過自己，在道光麵前構陷林則徐。“割地、償煙價、撤守備。主之者穆彰阿，成之者琦善。”門生李星沅口沫橫飛，在日記中大罵穆彰阿：“才臣誤國，普天共憤。”
然而這一切都隻是同情林則徐一方的感情流露而已。
軍機大臣不能主宰戰和。軍機處的設置，其中心是為了強化皇權，弱化相權。軍機大臣的入值，不是按照國家正常官職製度運作，軍機大臣的選用，也沒有品級與資曆規定，一切隻憑皇帝意誌。軍機大臣們的權力，都是基於皇帝的信任而獲得，所以他們權位的保持也就寄托在取得皇帝的寵信之上。這樣，皇帝保持了對軍機大臣、對大政的牢牢控製。
穆彰阿是道光的奴仆，他沒有能耐主使道光的意誌。決定戰爭走向的隻有道光一人。與英國開戰之後，道光以為隻是在廣東的一場小規模戰事，會很快結束。不想開戰之後，蔓延七省，曠日持久，道光懊惱地指出：“英夷如海中鯨鱷，來去無定。”大清國雖整兵備武，奈何卻沒法將龍爪伸入大海之中去擒住英夷，戰事曠日持久，軍費開支無數。
巨大的軍費開支使得本已千瘡百孔的財政更加吃緊。道光二十一年（1841）十二月戶部奏稱：“一年有餘，請撥銀已至二千一百萬兩之多。”最肉痛花錢的道光，看到戰事消耗錢財數不勝數，不由哀哭：“國家財富，有此消耗之理乎？”道光二十年，大清國庫存銀不過一千萬兩，應付一場戰事都捉襟見肘，更不要提河工、漕運、道光老婆葬禮之類的開銷了。
琦善報告中對清軍戰鬥力與英國軍艦實力的陳述，也是道光革除林則徐，采納羈縻政策重要因素。琦善本來對英國人是不屑一顧的，英國軍艦開到大沽口之後，琦善看了不由倒吸一口涼氣。英軍軍艦分三層，每層有炮百餘尊。每層前後各有大炮，約重七八千斤。琦善同時也指出，英國人狡猾絕倫，利用海上通道，可以時時處處進擊騷擾，曠日持久，防不勝防。從琦善報告中可以看到，天津可用之兵不過六百人，大炮儲存多年，鐵鏽斑斑，不堪應用。從軍事角度來看，琦善這是清醒的認識與判斷。
到了道光二十一年，道光這個摳門皇帝，卻卷起袖管，拿出大把銀子，要與夷人決一死戰。卻說琦善南下廣東後，談判多輪，口水流了不知多少，英國卻未能達成通商的目標，清廷也未能讓洋人退走。道光二十年年底，看到英國開出的賠款通商的談判條件後，道光怒火衝天，批示：“逆夷要求過甚，非情理可諭，即當大申撻伐。”