由於降雨少，人們隻得居住和耕種在河流一線，戈壁雖大，因無水灌溉，不能耕種，因而無人居住。如此，便形成了一片片被戈壁分割包圍的居住、耕作綠洲。綠洲之內，才有村莊、城鎮及耕地，才有人們的經濟、政治、文化、宗教活動。沙漠及戈壁內由於無水，不可能建置村莊城鎮。如今，在沙漠中或戈壁上偶爾發現有古代居住遺址或城鎮遺址，其實這類遺址所在地，古代必有水泉或為河渠所經，後來水源枯竭或河渠改道，居民被迫他遷，原來的居住遺址隻好棄置荒廢。水是敦煌的命脈，也是這一地區經濟、文化的命脈。水資源對敦煌發展繁榮有著極大的製約作用，於此可以想見。
由於境域遼闊，而多旱灘，古代人們在遠距離道路之選線方略上，就不能按照兩點之間取直線的辦法，而是首先考慮一日之程中有無水草以供人畜食飲補給。若行走一日，沒有水草補給，則寧可屈曲繞道以就水泉。故敦煌地區古代道路的取線及驛站的設置，皆選取有水泉處。若水泉枯竭，則道路驛站勢必隨之變遷。水泉所在，對於古代交通地理具有“卡脖子”意義。於是，隨之而來的是，關隘的選置，亦不在於地勢之險要，而在於水泉之有無。敦煌境內著名的玉門關和陽關，俱都置在平川，既無崇山峻嶺之險可憑，又無“一夫當關，萬夫莫開”之隘可據，但由於兩關所在，擁有充足的水源，為方圓數百裏內人馬飲水唯一補給之所，故為軍隊、商隊之所必經，於是就有了設關的良好條件。行路者若不經由此關出入，則數百裏內得不到飲水補給，勢必麵臨脫水死亡的威脅，迫使人們不能不選擇經由此關出入。這是敦煌地理條件給古代交通地理和軍事地理帶來影響的最典型的事例。
由於冬夏溫差巨大，開凍晚，霜凍早，故耕作、收獲季節集中在農曆二至八月。農曆二至八月是敦煌農牧業的旺季，也是商貿業及手工業的旺季，因而成為敦煌一年一度的黃金時段。這一季節周期，決定著農作物一年一熟，又給畜牧業、帶來淡季和旺季的間歇交替。這無疑會給敦煌農業、畜牧業、商貿業及手工業造成不利，製約著上述諸業的發展。而農業季節的周期性，又影響著農事勞作及某些有關社會活動的運轉周期。敦煌地區的渠河口作、雇用農工、借貸活動及還貸期限、周期利率等，都同農業季節有直接關係。例如敦煌出土的古代各種契約文書，雇工契多於春季正月二月立契，雇用工期多為正月至九月；借貸契多限以秋糧收獲的“秋八月”還貸，借貸期限及利率周期不以周年為限卻以八個月為斷，如此之類，隻有從當地耕種、收獲季節周期性著眼才能得到合理的解釋。
溫差大固然給人們帶來很多不利，但也並非百害無一利。例如夏季白天日照強、溫度高，夜則溫度大降，卻有利於瓜果生長及糖份的聚合。所以敦煌糖多味甜，馳名遠近。西漢時即以“地廣美瓜”而聞名；《西京雜記》載有“玉門棗”、“瀚海梨”，傳美於世。今則蟠桃、紫嫣桃、皪光杏、陽關葡萄都頗有名。
嚴冬酷暑及風沙彌漫，不利於行旅交通。故戈壁路上因迷路幹渴、寒熱致斃者往往有之。褚遂良說，自敦煌西行，“沙磧千裏，冬風冰冽，夏風如焚，行人去來，迂之多死”（《舊唐書·褚遂良傳》）。《北史》、《魏書》、《周書》皆記敦煌西出道路“四麵茫茫，道路不可準記，惟以六畜骸骨及駝馬糞為標驗以知道路。若大雪，即不能行，兼有魑魅。”所謂“道路不可準記”，主要是由於風沙時起，路跡屢被覆蓋，無路可尋，致使迷茫不知何往；所謂“兼有魑魅”，主要是指以下兩種現象：
1.中暑或凍僵或風沙突襲帶來的恐怖，以及無盡荒漠中孤獨一人不由膽怯心寒，疑神疑鬼。唐儀鳳四年（公元679年），裴行儉送波斯王子返國，途經莫賀延磧，忽風沙驟起，天昏地暗，導者迷路，不得泉飲，眾皆困頓，驚慌一片。行儉亦亦以為鬼神使然，乃“至誠?禱”。恰巧須臾風停天光，“香泉豐草”竟在近旁。後人莫知其處，以為“耿恭之拜井，商人之化城也”5。
2.各種戈壁幻景引發的迷惑及恐怖。唐貞觀初，玄奘法師從瓜州往伊州（今新疆哈密市），途中就曾多次遇逢戈壁幻影，以為是鬼怪作祟，不由心生恐怖。《大唐大慈恩寺三藏法師傳》載：
“頃間，忽見有軍眾數百隊，滿沙磧間，乍行乍息，皆裘褐駝馬之像及旌旗矟纛之形；易貌移質，倏忽千變。遙瞻極著，漸近而微。法師初睹，謂為賊眾；漸近見滅，乃知妖鬼。”
又雲：
“是時，四顧茫然，人馬俱絕。夜則妖魑舉火，爛若繁星，晝則驚風擁沙，散如時雨。”6