從1931年到1949年是我國敦煌學發展的第二階段。這一階段是我國敦煌學研究領域繼續擴展、研究成果繼續擴大、敦煌學體係進一步充實的時期。這一時期的主要特點是：
第一、敦煌石窟藝術研究被納入敦煌學範疇。1930年，鄭淦昌發表《中國壁畫曆史的研究》，陳之佛教授發表《中國佛教藝術與印度藝術之關係》，1931年賀昌群教授發表《敦煌佛教藝術的係統》，這三篇文章，吹響了敦煌石窟藝術研究的號角。從此，我國敦煌學體係內又增加了一個基本成員—－敦煌石窟藝術研究。遺憾的是上述三篇文章發表後，敦煌石窟藝術研究又沉寂數年，到1934年才有騰固教授發表《唐代式壁畫考略》一文。之後，敦煌石窟藝術研究又消沉了九年，直到1943年5月，震雷先生發表《敦煌的佛教美術》，勞幹（字貞—）先生發表《希伯和敦煌圖錄解說》，才又再度爆出敦煌藝術研究的火花（插圖57
石璋如、勞幹1942年在莫高窟考察）。1945年，傅振倫先生發表《敦煌藝術論略》；同年，顧頡剛、陳玄覺、關山月諸位先生也發表了有關敦煌藝術的論文，敦煌藝術研究之風才逐漸興起。這裏要特別說到張大千先生，他在1941－1943年以私人的資力組成一支畫家隊伍奔赴莫高窟，臨摹了276幅壁畫（插圖58 張大千在莫高窟臨摹）， 1941年在成都、1943年在蘭州、1944年在成都和重慶舉行了他的敦煌壁畫臨摹品展覽，使大後方人民耳目為之一新，引起頗大轟動。他還將自己在敦煌莫高窟、西千佛洞和安西縣（今瓜州縣）榆林窟臨摹的上乘之作選出78幅，編為《大風堂臨撫本敦煌壁畫》二冊，於1943年在四川成都出版發行，得以流傳。他在莫高窟期間，還對洞窟進行斷代並重新編號，記錄各窟塑繪內容，後來整理成《漠高窟記》一書，張大千先生去世後，1985年由台北故宮博物院付印出版。
由於諸位先生的努力，敦煌壁畫研究艱難地進入了敦煌學者的視野。後來，又從壁畫擴展到雕塑、古建築、樂舞及洞窟供養人畫像研究等越來越寬的領域，乃至逐漸形成石窟藝術的許多分支，使敦煌學體係得到進一步的充實。
第二，以蕙晨、向達、夏鼐、閻文儒等先生為代表，打開了敦煌學新的領域――敦煌史地與敦煌考古。1937年，蕙晨先生在北京《晨報·藝圃》上發表《敦煌石窟考》，1943－1944年，向達，夏鼐、閻文儒先生來到敦煌進行實地考察與考古發掘，為敦煌文化的源頭和敦煌學深厚的背景尋找根據（插圖59 向達）。他們對敦煌城東佛爺廟及新店台漢晉墓葬進行了試掘。從墓室形製，證明它遠紹兩漢、下啟南北朝，為莫高窟藝術找到了本地源頭；向達先生把地麵遺跡、地下遺物、洞窟繪畫和文獻資料結合起來從事綜合研究，借以探索敦煌文化的來去派，這在敦煌學的研究方法以及研究思路和學術境界上都有很大的進步。斯坦因在更早的時候也到敦煌進行過考察發掘，也取得了很大成績，但斯坦因考古發掘的主要興趣在於獵奇探寶，尚未形成探尋敦煌文化源流的概念，因而具有較多的盲目性，同我國學者向達等著眼於敦煌曆史文化研究，在性質、意義上是不可同日而語的。
第三，是建立了從事莫高窟保護、管理、研究的專門機構――國立敦煌藝術研究所。1944年1月，以常書鴻為所長的國立敦煌藝術研究所正式成立（插圖60 1944年國立敦煌藝術研究所全體職工合影）。從此，莫高窟收歸國有，莫高窟文物才得到有效保護。敦煌藝術研究所開始了有組織、有計劃的壁畫臨摹工作，同時對莫高窟洞窟建築、壁畫、彩塑進行係統的調查、清點和保護工作。國立敦煌藝術研究所也是我國敦煌學第一個專業機構，在我國敦煌學史上具有裏程碑的意義。在國立敦煌藝術研究所工作過的諸位先生，如常書鴻、蘇瑩輝、董希文、李浴、潘絜茲、段文傑、史葦湘、李其瓊、霍熙亮、孫儒僴等，後來都成為敦煌學界頗負盛名的專家。
第四，通過舉辦壁畫展覽，向國人宣傳介紹敦煌藝術遺產。從1936年到1949年，先後在南京、蘭州、上海、成都、重慶等地舉行敦煌文物和敦煌壁畫臨摹品展覽，使遠在內地的專家學者、青年學子有幸目睹敦煌藝術瑰寶，為敦煌學大張了聲勢。
第五，繼續介紹、刊布敦煌文獻。這裏要特別提到兩位作出突出貢獻的學者。一位是許國霖先生。他對北京圖書館藏敦煌遺書中的寫經題記、變文、偈讚、音韻資料、文疏、契約、傳記、佛經目錄、雜類（包括牒狀、轉帖、蒙學讀物、雜詩、雜記等）進行了輯錄整理，撰文刊布，編成《敦煌石窟寫經題記與敦煌雜錄》,分為上下兩輯，於1937年鉛印出版。此書刊布了北京圖書館藏敦煌遺書中的寫經題記三百多條,時限上起北朝,下迄宋代；還刊布了該館所藏敦煌遺書中的變文、偈讚、音韻 、文疏、契約、傳記、佛經目錄、雜類文字等八類110多篇，分別為敦煌寫經、敦煌文學、敦煌曆史、敦煌社會、敦煌經濟、敦煌民俗等項研究提供了一大批珍貴資料。